# 提取分析样本
plink --bfile vcf-plink --keep keep.txt --recode --out keep --allow-extra-chr --chr-set 50
# keep.txt 含FID、IID两列,以空格分割
# 修改样本ID
plink --file keep --update-ids updata.txt --make-bed --out keep1 --allow-extra-chr --chr-set 50
# updata.txt 含oldFID、oldIID、newFID、newIID四列,以空格分割
# 分析样本按指定顺序排序
plink --bfile keep1 --indiv-sort f updata_sort.txt --make-bed --out keep_sort --chr-set 50 --allow-extra-chr
# updata_sort.txt 含FID、IID两列,以空格分割,将按照该文件顺序排序