【生信分析常用软件】plink常用功能之提取特定样本、并按指定样本顺序进行基因型数据排序

# 提取分析样本

plink --bfile vcf-plink --keep keep.txt --recode --out keep --allow-extra-chr --chr-set 50

# keep.txt 含FID、IID两列，以空格分割

# 修改样本ID

plink --file keep --update-ids updata.txt --make-bed --out keep1 --allow-extra-chr --chr-set 50

# updata.txt 含oldFID、oldIID、newFID、newIID四列，以空格分割

# 分析样本按指定顺序排序

plink --bfile keep1 --indiv-sort f updata_sort.txt --make-bed --out keep_sort --chr-set 50 --allow-extra-chr

# updata_sort.txt 含FID、IID两列，以空格分割，将按照该文件顺序排序