影像组学2：病灶分割-3D Slicer

今天我们将介绍影像组学中利用3D Slicer进行病灶分割的方法。3D Slicer是一款免费且支持半自动分割的软件。该软件的下载地址为：https://download.slicer.org/ 。接下来，我们将演示其具体操作流程。

1、添加数据

1.1 首先，把包含DICOM格式影像图片的文件夹直接拖到3D slicer的界面，然后点击OK。

1.2 选中Patient name，然后依次点击Examine-Load，这样图片就打开了。

2、病灶分割

2.1 首先，点击以下图片中的下拉箭头，然后选择Segment editor。

2.2 点击带有绿色“+”号的add。

2.3 使用Paint功能勾画感兴趣区域。

可以隔两三层画一次（示例中为随意勾画，大家在实际操作中可以请专业的医生确认感兴趣区域）。

这是一个三维的图像，我们只要在一个面上勾画就可以了，另外两个面会自动显示勾画的区域。

2.4 点击Show 3D，显示三维图像。

2.5 选中以下居中的符号，使绘制好的三维图像居中。

2.6 使用Fill between slices功能

上一步中完成的三维图像不是完整连续的三维图像，是一层一层的。Fill between slices这个功能可以自动填充每一层之间的间隙。选中Fill between slices，然后依次点击Initialize-Apply。

2.7 Smoothing功能使图像表面更光滑

首先，选中Smoothing功能，然后选择Joint smoothing，最后点击Apply。

2.8 剪刀功能

剪刀功能的选项较多。以第一个Erase inside功能为例，也就是把圈起来部分里面的内容减掉。

3、 保存

点击“Save”，弹出的对话框包含4个文件，其中2个是分割前的原始文件，另外2个是分割后的文件。

将对话框放大，可以修改单个文件的保存路径。

也可以同时修改4个文件的保存路径。

最后，选择保存。