转录组代谢组分析
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分析方法
钙小星
这个作者很懒,什么都没留下…
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结构域对比~HMMER安装及应用
网址:http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip要复制到讯雷里下载要不然就是404 no found下载完成后:Windows10 用户打开 控制面板,搜索 环境变量,点击 编辑系统环境变量,选择 环境变量在 系统变量 里找到 ,点击 编辑点击右边的 新建 按钮,填入 HMMER 所在的 路径之后在cmd里面测试能不能用,切换D盘后,输入hmmscan -h,回车出现这个说明可以使用了在Pfam(Pfam: Home pag原创 2022-06-27 14:56:19 · 2663 阅读 · 1 评论 -
引物设计-Primer6.0
1、引物应用核酸系列保守区设计并具有特异性。最好位于编码区5'端的300-400bp区域内,可以用DNAMAN,Alignment软件看看结果。2、不能形成2级结构。3、引物长度一般在17-25bp之间,上下游引物不能相差太大。4、G+C含量在40-60%之间,45-55%最佳。5、碱基要随机分布,尽量均匀。6、引物自身不能有连续4个碱基的互补。7、引物之间不能有连续4个碱基的互补。8、引物5‘端可以修饰。9、3’端不可修饰,而且要避开AT,GC富集的区域,避开T/C,A/G连续结构(2-3个)。10、引物原创 2022-06-14 22:13:57 · 8538 阅读 · 1 评论 -
本地blast~TBtools
首先,需要准备两个文件。第一个是建库(近缘物种目标基因),类似于这种格式;第二个是自己物种的protein.fasta打开TBtools,选择blast→several sequences to a big file然后,在方框处,上载自己的建库文件,然后在下面选择自己物种的protein文件,然后填入自己结果的输出路径以及文件命名,开始start然后得到了结果文件Query id:查询序列ID标识Subject id:比对上的目标序列ID标识% iden原创 2022-04-29 21:02:09 · 12451 阅读 · 2 评论 -
转录组代谢组联合分析基础名词
1.基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA):基因共表达网络是基于基因间表达数据的相似性而构建的网络图,图中的节点代表基因,具有相似表达谱的基因被连接起来形成网络。通过构建基因共表达网络,可以深入探讨基因间的相互作用关系并挖掘核心基因(hub gene)2.高通量测序:高通量测序技术(High-throughputsequencing,HTS)是对传统Sanger测序(称为一代测序技术)革命性的改变, 一次对几十万到几百原创 2022-02-24 15:53:38 · 4340 阅读 · 0 评论