Hi-C技术辅助组装软件Lachesis安装

LACHESIS这个软件名字起得很好，Lachesis是希腊神话众神之一，负责决定生命之线的长度，但是安装起来，却非常折腾生命，很是麻烦。该软件是由shendurelab开发的用于辅助基因组组装的工具，13年发表在nat bio(https://doi.org/10.1038/nbt.2727)上面，也是非常牛了。

github地址：https://github.com/shendurelab/LACHESIS

我们看一下它的依赖，真多，还对版本有要求，用conda安吧，发现还没有，简直了。。。

其中LACHESIS需要两个依赖对版本的要求，一个低版本的samtools(低于0.1.19)和C++的库boost库(1.52.0<版本<1.67.0)，boost库要求是参考网友的帖子来的。

查一下服务器上boost库版本吧：

cat /usr/include/boost/version.hpp | grep “BOOST_LIB_VERSION”

// BOOST_LIB_VERSION must be defined to be the same as BOOST_VERSION

#define BOOST_LIB_VERSION “1_53”

谢天谢地，可以少安一个。

1.安装0.1.19版本的samtools和剩下的几个依赖：

https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/
tar -jxvf samtools-0.1.19.tar.bz2
autoheader
make
samtools安装好。
conda install -c bioconda blast
conda install -c bioconda bedtools

2.安装LACHESIS:

tar -zxvf shendurelab-LACHESIS-2e27abb.tar.gz
mv shendurelab-LACHESIS-2e27abb LACHESIS
添加两个环境变量：
export LACHESIS_BOOST_DIR=/usr/include/boost/
export LACHESIS_SAMTOOLS_DIR=/public/home/lvqiang/software/samtools-0.1.19
./configure报错错误1，根据提醒修改：
./configure --with-samtools=/public/home/lvqiang/software/samtools-0.1.19
make

然后报错：

由于之前安装的samtools并不是安装在/usr目录下，因此要修改:src/include/gtools/目录下的SAMStepper.h和SAMStepper.cc中的

#include, 指向实际地址。

例如我的是

#include </public/home/lvqiang/software/samtools-0.1.19 /sam.h>

再重新make,成功安装。

3.错误总结：

1. error: either specify a valid samtools installation with --with-samtools=DIR

一开始我用conda install -c yuxiang samtools 安装的0.1.19的samtools，在miniconda3/bin/目录也能成功运行，可提示samtools安装不正确，我们注意一下上面几个no提醒，conda安装的bin/目录下没有sam.h这样的文件，而非conda安装的有。手动安装0.1.19版本的samtools后再export后，这个错误就没有了。

4.后记：

这款软件没有conda版本，事实上，其开发团队早就不维护这个软件了，GitHub主页上也推荐使用https://github.com/theaidenlab里的工具进行组装。我安装它完全是因为看着公司之前的结题报告有用到它，也就安装了，即使在安装过程中随着了解知道了这个软件使用上的有很多问题，安装困难、无法处理多倍体、已经许久不维护、运行时还会出问题。可能我后期都不会用这个软件。

至此，软件安装的工作告一段落(安装了50多个软件)，开始在我的数据到来之前，从公众数据库下一些数据做一些和自己课题相关的分析吧。