R中seurat包DimPlot如何根据不同的resolution画图

最新推荐文章于 2025-02-18 01:47:35 发布

小羊小羊，遇事不难

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分类专栏： seurat 文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_54434521/article/details/123057010

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DimPlot(b, reduction = "umap",label = TRUE,group.by="RNA_snn_res.0.4")

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Seurat标准单细胞RNA测序DimPlot 图在R语言中的使用

2301_79325657的博客

08-27

1530

在单细胞RNA测序中，细胞的转录组数据能够提供有关单个细胞的详细信息。Seurat是一个常用的R语言包，用于处理和分析单细胞转录组数据。通过以上代码，我们可以得到一个带有修改后标题的降维图。这个图可以帮助我们观察和理解单细胞数据中不同细胞群落之间的关系。函数可以用于可视化降维后的单细胞数据，并展示不同细胞群落之间的关系。首先，确保已经安装了Seurat包，并加载所需的库和数据。在这里，假设已经完成了数据的预处理和降维分析。函数可以接受不同的参数来定制图形的外观和展示方式。参数设置标签的大小，

Seurat标准单细胞RNA测序DimPlot 图

Mrrunsen的博客

07-23

665

Seurat 提供了一个内置的数据集，名为 “pbmc_small”，用于演示和测试。以下是一个例子，展示了如何使用这个数据集来创建一个 DimPlot 图。这将会创建一个基于 UMAP 降维的 DimPlot 图，其中每个点代表一个单细胞，同一颜色的点表示同一类细胞。

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R语言基础教程2：散点图

最新发布

康娜的博客

02-18

1532

前面有篇文章爆改DimPlot, 解决label.box背景色不统一的问题。第一，标签框如何设置透明背景；第二，对于同一亚群却分布多个区域的情况，标签往往被计算在多个区域之间，但标签附近可能没有它对应的细胞；第三：如何支持手动修改标签位置。第四，如何将坐标轴改为迷你坐标轴。第四五没有支持tSNE降维今天解决这些问题，所有测试数据和代码文末获取。函数用于在降维可视化图中添加一个小型坐标轴，以指示降维空间（如 UMAP 或 t-SNE）的方向。

聚类分析_R语言

一米阳光

04-09

3566

聚类分析(cluster analysis)是把研究对象(样本或变量)分组成为由类似的对象组成多个类的一种统计方法。聚类结果一般在4-6类，不易太多，或太少。聚类分析目的在于将相似的事物归类，同一类中的个体有较大的相似性，不同类的个体差异性很大。两个个体间(或变量间)的对应程度或联系紧密程度的度量可以用两种方式来测量：1、采用描述个体对(变量对)之间的接近程度的指标，例如“距离”，“距离”越小

Seurat Dimplot函数学习总结

qq_45759229的博客

05-21

2387

今天为了画这个cluster的图，研究了一个Seurat中怎么画这个类别的，下面是学习过程中做的总结。

R语言|散点图 ———R语言数据可视化系列(一)

铭记yu心的博客

04-15

5089

数据分析能力作为目前最有"钱"途的能力之一，你是否心动。但懂得数据分析能力并不能展现数据的魅力，面对不同的报告对象，可能大家关注点不同，但是可视化绝对是展现数据价值的最佳途径。偶然从一篇文章中看到：数据分析师最基本的能力就是数据可视化。绘制基本图像本案例所用数据集为 ggplot2 包中的 mpg 数据框（即 ggplot2::mpg ），因此需要先进行 tidyverse的加载，如果没有下...

seurat：用于单细胞基因组学的R工具包

02-23

Seurat是用于单细胞基因组学的R工具包，由NYGC的Satija实验室开发和维护。说明，文档和教程可在以下位置找到： Seurat也托管在GitHub上，您可以在以下位置查看和克隆存储库通过使用devtools软件包直接从GitHub...

ubuntu下R语言安装Seurat包

qq_38402294的博客

12-17

5623

Seurat是基因表达数据的预处理中常用的包，安装过程如下：如果是安装最新的4.0版本，可以直接使用remotes命令通过github链接安装： remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "release/4.0.0") 如果remotes命令不可用，要先安装remotes包： install.packages("remotes") 如果是安装2.3版本，则按照以下步骤：首先安装devtools包： install.packa

裸服务器R安装不上Seurat包

lqyworldtour的博客

04-24

711

不管直接install,还是BiocManager都安装不上，每次都会这样报错。但是无论如何都是安装不上，报错都是一样的。并且我已经升级了g++(GCC)

单细胞seurat-细胞比例分析-画图详细教程

生信小博士的博客

12-08

2426

如果你不理解这一步的话，可以看我的数据结构视频讲解,会帮助你理解的。更多美图可以关注我微信公众号：生信小博士。

ｓｅｕｒａｔｄｉｍｐｌｏｔ标签重叠有个参数ｒｅｐｅｌ或者使用ｇｇｒｅｐｅｌ

生信小博士的博客

06-01

1941

ｇｇｒｅｐｅｌ　ｄｉｍｐｌｏｔｓｅｕｒａｔ　　标签重叠　

【DimPlot】【FeaturePlot】使用小tips

weixin_40695088的博客

03-10

1万+

【DimPlot】【FeaturePlot】使用小tips

想要了解自己的体重么——R语言plot画图

统计学小王子的博客

04-12

7506

目录00引言1、函数1.1包的安装和载入1.2读取数据并插值1.3画图函数的书写和使用说明2、画图实例2.1构造数据2.2画图 00引言想知道自己的体重变化么，想实时的记录自己的体重变化么，那么它来了，一个可以可视化自己体重的函数。你不需要多么精通编程技术，只需要会用excel简单的记录，就可以实现。什么？有时候会忘记一天甚至几天会忘记记录。不要紧我们会提供插值zoo包里的函数来解决这个问题。 ...

rna聚类分析_单细胞聚类分析之resolution选择

weixin_33957278的博客

12-31

5203

年末促销倒计时：50天百迈客推出年末活动促销，发文有礼、推广有礼以及多种产品钜惠来袭，百迈客为您倾情打造科研福利，您还在等什么？快快行动起来领取您的超级奖励吧！(详情请见“决战2020！品类全，力度大，仅此一次！”)单细胞亚群鉴定过程中 resolution 参数至关重要。resolution 参数不同，细胞聚类得到的亚群数目也会有所不同。那么，不同参数下细胞 cluster 之间的转换...

Seurat识别细胞类群的原理（FindNeighbors和FindClusters）

weixin_53637133的博客

04-21

2074

Seurat识别细胞类群的原理（FindNeighbors和FindClusters）

生信-单细胞数据处理

wish_to_top的博客

06-08

7929

文章目录写在前面写作来源开始为什么要用单细胞测序原始数据产出形式单细胞基本流程一些背景知识点为什么不使用RPKM等类似的统计量CV（标准差/均值）单细胞的样本配置质控部分标化问题tsne与pca为什么要去除核糖体和线粒体UMI，indrops`, `SEQC`, `zUMIs原理与流程应用方向R包需求等环境的设置R包的安装代码实操第一步：过滤(基因过滤，阈值：5%（**非硬性**）)+提取批次信息+聚类的分组模式第二步：观察批次效应(PCA)导入数据（seurat包）质量控制（样本与基因，严格点的需要线粒体

单细胞基础教程：跨条件整合分析

冷冻工厂

11-13

2191

导读撰写本文[1]的主要目的是：整合处理与对照后的 PBMC（Human peripheral blood mononuclear cell，人外周血单个核细胞）数据集以了解细胞类型特异性反应和整合的作用。本教程介绍了来自 Kang 等人，2017 年[2] 的两组 PBMC 的比对情况。在这个实验中，PBMCs 被分成处理组（刺激组）和对照组，处理组使用干扰素β 处理。对干扰素的应激导致细胞类型特异性基因表达发生变化，这使得对所有数据的联合分析变得困难。在这里，我们展示了我们的整合策略，如 St

基于Seurat包对标签进行修改

weixin_41492161的博客

04-05

1120

基于Seurat包对标签进行修改便于绘制图片和进行分析 mydata <- RunPCA(mydata, assay = "SCT", verbose = FALSE) mydata <- FindNeighbors(mydata, reduction = "pca", dims = 1:30) mydata <- FindClusters(mydata, verbose = FALSE) mydata <- RunUMAP(mydata, reduction = "pca", di

R语言 dimplot()

09-05

R语言中的`dimplot()`函数是用于绘制维度（dimension）图的函数。维度图是一种可视化工具，用于展示多维数据之间的关系。`dimplot()`函数可以通过将数据映射到二维平面上来帮助我们观察和理解数据的特征。在使用`dimplot()`函数之前，我们需要先加载相应的包。常用的包包括`ggplot2`和`GGally`。下面是一个使用`dimplot()`函数绘制维度图的示例代码： ```R library(GGally) # 创建一个数据集 data <- data.frame( x = rnorm(100), y = rnorm(100), z = rnorm(100) ) # 使用dimplot()函数绘制维度图 dimplot(data) ``` 这段代码中，我们创建了一个包含三个变量（x、y、z）的数据集，并使用`dimplot()`函数对数据集进行可视化。你可以根据自己的数据和需求调整代码中的变量名和数据集。希望这个回答对你有帮助！如果你有任何其他问题，请随时提问。