叶绿体基因组分析
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一些软件的使用教程
钙小星
这个作者很懒,什么都没留下…
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上传叶绿体基因组序列至NCBI
进入NCBI官网:National Center for Biotechnology Information (nih.gov)原创 2022-04-21 21:58:51 · 3404 阅读 · 0 评论 -
SSR检测,定位~MISA,perl
SSR(Simple Sequence Repeat),简单重复序列标记。SSR是以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,或称微卫星序列标记(Microsatellite sequence,MS),或短串联重复标记( Short Tandem Repeat,STR)一、MISA检测SSR官网地址:Misa-web - IPK Gatersleben (ipk-gatersleben.de)打开后如下输入自己的邮箱,选择一种方法上载自己的序列(Accession number,FASTA s.原创 2022-03-25 11:17:39 · 3375 阅读 · 4 评论 -
密码子偏好性分析~codonW,EMBOSS:CUSP(图文教程)
编码同一氨基酸的不同密码子互为同义密码子,不同的同义密码子被使用的频率并不一样原创 2022-02-08 11:09:27 · 10472 阅读 · 5 评论 -
全基因组序列对比~mVISTA,perl转化mvista格式(图文教程)
一、mVISTA的使用首先,官方网址:https://genome.lbl.gov/vista/index.shtml打开后如下,点击mVISTA输入需要对比的序列个数在对应位置输入自己的邮箱,上传目标序列的fasta格式文件这里有三个选项,LAGAN是多序列对比,Shuffle-LAGAN是检测重排在Name栏输入对应序列的名称,一般不能出现空格,可以用“-”代替然后要上载文件,这里的文件格式要求必须是mvista格式的文件(要用pe..原创 2022-02-11 19:29:25 · 7299 阅读 · 15 评论 -
NJ法,ML法构建系统发育树~MEGA7.0,iqtree(图文教程)
MEGA7.0使用NJ法(Neighbor-Joining Algorithm,邻接法)构建系统发育树;IQtree使用ML法(Maximum likelihood,最大似然法)构建系统发育树原创 2022-01-21 20:07:36 · 16444 阅读 · 3 评论 -
叶绿体边界区域可视化对比~irscope本地化、使用(图文教程)
大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构,即由LSC、SSC以及一对IR区域构成,IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比,从而对该科/属的叶绿体的结构有一个更加宏观的认知。原创 2022-02-11 11:46:50 · 5577 阅读 · 11 评论 -
系统发育树的美化~Figtree(图文教程)
figtree是一款用于进化生物学的进化树作图软件,常用于进化树的美化,可以设置颜色、名称、样式等参数原创 2022-01-22 20:28:54 · 28817 阅读 · 0 评论 -
构建系统发育树~序列对比 MEGA、MAFFT(图文教程)
前言构建进化树的流程为:整合各个基因文件到一个fasta文件中→进行序列对比→建树。序列对比是构建进化树的基础,主要是为了确定所有序列的同源位点能相互对应。一、MEGA进行序列对比刚开始最先使用的序列对比软件是MEGA7.0,首先点击Align→Edit/Build Alignment,会弹出一个对话框,点OK,弹出第二个对话框,根据自己的序列选择,我选择DNA序列会弹出另一个对话框,点击Edit→Insert Sequence From File ,打开自己整合后的fas...原创 2022-01-15 23:24:27 · 10866 阅读 · 0 评论 -
叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2,OGDRAW(图文教程)
前言叶绿体基因组(cpDNA)是环状的,在大小、结构和基因含量方面都相对保守,目前常被用于属水平的进化研究以及分子鉴定。叶绿体基因的注释是目前对基因组最常见、最基础的分析。一、CPGAVAS2的使用首先要寻找最佳的参考基因组,打开NCBI官网:National Center for Biotechnology Informationhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/点击BLAST,跳转页面后点击NucleotideBLAST输入目标序列的acce...原创 2022-01-24 22:55:52 · 6663 阅读 · 2 评论 -
基因组共线性分析~mauve(图文教程)
前言用mauve进行基因组共线性分析是检测重排以及同源性基因的重要方式有两个途径,一个是用mauve软件分析,一个是用geneious中的mauve插件需要注意的是,这两个软件做共线性分析的时候都要求java环境一、mauve使用教程打开mauve软件,点击file→align with progressiveMauve出现一个小窗口,点击add sequence添加序列,要上传序列的fasta格式在output处对输出文件进行命名,点击align开始运行原创 2022-02-11 21:11:42 · 11476 阅读 · 5 评论