SPDBV-用于蛋白质的处理

这个软件是在学习分子动力学模拟时，需要就蛋白质的处理，补足缺失的原子，看到说可以自动添加缺失的原子，就学习了，太久了都有些忘记了，记录了一下，当时还学习了氨基酸的替换以及突变等等，得找找学习笔记看看了 

软件是这样的

也是导入蛋白质，可以直接把蛋白质拖进来，也可以从文件打开都可以了

打开蛋白质的页面是这样的

然后可以先把蛋白质的氨基酸等调出来，进行需要的操作，在这里可以找到。

就会得到这样的

上面这一栏，有label，显示形态，以及颜色等选择，点那个文字就会显示，点击减号就消失

有很多的功能，可以进行蛋白质的能量最小化，在tools这个选项里面

点击之后的界面是这样的

还可以查看蛋白质的序列，在这个里面

功能还是很多的，打开每个选项可以看一下，用到了再看看

我看到还可以比对两个蛋白质来着，导入两个蛋白质后，fit里面的很多功能就有了，一个蛋白就是灰的，就可以进行是否叠合等选择

点了一下magic fit，两个蛋白质的比对选择就有了

还是用的少，好多都忘记了，等后续用多了，再记录。