密码子偏好性分析~codonW，EMBOSS：CUSP（图文教程）

前言

真核生物基因组存在64个密码子，这64个密码子编码20种不同的氨基酸和3个终止密码子，除蛋氨酸(Met)和色氨酸(Trp)外的所有氨基酸均由一个以上密码子编码。编码同一氨基酸的不同密码子互为同义密码子，不同的同义密码子被使用的频率并不一样，被频繁使用的密码子是“偏好密码子”，而其他密码子则是“非偏好密码子”，这种现象被称为“密码子偏好性”。 一般认为，密码子偏好性的成因是不同密码子对应的tRNA在细胞里的丰度不一样。 一般而言，tRNA丰度越高，其对应的密码子的使用频率也会越高。

---

一、相关参数介绍

1、CUB：密码子使用偏好性（codon usage bias），不同的同义密码子被使用的频率并不一样，被频繁使用的密码子是“偏好密码子”，而其他密码子则是“非偏好密码子”，这种现象被称为“密码子偏好性”。

2、RSCU：相对同义密码子使用度 （relative synonymous codon usage），RSCU定义是以某一个同义密码子的使用次数为分子，以该密码子预期出现的次数为分母。其中，预测出现的次数为该密码子所编码的氨基酸的所有密码子平均使用的次数。

如果密码子使用没有偏好，则该密码子的RSCU值等于1。当某一密码子的RSCU值大于1，则表明其的使用频率相对较高。由于它计算方便，而且很直观的反映出密码子使用的偏好性，因此在大多数的密码子相关分析中，都使用了它作为衡量偏好性的标准

3、ENC：有效密码子(effective number of codon)，反映的是密