生信R语言基础【2】

删除环境变量，让心情好好地放个假

rm(list = ls())

把产生的随机数赋值给变量myNumber

set.seed(811)

myNumber <- sample(seq(1,100), 9)

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一、学习排序

sort,排序,返回排序后的值

cat = myNumbersort(cat)

改变顺序，参数的重要性

1. sort(cat,decreasing = T)

order,排序,返回的是位置

catsort(cat)——从小到大排序order(cat)

只要有位置，就可以使用位置去提取数据

cat[order(cat)]

二、怎么获取位置

学习grep

d <- c("TP53","ERBB2","BRCA1")

grep表示抓取，返回的是数字

grep("ERBB2",d)

2

grepl,表示grep+logical，返回的是逻辑值

grepl("ERBB2",d)

F，T，F

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三、学习 %in%

A %in% B，表示A是否存在于B，一个个判断

d <- c("TP53","ERBB2","BRCA1")

两个结果不同

"ERBB2" %in% d ——T

d %in% "ERBB2"——F，T，F

使用逻辑提取数据

d[d %in% "ERBB2"]——"ERBB2"

再试试%in%，

操作逻辑是判断d中的每一个元素是否存在于e

d <- c("TP53","ERBB2","BRCA1")e <- c("BRCA1","ERBB2","TP54")

d %in% e

使用逻辑提取数据，相当于取交集

d[d %in% e]——"ERBB2","BRCA1"

取交集也有专门的函数，intersect(x,y),

intersect(d,e)——"ERBB2","BRCA1"

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四、数据框

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删除环境变量，让心情好好地放个假

rm(list = ls())

如何创建数据框？

myletters <- c("A","B","C")

myletters <- LETTERS[1:3]

myletters

参数的作用

sample(myletters, 10)

添加replace参数实现   ！可放回！ 的随机抽样

sample(myletters, 10,replace = T)

使用data.frame 创建数据框

按列创建,

第1列是number,第2列是salary,第3列是facdata

mydata <- data.frame(number = seq(1,10), salary = rep(seq(1,5),2), facdata = sample(myletters, 10,replace = T))

获取名称

col /column

row /row

colnames(mydata)

rownames(mydata)

修改名称

colnames(mydata) <- c("Number","Salary","Facdata")

rownames(mydata) <- LETTERS[1:10]

mydata

如何了解一个数据框

看头

head(mydata)

看尾

tail(mydata)

出来默认n=6,所以是6行

比如改：head(mydata，n=3)

class看属性，dim看维度，str看结构

class(mydata)——数据类别

dim(mydata)——几行几列

str(mydata)

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五、英文字母大小写转换

tolower

toupper

str_to_title

复习：

sort,

order,

grep,

grepl,

%in%,

intersect

sample

data.frame

colnames

rownames

head

tail

class

dim

str