基于深度学习方法研究分子/固体界面量子化质子耦合的电荷转移过程

本文利用深度学习技术,通过降低PIMD/RPMD计算量,研究了甲醇/二氧化钛界面的核量子效应在质子耦合电荷转移过程中的作用。研究发现,核量子效应能促进质子转移,影响电荷转移动力学,为理解和设计太阳能材料提供了新见解。
摘要由CSDN通过智能技术生成

摘要

【目的】理解分子与固体界面发生的超快电荷转移物理机制,对于提升太阳能电池以及光催化反应的能量转化效率起着至关重要的作用。【文献范围】在许多含有氢元素的分子/固体界面,分子会以一定结构吸附,分子中的氢会在固体表面形成氢键网络。由于氢元素具有很轻的质量,同时,它在分子中常常以质子的形式存在,因此人们常常可以在分子/固体界面观察到质子电子耦合在一起的电荷转移过程,而这类过程中质子的核量子效应(Nuclear quantum effects, NQEs)无法被忽略。最近,我们发展了结合路径积分分子动力学(Path-integral molecular dynamics, PIMD)与非绝热分子动力学(Nonadiabatic molecular dynamics, NAMD)的计算方法RP-NAMD,可以有效地研究质子电子耦合的电荷转移过程。然而,其中PIMD/RPMD的巨大计算量限制了这类方法在真实体系中的应用。【方法】在本文中,我们利用深度学习方法,大幅度减小了PIMD/RPMD的计算量,使得RP-NAMD可以应用于更大的体系,并可以用来研究更长时间尺度的动力学过程。为了验证新的方法,我们选择了甲醇/二氧化钛界面作为原型体系,并研究了核量子效应在界面质子耦合的电荷转移过程的重要作用。【结论】总之,本文基于深度学习,为大家提供了一种实用的、可以用来研究核量子效应与载流子动力学耦合效应的计算方法。

关键词: 深度学习; 路径积分动力学; 质子耦合电荷转移

引言

在国家提出双碳目标的大背景下,寻找可以替代传统燃料的新型太阳能材料,成为了关系到国计民生的重要问题,而太阳能是应用最广泛的可再生清洁能源之一。因此,发挥超级计算机高性能计算能力,结合大数据人工智能的新型科研范式,模拟太阳能转化中的关键物理过程,设计提升能量转化效率的方案,寻找新型太阳能材料,对完成双碳目标具有重要的意义。太阳能的转化包括光伏、光催化、光合成等不同的过程,无论是哪一种具体过程,理解界面体系的光激发载流子动力学物理机制都是一个非常重要的问题。

在光催化过程中,固体/分子界面是一类非常重要的体系。在真实的固体表面光催化过程中,由于暴露在大气环境或者浸泡在液体中,固体表面常常会被氢化或者羟基化,这时的分子在固体表面常常会形成氢键网络,在这种氢键网络中,氢元素以质子的形式存在。因此,在这样的体系中,分子/固体界面的电荷转移常常是以电子与质子相互耦合在一起的形式发生的[1⇓⇓⇓⇓-6]。此外,由于氢原子质量很小,因此在这种质子电子耦合的电荷转移过程中,氢元素的核量子效应往往无法忽略[7⇓⇓-10]

在第一性原理计算领域,针对固体/分子界面的核量子效应,路径积分分子动力学(Path-integral molecular dynamics, PIMD)以及基于相同理论拓展的环-聚合物分子动力学(Ring-Polymer molecular dynamics, RPMD)等方案被认为是一种有效的可以用来研究核量子效应的计算方法[11⇓⇓⇓-15]。另一方面,非绝热分子动力学(Nonadiabatic molecular dynamics, NAMD)是一种有效的用于研究激发态载流子动力学的计算方法。最近,我们将RPMDNAMD相结合,发展了可以包含核量子效应的载流子动力学方法。然而,在PIMD方法中,为了描述原子运动的量子化效应,每一个原子都被映射到一系列replica)上,这些之间用弹簧连接形成一个环,弹簧的弹性系数取决于体系核量子效应的强弱。这些也被称为珠子bead),而PIMD的计算量由这些珠子的个数所决定[14-16]。例如,如果我们在计算中使用了N珠子,那么PIMD的计算量就是普通分子动力学的N倍。一般来说,我们需要使用32个,甚至64珠子才能使计算达到收敛,这也使得PIMD的计算量非常庞大,人们难以用这种方法去研究尺寸较大的体系,也难以去研究时间尺度较长的动力学过程。

近年来,机器学习的迅速发展为我们提供了新的契机。最近,我们通过深度学习的方法, 大幅降低了PIMD/RPMD的计算量,并结合RPMDNAMD方法研究了甲醇分子(CH3OH)与锐钛矿二氧化钛(anatase TiO2)界面的电荷转移动力学过程。我们首先利用普通的第一性原理计算分子动力学(AIMD)产生训练集,通过AIMD的训练集,可以得到CH3OH/TiO2界面的原子受力与系统能量,基于能量与力,针对包含约200个原子的界面系统,我们可以用32珠子进行25 ps的模拟。我们的研究结果非常好地捕获了这个分子/固体界面氢键网络中的核量子效应。我们发现对于1层(MLCH3OH吸附的情况,核量子效应抑制了从TiO2CH3OH的空穴转移过程。对于1/2CH3OH吸附的情况,振动的零点能会激发界面的质子转移,我们可以观察到时间尺度大约为300 fs的界面质子耦合的电荷转移过程。我们的研究不仅揭示了TiO2/CH3OH界面质子耦合的电荷转移过程,同时还基于深度学习技术,为本领域提供了一种实用的、可以用来研究核量子效应与载流子动力学耦合效应的计算方法。

1 计算方法

1.1 生成AIMD训练集

我们利用Vienna ab initio simulation package (VASP) 软件来进行AIMD模拟并生成训练集[17-19]。使用投影缀加平面波方法(PAW)来描述电子-核相互作用[20]。整个计算中使用Perdew-Burke-Emzerhof (PBE) 交换关联函数和平面波基组截断能Ecutoff = 500 eV。我们使用4 × 4的超胞和4slab

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pimd 是一个 Protocol Independent Multicast 路由守护进程,支持 PIMv2-SM . PIM-DM:密集模式独立组播协议(Protocol Independent Multicast-Dense Mode) 独立组播协议(PIM)有两种模式:稀疏模式和密集模式。本文主要讲述密集模式独立组播协议 (PIM-DM)。 PIM-DM 主要被设计用于组播局域网应用程序,而 PIM-SM 主要用于一个大范围内的域间网络(WAN 和域间)。PIM-DM 使用了和 DVMRP 及其它密集模式一样的溢出和修剪机制。DVMRP 和 PIM-DM 之间的主要不同在于 PIM-DM 主要引入协议独立的观念。PIM-DM 可以使用由任意底层单播路由协议产生的路由表执行反向路径转发(RPF)检查。 ISP 特别需要 PIM-DM 所具有的能使用任意底层单播路由协议的能力,因为它不需要为 RPF 检查引入和管理一个独立的路由协议。单播路由协议扩展为多协议边界网关协议(MBGP)和 IS-IS 多协议路由(M-ISIS)后就被用来建立指定表完成 RPF 检查,但是 PIM-DM 不需要它们。 PIM-DM 能够使用由 OSPF、IS-IS、BGP 等产生的单播路由表。同时在执行 RPF 检查时,PIM-DM 也能够通过配置使用由 MBGP 或 M-ISIS 产生的的指定组播 RPF 表。 协议结构 PIM-DM 协议格式与 PIM-SM 相同: PIM version Type Reserved (Address length) Checksum PIM version ― 当前 PIM 版本号为2。 Type ― 特定 PIM 信息类型。 Address length ― 地址大小(二进制形式)。 Reserved ― 该字段值设为0,在接收端忽略。 Checksum ― 16位字段是整个 PIM 信息的补充总和。 标签:pimd
第一性原理分子动力学方法(ab initio molecular dynamics, AIMD)是一种基于量子力学的分子动力学模拟方法,可以模拟分子尺度的动力学过程。它可以用于研究液固界面反应过程,以下是其主要步骤: 1. 模型建立:建立包含液态和固态分子的系统模型。首先需要确定固体表面的原子结构和晶格常数,并确定固体表面与液体之间的界面结构。然后在固体表面上添加反应物分子, 对于液体分子需要通过一定的方法确定其分布,如Monte Carlo模拟等。 2. 能量计算:利用第一性原理计算方法(如密度泛函理论)计算模型中各个原子的能量,包括原子间的相互作用能和电子能带结构等。 3. 分子动力学模拟:根据计算出的能量,进行分子动力学模拟,模拟反应过程中的原子运动轨迹和能量变化。根据系统的初态和终态,可以得到反应的热力学和动力学性质,如反应速率、反应路径、中间体等。 4. 结果分析:通过对模拟结果的分析,可以得到液固界面反应过程中的反应机理、反应路径和反应产物等信息。 需要注意的是,AIMD方法计算量非常大,需要进行大量的计算才能得到准确的结果。同时,模拟过程中还需要考虑温度、压力等外界因素的影响,以及模型的误差和不确定性等问题。因此,对于液固界面反应过程的模拟研究需要结合实验和其他计算方法进行综合分析。
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