空转数据分析之关于细胞空间邻近的分析文章总结

作者，Evil Genius

年也过完了，该收心好好上班了，这一篇我们来总结一下空间转录组细胞空间临近的一些文章用法及意义，之前说了很多了，但是没有系统的总结，我们专门拿出这一部分来总结一下。

文章Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver bysingle-cell spatiotemporal transcriptomics
期刊：Cell Research（IF=25.617）
发表时间：2021年8月
细胞临近的研究:为了确定细胞间相互作用的结构基础，作者将HSCs/MPPs spots定义为内点（intra）， 内点周围一圈spots为近端点（inter）， 其他spots为远端点(distant)，然后根据富集得分来识别各个spots的细胞类型（富集得分最高）。除了HSCs/MPPs外，内点得分最高的是EC，与HSCs/MPPs接近；肝母细胞和基质细胞分别在近端点和远端点中得分最高；巨噬细胞在内点和近端点中的得分高于远端点中的得分，因此巨噬细胞可以考虑是一种新的niche cell。为了量化比较HSCs/MPPs与其他niche cell之间的相互作用 ，作者定义了富集倍数的概念：即每一种spot类型富集打分的中位值与全部spots富集打分中位值的比值。结果发现，巨噬细胞在内点的富集倍数是11.52，在近端点的富集倍数是1.31；EC在内点的富集倍数是1.62；而肝母细胞和基质细胞的富集程度更低 。综上所述，巨噬细胞是与HSCs/MPPs关系最密切的重要生态位细胞。
在分子水平，作者使用CellPhoneDB分析来预测相互作用信号的空间表达，结果发现一些基因编码的配体基因在内点和近端点中高表达，而对应的受体在HSCs/MPPs定位的spots中高表达，说明空间邻近促进了信号的相互作用，从而在功能上支持HSCs/MPPs的扩增。鉴于内点和近端点具有空间临近和相互作用信号丰富的特点， 作者将其定义为扩增单元，其中HSCs/MPPs位于spots的核心，与周围的niche cell spots相互作用。

 

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