【Plink】数据先质控个体，还是先质控位点

出现这个疑问，主要是之前一直是先质控个体--mind ，再质控位点 --geno 0.1 --maf 0.01 ，直到最近发现，这样的流程不太适合GBS、重测序数据。

先质控个体还是先质控位点，是一个互相影响的命题，基于目前的经验来看：

1. 如果是芯片数据，相对来说位点缺失率不是很高，可以建议先质控个体，再质控位点。

2. 重测序数据、GBS数据，可以建议先质控位点，再质控个体。

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具体查看过程

GBS

GBS数据部分位点缺失率比较高，导致经过--mind 0.1后，少数个体通过质控甚至没有样本能够通过个体质控。

查看个体缺失率

质控

故先进行位点质控（genp 0.1 质控掉很多标记）---再经过个体质控（仅1个个体被质控掉）---查看该样本个体缺失率,确实缺失率很高，86%的位点都缺失，所以后续分析中应该剔除该样本。

重测序数据

重测序数据、通过查看测试的 重测序数据，个体缺失率几乎接近0.1，在 0.10 附近，这样的情况下，花费人力、物力得到的数据被剔除，且数据的个体缺失率仅在阈值附近，直接被剔除是很可惜的事情。

然而先质控位点-----再质控个体 mind 0.1----则所有样本都可以通过质控。所以，建议此类情况，可以先质控位点、再质控个体。