Seqkit：强大的序列处理工具

Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件。

github地址:

https://github.com/shenwei356/seqkit

下载地址：

https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/

选择适合自己的版本

tar -zxvf seqkit_linux_amd64.tar.gz，解压后只有一个seqkit程序。

发现有很多的功能，多到自己曾经遇到过的所有的序列处理问题(相见恨晚)，从序列查看到提取序列、拆分、处理、排序等等，实在是序列处理居家必备良药，思绪两秒钟，加入自己环境变量。

这次检索到这个工具，的因为想评估一下我用Hifiasm组装出来的序列碱基数，剩下的功能几乎涉及了我能想到的所有的序列处理工作，在CSDN社区中，作者“生信宝典”几乎阐述了所有的功能(Ref1)，时间原因，我就不探索了。

seqkit stat 统计序列信息

$ seqkit stats *.f{a,q}.gz #统计序列信息

$ seqkit stats *.f{a,q}.gz -T #用tab分割

$ seqkit stats *.f{a,q}.gz -a # 统计更多信息

$ seqkit stats -j 10 refseq/virual/*.fna.gz #多文件统计（ -j：使用多线程）

补充37个工具:

上图参考生信宝典的帖子。

Ref1：

https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/115535361

Ref2： https://www.jianshu.com/p/471283080bd6?utm_campaign=hugo