GeneWise 简介及安装方法

Genewise是Wise2软件的核心程序，在官网上自我介绍时说自己是 Ensembl的pipeline 程序，有网友提到这是一个非常老的软件，最新版本开发出来也有10多年了，但是目前还是有很多公司用他进行基因组注释，我也只好先安装，过段时间有数据了好重复一下公司给反馈的结果。因为时间的原因，这次只记录安装过程。

Genewise主要用于将蛋白质序列和DNA序列进行比对，从而对DNA序列上的编码区进行预测。

软件下载及安装

1.官网下载地址https://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/

$ wget http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/wise2.4.1.tar.gz

$ tar -zxvf wise2.4.1.tar.gz

$ cd wise2.4.1/src

2.然后将将src目录下所有makefile中的glib-config替换成glib-2.0

$ find . -name makefile | xargs sed -i ‘s/glib-config/pkg-config glib-2.0/’

3.替换genewise使用库中函数名发生改变的部分，例如getline,现在是getline_ReadSeqVar

$ perl -p -i -e’s/getline/getline_ReadSeqVars/g’ ./HMMer2/sqio.c

$ perl -p -i -e 's/isnumber/isdigit/'models/phasemodel.c

4. 将csh改成sh

$ perl -p -i-e’s/csh welcome.csh/sh welcome.csh/’ makefile

5. make编译

$ make all, 后会显示下图，然后注意红框部分，建立一个运行环境，路径也给你写好了（还算友好）。

$ export WISECONFIGDIR=/public/home/lvqiang/software/wise2.4.1/wisecfg/

当然，后面加入不加入环境变量看个人习惯了，一些不是很常用的软件，我觉得没必要往里加，进入bin/目录：

$ ./genewise -help 看一下，如下图，显示帮助信息，安装成功：

里面参数含义及使用办法，结果解读，等我有了自己数据时再写一篇详细介绍了。

附：发现用手机看，命令行部分会出现排版问题，复制链接到网页就没问题了，刚开始学习阶段，时间比较紧张，以后逐步提高文章质量吧。