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梦仔生信进阶
一个农学生,自学编程之路。热爱生活,不断探索前进。热爱分享,希望能帮大家少走一点弯路。
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【软件使用-MEGA】基于NJ和ML方法构建进化树结果比较
构建进化树有很多可选的算法,其中比较常用的NJ(邻接法),也有基于似然法NL,如下图所示,构建进化树具体方法可以参考我之前写的。特点: 1. 运算较NJ法很耗时,需要等一段时间,特别是样本数比较多时,可能需要3h左右。但邻接法可能只需要2分钟以内。此处基于fa格式文件,耗时约30秒,涉及计算遗传距离等过程。2种方法运算结果,并没有太大的差别。基于NJ方法构建进化树结果。基于ML方法构建进化树结果。原创 2024-04-12 19:15:00 · 487 阅读 · 0 评论 -
[软件使用-Vcftools / Plink ] VCF文件中剔除/提取一个或多个样本,两组方法实现及运算时间比较
比如剔除一个样本--重测序数据可能需要1h;但vcf 转换为 plink可能耗时0.5h,借助plink提取/剔除样本可能就1min左右,可以试一下vcf 转换为 plink 后再执行提取或删除,速度相对比较快。剔除样本 --remove。tips: 运行比较耗时。提取样本 --keep。原创 2024-04-09 18:45:00 · 591 阅读 · 0 评论 -
【如何根据vcf查找基因组】找到基因组版本及原始数据
基于NCBI查找-------找到对应编号ZJU1.0-----选中三个点-----查看明细。可以看到基因组组装水平、染色体条数、基因组大小、有多少个基因。染色体以NC开头与数字的对应关系-----可直接下载。查看vcf数据“##” 表头最后一行。----进入新的页面。原创 2023-09-26 21:45:00 · 184 阅读 · 1 评论 -
【分析软件GCTA】计算样本间亲缘关系、PCA、GBLUP、fst
是用于评估表型变异中遗传变异所占的比例,即评估遗传力的大小。参考官网有很多,但我更关注以下1. GCTA计算亲缘关系GRM矩阵(kinship矩阵)2. 利用全基因组SNP估计近亲系数3. 群体遗传中,GCTA中做4. 不同性状/表型间(traits)的遗传相关性默认Yang:–make-grm-alg 0近亲系数(coefficient of inbreeding)指的是某一个体从他的祖先得到一对纯合的,等同的基因的概率,即在遗传上是完全相同的基因的概率。原创 2023-09-26 22:15:00 · 680 阅读 · 0 评论 -
【软件使用-MEGA】如何基于ML方法构建进化树
特别提示:基于该方法软件提示输入需要是基因型 fa格式文件,故其它格式,如plink需要转换为 fa格式step1: 基于windows输出.mao文件----输出保存即可step2: 准备 fa 格式文件,进行进化树构建---生成 .nwk 文件step1: windows输入.fa文件选择nostep3: 可以直接看见进化树了----导出nwk文件导出NWK。原创 2024-03-05 21:45:00 · 663 阅读 · 0 评论