泛癌单细胞+空间转录组（文献）

Cancer cell states recur across tumor types and form specific interactions with the tumor microenvironment - PubMed (nih.gov)

癌症中的转录异质性越来越被认为是肿瘤进展、转移和治疗失败的驱动因素1,2,3,4,5.单细胞 RNA 测序 （scRNA-seq） 能够对单个肿瘤细胞进行无偏倚的转录组学分析，并揭示了同一肿瘤的恶性细胞之间惊人的异质性6,7,8,9,10,11,12.来自胶质母细胞瘤的数据6,7、少突胶质细胞瘤13、星形细胞瘤14、头颈癌10和黑色素瘤15,16其中，表明在肿瘤内，癌细胞的分化程度是异质的，从干细胞或祖细胞样到完全分化。这些在各种癌症类型中进行的研究也表明，存在与应激反应、干扰素反应和缺氧相关的癌细胞状态6,7,9,10,16.肿瘤微环境 （TME） 的特定细胞类型与癌细胞状态之间也存在致病联系10,17,18.在一项研究中，头颈部肿瘤前缘的部分上皮-间充质转化 （pEMT） 癌细胞群被证明与癌症相关成纤维细胞相互作用并介导侵袭10.这些工作促使我们系统地研究癌细胞状态与TME非恶性细胞类型之间的关系。

不同癌症类型的重复基因模块

a，示意图表明本研究中收集的肿瘤和从先前报告中包括的肿瘤，用于联合分析。背景颜色表示起源器官系统：皮肤（灰色）、胃肠道（蓝色）、妇科（红色）和泌尿生殖系统（黄色）。白色背景表示非上皮性肿瘤。b，c，本研究中收集的 19 种肿瘤细胞的均匀流形近似和投影 （UMAP） 包埋，共涵盖 9 种癌症类型，颜色如 （b） 或注释为恶性或非恶性 （c）。d， 卵巢肿瘤OVCA NYU1恶性细胞中241个基因表达水平的热图。基因按其模块隶属度（水平线）排序，指示基因的颜色与其共识模块注释相对应。e， 单个肿瘤模块之间重叠显著性的热图（超几何检验P值）。底部条形表示与共识模块重叠的重要性（超几何测试 P 值）。顶部条表示肿瘤样本的身份，颜色与a相同。扩展数据图。3h表示每个共识模块与每个肿瘤特异性基因模块重叠的意义。f，使用SCENIC鉴定的共识模块、选定基因和推定调控因子表（显示在至少两个肿瘤中鉴定的调控因子）

通过基因模块表达定义癌细胞状态

a，SKSC Ji1恶性细胞的基因表达UMAP包埋，按8个指示模块的模块评分着色。b–d，所有 19 个 NYU 肿瘤的 8,613 个恶性细胞的模块评分 t-SNE 包埋，由得分最高的模块 （b） 着色，按癌症类型着色，如图所示。1a （c） 和 pEMT 模块评分 （d）。e， 成对正常和肿瘤样本中鳞状细胞、腺体细胞、pEMT 和干扰素反应模块的表达频率（模块分数大于 0.5 的细胞比例）的箱线图。对于每个箱线图，线表示中位数，框表示第一个和第三个四分位数，胡须表示最小值和最大值。灰线连接来自同一患者的数据点：LUAD，n = 4 ;PDAC，n = 3，SKSC，n = 8; 甲状腺癌 （THCA），n = 3。

肿瘤细胞邻域的癌细胞状态分析（空转）

a，十个指示患者肿瘤的 H&E 图像叠加在 ST 点的位置上，根据其注释着色为“恶性”、“两者”或“正常”。条形图表示每个样本的“正常”和“两者”点中非恶性细胞类型的比例。比例尺，1 mm. b–d，每个样品的“正常”和“两个”斑点中内皮细胞分数 （b）、中性粒细胞 （c） 和 M1/M2 评分 （d） 的箱线图（n = 10;*P 值 <0.05;***P 值 <0.001;双侧 Wilcoxon 检验）。对于每个箱线图，线表示中位数，框表示第一个和第三个四分位数，胡须表示最小值和最大值。

癌细胞状态及其与TME的相互作用

a， 模块表达的 ST 点评分。上图：标注为“恶性”、“两者”和“正常”的斑点示意图;“恶性”斑点针对每个模块的表达进行评分。下图：BRCA NYU2 样品，带有“恶性”斑点，由其对所指示模块的表达着色。比例尺，1 mm. b，按细胞类型邻域表征斑点。上图：灰色斑点表示目标细胞类型的存在，橙色表示“恶性”斑点，虚线表示其周围斑点。下图：BRCA NYU2 样本，带有“恶性”斑点，由邻近巨噬细胞评分着色。比例尺，1 mm. c，按细胞类型接近度表征 ST 点。顶部：示意图颜色与b相同，箭头表示到包含感兴趣像元类型的最近点的距离。下图：BRCA NYU2 样本，带有由巨噬细胞邻近评分着色的“恶性”斑点。比例尺，1 mm. d.BRCA NYU2“恶性”斑点的模块分数和细胞类型邻域之间的相关性热图（Pearson）。方框表示集群。e–f，BRCA NYU2“恶性”斑点中干扰素反应模块评分与巨噬细胞邻域评分（e）或邻近评分（f）之间的关系图。线和灰色区域表示线性回归和标准误差。g， 相关分数箱线图（±log10(P值），Pearson）在10个样品的模块分数和巨噬细胞邻域分数之间，颜色如图1所示。1a. 对于每个箱线图，线表示中位数，框表示第一和第三个四分位数，胡须表示最小值和最大值。正分数对应于正相关。虚线表示 P 值 = 0.05。h–i，模块表达与细胞类型邻域（h）和细胞类型邻近度（i）之间的相关性图。颜色表示中位数±对数10(P 值）的相关性 （Pearson）。点大小表示相关性与中值相关性具有相同符号的样本比例。黑色轮廓表示与 （1） 中位数±log 的关系10(P 值）大于 0.75 和 （2） 大于 0.5 的样本分数（同时使用邻域和邻近度量）。

TME对干扰素反应的调节

a，NMF在胰腺癌原位模型中获得的模块与在患者样本中获得的模块之间重叠的显著性的热图。1f（超几何测试 P 值）。b，原位胰腺肿瘤恶性细胞的UMAP包埋，根据a所示的六个模块的表达评分着色。c，WT小鼠与Rag1的模块表达频率–/–小鼠（每种条件下从四个生物学重复中获得的平均±标准误差）。d–f， WT小鼠与Rag1干扰素模块表达评分的Violin图–/–小鼠 （D）、胰腺与腹膜 （E） 和腹膜与肝脏 （F）。

文献：Cancer cell states recur across tumor types and form specific interactions with the tumor microenvironment