基因组共线性分析~mauve（图文教程）

最新推荐文章于 2025-03-26 11:10:55 发布
最新推荐文章于 2025-03-26 11:10:55 发布
阅读量1.4w 收藏 39
点赞数 8
分类专栏： 叶绿体基因组分析 文章标签： 生物信息学
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_62735625/article/details/122887473
版权
本文详细介绍了如何利用Mauve软件和Geneious中的Mauve插件进行基因组共线性分析。不论是通过Mauve软件还是Geneious，都需要Java环境支持。在Mauve中，用户需添加FASTA格式的序列，设定输出文件名并运行；而在Geneious中，需先安装Mauve插件，导入GB/GBF格式文件，然后选择并分析全基因组。等待运算结束后，即可查看共线性分析结果。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

前言

用mauve进行基因组共线性分析是检测重排以及同源性基因的重要方式

有两个途径，一个是用mauve软件分析，一个是用geneious中的mauve插件

需要注意的是，这两个软件做共线性分析的时候都要求java环境

一、mauve使用教程

打开mauve软件，点击file→align with progressiveMauve

出现一个小窗口，点击add sequence添加序列，要上传序列的fasta格式

在output处对输出文件进行命名，点击align开始运行

 

 

运行完毕后自动弹出结果

最低0.47元/天 解锁文章
MAUVE（MAUVE: Measuring the Gap Between Neural Text and Human Text using Divergence Frontiers）阅读笔记
weixin_44846680的博客
01-11 1130
MAUVE（MAUVE: Measuring the Gap Between Neural Text and Human Text using Divergence Frontiers）阅读笔记
mauve软件安装linux,linux安装基因比对软件Mauve 报错
weixin_42442653的博客
05-11 934
有看的懂的嘛？[[emailprotected] mauve_snapshot_2015-02-13]# ./MauveException in thread “AWT-EventQueue-0” java.lang.NumberFormatException: For input string: “.”at java.base/java.lang.NumberFormatException.f...
mauve
03-20
淡紫色 对一本书进行ORM处理，并将其用于查找有趣的统计数据。 《纳博科夫最喜欢的词是淡紫色》一书的启示。 给定数据 有数据的10K书的一些细节一起玩。 特征 工具 刮ing 书籍来自： 口径网站 眼睛 来自的元数据： 好读物包括 类型 评论 维基百科： 作者出生年份 作者国籍 Mobi到Epub的转换 EPUB转换成文字 从epub移除图片/字体以将所需的存储空间降至最低 压缩预处理内容以将所需的存储空间降至最低 一本书的（有趣的）属性： 阅读文字所需的时间 书中的语言有多难 作者性别 作者国籍 作者出生年份与发布日期一起使用的乐趣，可以根据人们的年龄来比较人们的写作方式 平均评分（满分5分）（来自Goodreads） 类型（来自Goodreads） 词汇多样性 亵渎评分（内容亵渎程度） 正面/负面情绪 文字内的人提取文本中的人名。也获得这些人的性别 作业 人们的事情从语音项目： 人的
【Maven】入门介绍 与 安装、配置
August_._的博客
03-02 1351
Maven 概念介绍，以及如何安装、配置Maven
实验篇——基因组共线性分析
热门推荐
2301_78630677的博客
08-24 1万+
本文主要介绍了使用TBtools软件来进行基因组间的共线性分析，并进行可视化。对于物种间共线性的分析，使用TBtools软件，主要是基于MCScanx工具的算法进行的。可以用于检测和可视化基因组中的共线性区域，从而发现不同物种中的保守基因组区域。 借问酒家何处有，牧童遥指杏花村。 –2023-8-22 实验篇。
Mauve共线性分析软件Ubuntu安装及分析教程(解决安装Java报错问题)
kekkeejxasc的博客
03-22 4086
生信分析小白教程，介绍Mauve共线性分析软件Ubuntu安装及分析教程(解决安装Java报错问题）
「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中)
xuzhougeng blog
09-02 5932
在「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(上)还是有一个尴尬的事情，就是只用到两个物种，不能展示出JCVI画图的方便之处，因此这里参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)的分析，只不过画图部分拓展下思路。 首先要运行如下代码获取目的数据 python -m jcvi...
MCScanX：强大的基因组同线性分析工具
最新发布
gitblog_00042的博客
03-26 932
MCScanX：强大的基因组同线性分析工具 MCScanX 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mc/MCScanX 项目介绍 MCS...
比较基因组学
02-12
3. **共线性分析**：通过比较基因在染色体上的排列顺序，找出共线性关系，揭示基因的复制、反转和倒位等事件。 4. **系统发育分析**：利用像RAxML、PhyML或BEAST这样的软件构建物种的系统发育树，了解物种的演化...
Comparative_Genomics:Micro 612基因组学研讨会
04-16
微生物比较基因组学研讨会-2020年 由主持的为期3天的微生物生物信息学研讨会。 本模块介绍了使用基因组学文献...使用Mauve进行全基因组比对 在猿中进行DNA序列比较和系统发育分析 进行SNP密度分析以识别重组的证据 用古
mummer基因组共线性分析详解
qq_36608036的博客
09-08 1万+
在生物信息中，基因组共线性分析dotplot图几乎全部是用MUMmer或者LAST做的。相比对LAST，MUMmer生成的图似乎更加美观和详细，last-plot会可能会省略一些过长的id，而mummerplot会全部写出来。 MUMmer的安装 1.1 安装MUMmer主程序前，需要先安装gnuplot： 从gnuplot的官网http://www.gnuplot.info/ 链接到其sourceforge下载页。 注意：最新版的gnuplot v5.2.6在后续运行时与MUMmer4可能不太兼容，会
mauve软件安装linux,基因组比对工具Mauve
weixin_36210904的博客
05-11 2459
这是基因组比对工具Mauve，一种系统高效地构建多重基因组比对在大型的进化事件，如重排和反演。多个基因组对齐方式提供新的比额表进化动力学研究和比较基因组学的研究基础。调整整个基因组是一个从根本上不同的问题，比短序列。软件介绍开放源码软件根据 GNU GPL 许可淡紫色的当前版本是 2.3.1，于 11 月 11 日公布。2.x 版本系列包含准确的新对准算法，称为渐进的淡紫色。为更全面的变化和新的功...
Science经典：植物基因组的同线性与共线性分析思路
悟道西方
09-28 1236
随着时间的推移，真核生物的基因组在基因同线性（synteny）和共线性（collinearity）方面存在一定程度的差异。这些差异在不同生物类群之间表现出不同的特征。基因同线性（synteny，是指不同物种中这些基因都位于同一个染色体区域，collection of contiguous genes located on the chromosome of different species）共线...
基因组共线性分析方法
weixin_30782331的博客
11-27 4849
#===================================== 版本1 ================================== 链接地址：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 作者： wyp 版本：Perl #===================================== 版本2 =====...
一文看够，植物线粒体基因组分析套路
SHANGHAILINGEN的博客
04-25 1831
目前报道的植物线粒体基因组绝大多数以环形表示，其包含了所代表物种线粒体的所有遗传信息，被定义为主环。
生物信息百Jia软件（九）：Mummer
xxxie_的博客
08-05 5902
欢迎订阅微信公众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑QQ群：32798724 mummer具有一定的历史了，应该最早发表于1999年，是最早的全局比对软件，因为之前序列都比较短，以局部比对软件为主。mummer的出现，让我们第一次能够比较到不同物种两个完整基因组之间的差别。mummer里面的小工具比较多，有很多非常好用的小工具，例如dnadiff，但这同时也增加了学习成本。mummer的...
Uubntu20.04无法打开Mauve基因组比对软件的解决办法 （2）
zero406的博客
06-03 1076
Mauve软件安装各种坑，就是打不开。我的是Uubntu20.04 基本就是“https://blog.csdn.net/weixin_42442653/article/details/116838991#commentBox”这种错误。 借鉴Mingyan_C（无法打开Mauve基因组比对软件的解决办法） 链接：https://www.jianshu.com/p/55024324a062 不多说，直接淦！ 1,安装openjdk-8-jdk 参考bosslv（https://www.cn.
如何用WGDI进行共线性分析(上)
xuzhougeng blog
02-01 7871
多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中, 是物种进化的重要动力。如果一个物种在演化过程中发生过多倍化，那么在基因组上就会存在一些共线性区域(即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致)。 例如拟南芥经历了3次古多倍化，包括2次二倍化，一次3倍化 (Tang. et.al 2008 Science). ..For example, Arabidopsis th...
用R分析一个细菌基因组的信息的详细步骤
06-03
分析一个细菌基因组的信息通常需要以下几个步骤： 1. 数据质量控制：对测序数据进行质量控制，去除低质量序列和污染序列。 2. 组装基因组：使用组装软件将清洗后的序列组装成连续的序列（contigs）或scaffold。 3. 基因注释：对组装好的基因组进行基因注释，包括基因预测、基因结构分析、功能注释等。 4. 基因组比较：将注释好的基因组与已知的基因组进行比较，找出基因组间的差异和共同点。 5. 通路分析：对基因组注释信息进行通路分析，包括KEGG、GO、Reactome等通路数据库。 在R中，可以使用各种生物信息学软件包来进行基因组分析，如： 1. seqinr、Biostrings、ShortRead等包可以用于序列处理和质量控制。 2. SPAdes、IDBA-UD、SOAPdenovo等包可以用于基因组组装。 3. RAST、Prokka、GeneMark等包可以用于基因注释。 4. Mauve、BLAST、MAFFT等包可以用于基因组比较。 5. KEGG、GOstats、ReactomePA等包可以用于通路分析。 以上只是一些常见的包和工具，具体应用还需要根据实际情况进行选择和调整。
评论 6
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值