10X空间转录组数据分析补充之分子niche

作者，Evil Genius~~~

空转的课上完了已经有月余了，但是还是有很多新的问题，所以需要不断补充，不过大家不要担心，新的分析脚本我会发到群里，供大家一起学习。

这一篇补充分子niche，因为在文章10X空间转录组数据分析之细胞niche分享了细胞niche的分析方法，但是还是有的学员问分子niche应该如何做，这一篇补充一下，文章的示例图如下：

学会细胞niche的做法，分子niche应该是很简单的，实现的效果如下，根据需求小部分调整即可，

我们来实现一下：

suppressMessages({
  library(Seurat)
  library(compositions)
  library(tidyverse)
  library(clustree)
  library(uwot)
  library(cluster)
  library(RColorBrewer)
})

还是以上课时的示例数据为例，关于空间转录组数据的harmony整合和单细胞空间联合的分析方法早已经教过和分享了，这次就不在重复这个过程了，直接从拿到整合和单细胞空间联合后的rds开始。

adata = readRDS('Muscle.spatial.rds')

进行数据的预处理

cluster_info <- as.data.frame(adata$seurat_clusters)

colnames(cluster_info) = 'mol_niche'

cluster_info$row_id = rownames(cluster_info)

构建分子聚类的细胞niche

integrated_compositions <- t(adata@assays$predictions@data)

integrated_compositions = integrated_compositions[,-which(colnames(integrated_compositions) %in% c("max"))]

niche_summary_pat <- integrated_compositions %>% as.data.frame() %>% rownames_to_column("row_id") %>% 
     pivot