空间数据分析之配体靶基因空间活性及空间域

作者，Evil Genius

美国的女人确实都长得人高马大的。

在特定细胞类型组成的空间结构中分析配体-靶基因相互作用的方法，进一步阐明配体与其下游靶基因之间的niche特异性关系。

推断具有不同配体-靶基因相互作用的细胞生态位、空间标记通路活性、空间配体活性排序以及空间生态位中整体细胞类型特异性、配体-靶基因相互作用方面的有效性。

当然配体靶基因这个分析方法单细胞主要在NicheNet，现在我明白了，NicheNet软件中的niche就是为生态位准备的。

空间角度看，需要指导空间环境中哪个配体导致哪个靶基因的激活。我们需要计算一个spot的邻域范围内配体-靶基因活动的强度。

其中还需要推断出通讯生态位，它构成了包含与主要共定位细胞类型相关的特定配体靶基因活动的组织微环境。

需要分析的点：

1、基于配体-靶基因邻域活动分数对点进行无监督聚类来推断空间通信域
2、推断细胞类型特异性配体靶基因活动在的通信域。

主要需要拿到下面的结果

生态位通讯域

分析代码

import Renoir
import scanpy as sc
import pandas as pd
import numpy as np
import anndata
import pickle
import matplotlib.pyplot as plt

plt.rcParams['figure.figsize'] = [8, 8]

Generate neighborhood scores

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#Read in ST and SC data with annotated celltype

ST = sc.read_visium('path/to/data_folder', count_file='filename.h5', library_id = 'custom')
SC = anndata.read_h5