初探分析----plink
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一点点了解plink
梦仔生信进阶
一个农学生,自学编程之路。热爱生活,不断探索前进。热爱分享,希望能帮大家少走一点弯路。
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【plink】使用细节
3. 样本名称含下划线时,vcf转plink容易出错,需要加一个参数--const-fid,可以防止名称不一致,且有利于后期提取样本。如下划线10_2直接拆开变成了FID为 前缀10 IID为 后缀2。2. plink处理基因型数据时,vcf转换为plink数据时,非二态位点,会自动选用主等位基因为A2,A1次等位基因。4. 提取位点 注意LD质控位点,位点名称不能为点,后期无法根据SNPID剔除位点。:如原始chr 30 ,经过plink处理以后会自动转变为30。需要位点重命名,提取就没问题了。原创 2023-10-20 21:00:00 · 344 阅读 · 1 评论 -
【plink】如何把基因型数据ATCG格式转换为012之一 --recodeA
-recodeA : 一个SNP标记只有1列,纯合转换为02,杂合为1(如TT 替换为0, 0是major;--recodeA : snp的major变为了0, snp的minor变为了2, 杂合变为了1.--recodeAD:一个标记有2列 (TT 替换为00,AA替换为20;命令:将基因型数据转化为012的raw格式。原创 2023-10-08 21:15:00 · 1105 阅读 · 0 评论 -
【Plink】数据先质控个体,还是先质控位点
数据先质控个体,还是先质控位点原创 2023-09-21 19:15:00 · 124 阅读 · 1 评论 -
【plink】文件合并参数merge
两列:ped文件名,map文件名,一行是一对。准备要合并的文件:file_3.txt。原创 2023-07-26 21:45:00 · 457 阅读 · 1 评论 -
【plink】vcf 转 plink 时,非二态位点是怎么处理的
1. 首先plink并不会把,这样非二态的位点删除,而是仅仅保留下来占比多的分型;这种会自动保留占比多的位点,最终可能为A1=2. 如果是REF ALT 为。转换为 (前后位置)原创 2023-05-03 17:37:31 · 133 阅读 · 0 评论 -
菜鸟生信学习第三节笔记:plink常用功能
由哈佛大学的Shaun Purcell开发的一个免费,开源的全基因组关联分析软件。1.数据提取,合并、提取特定SNP、样本、基因组某段区域的基因型3.;2. 数据(计算样本杂合度和SNP位点杂合度、最小等位基因频率MAF)3. 格式转换;4. 遗传参数4.1 计算最小等位基因频率4.2 计算杂合度4.3 计算LD、过滤R24.4 计算亲缘关系IBS,构建G矩阵;4.5 计算近交系数 ( 统计样本ROH);5. PCA6. plink将关联分析结果里的SNP注释:参考。原创 2023-05-03 17:44:06 · 9911 阅读 · 6 评论