基于动态网络切分的关键蛋白质预测方法

摘 要 关键蛋白质作为蛋白质中的关键物质，不仅对研究细胞生长调控有着重要意义，也为更深层次的疾病研究奠定理论基础.目前，针对关键蛋白质的识别方法大多为应用基因表达信息和蛋白质相互作用网络，提出识别关键蛋白质的静态和动态网络方法，但这些方法未考虑基因表达调控的周期性规律，无法准确地刻画受基因周期调控的蛋白质网络.为此，在基因表达动态性的基础上引入了基因周期性表达的概念，提出了一种动态网络切分方法.该方法通过构建基因“活性”表达矩阵,利用切分后的“活性”表达矩阵作用于蛋白质相互作用网络，从而形成蛋白质周期子网络，最终综合各周期子网络来衡量蛋白质结点在网络中的重要性.实验结果表明，该方法在酵母、大肠杆菌和人类膀胱数据中可以有效地提高关键蛋白质预测率.

关键词 关键蛋白质；蛋白质相互作用网络；动态网络；周期子网络；动态基因表达

蛋白质作为构成一切生物细胞和结构必不可少的组成部分，与所有生物的生命活动息息相关，是生理功能的“基石”.由于不同氨基酸的排列顺序和空间组合有所差异，导致了蛋白质在各种生命活动中扮演了不同的角色.蛋白质可区分为关键蛋白质和非关键蛋白质，关键蛋白质在生物体内的作用尤为重要，正常生物体内如果缺少某类关键蛋白质，会造成生物体内某项功能的丧失，影响其正常生命活动，进而会导致该生物体的死亡[1].因此，准确有效地