分析流程的学习
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梦仔生信进阶
一个农学生,自学编程之路。热爱生活,不断探索前进。热爱分享,希望能帮大家少走一点弯路。
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【变异位点功能注释annovar】实操一:如何构架库文件
注意:如果染色体不是以数字表示,注释之前就需要替换染色体,否则后面注释出来也乱,非数字染色体。1. 下载基因组文件:fa/ fna gff3/ gff(2种格式都可以构建)2. gff 3 /gtf 转化为txt。来源:NCBI 可以查找对应的数字与编号。原创 2023-06-29 21:45:00 · 205 阅读 · 1 评论 -
【iCIMapping】Bin划分如何理解
1. 划分Bin的结果没有区别,只是最终采用的代表一个bin的标记不同---------最终的bin的数目是一致的-----------------最终的图谱长度也有微小的差异(原来3284--现在3273);尝试结果:一般比较近,icimapping 划分bin的输入文件并不需要标记的物理位置,但最终划分到一个Bin的标记基本上物理位置很近;包含每个bin中已识别的bin组和已删除标记的汇总信息。标记属于chr9 ---划分为一个BIn-----最终保留了缺失率最小的一个标记/ 可选随机保留。原创 2023-09-19 19:15:00 · 662 阅读 · 1 评论