ImageJ 用户手册——第五部分（菜单命令Image）

菜单命令

28. Image

28.1 Type

使用此子菜单可以确定活动图像的类型或将其转换为其他类型。尝试执行不支持的转换时，会显示一个对话框，列出可能的转换。

• 8–bit：转换为8位灰度。ImageJ通过从最小值-最大值到0–255的线性缩放将16位和32位图像转换为8位，其中最小值和最大值是Image>Adjust>Brightness/Contrast中显示的两个值。Image>Show Info将这两个值显示为“显示范围”。请注意，如果在Edit>Options>Conversions中未选中“转换时缩放”，则不会执行此缩放。如果在Edit>Options>Conversions 中选中了“加权RGB转换”，则RGB图像将使用公式gray=（红色+绿色+蓝色）/3转换为灰度，或gray=0.299×红色+0.587×绿色+0.114×蓝色。
• 16–bit：转换为无符号的16位灰度。
• 32–bit：转换为带符号的32位浮点灰度。
• 8–bit Color：使用Heckbert的中值剪切颜色量化算法转换为8位索引颜色。一个对话框允许指定颜色的数量（2–256）。活动图像必须是RGB颜色。
• RGB Color：转换为32位RGB颜色。
• RGB Stack：转换为3片（红色、绿色、蓝色）堆栈。活动图像必须是RGB颜色。
• HSB Stack：转换为3片（色调、饱和度和亮度）堆栈。活动图像必须是RGB颜色。

28.2 Adjust

此子菜单包含调整亮度/对比度、阈值级别和图像大小的命令。

28.2.1 Brightness/Contrast

使用此工具可以交互更改活动图像的亮度和对比度。对于8位图像，通过更新图像的查找表（LUT）来改变亮度和对比度，因此像素值不变。对于16位和32位图像，通过将映射从像素值更改为8位显示值来更新显示，因此像素像素值也保持不变。通过修改像素值来改变RGB图像的亮度和对比度。

• Histogram：窗口顶部的折线图位于图像的直方图上，显示了像素值如何映射到8位（0-255）的显示值。绘图下方的两个数字是显示的最小和最大像素值。这两个值定义了显示范围或“窗口”。ImageJ通过将显示范围内的像素值线性映射到0–255范围内的显示值来显示图像。值小于最小值的像素显示为黑色，而值大于最大值的像素则显示为白色。
• Minimum and Maximum sliders：控制显示范围的下限和上限。按住Shift键将同时调整合成图像的所有通道。
• Brightness slider：通过移动显示范围来增加或降低图像亮度。按住Shift键将同时调整合成图像的所有通道。
• Contrast slider：通过改变显示范围的宽度来增加或减少对比度。显示范围越窄，对比度就越高。按住Shift键将同时调整合成图像的所有通道。
• Auto：ImageJ将基于对图像直方图的分析自动优化亮度和对比度。创建一个选区，整个图像将根据对选区的分析进行优化。通过允许图像中的一小部分像素饱和（显示为黑色或白色）来进行优化。每次额外单击“自动”都会增加饱和像素的数量，从而增加优化量。如果命令记录器（Plugin>macro>Record…）正在运行，则会生成run（“Enhance Contrast”, “saturated=0.35”）宏调用。
• Reset：恢复原始亮度和对比度设置。显示范围被设置为图像的全像素值范围。如果命令记录器正在运行，则会生成resetMinAndMax（）宏调用。按住Shift键可恢复合成图像的所有通道中的原始设置。
• Set：允许在对话框中输入最小和最大显示范围值。如果命令记录器正在运行，则会生成setMinAndMax（）宏调用。16位图像由65536个可能的灰度级组成。然而，大多数情况下，相关图像信息仅包含在灰度的窄范围内。例如，在微光显微镜中就是这种情况，其中信号被限制在灰度的下端。设置显示范围对话框允许您选择如何缩放16位图像的灰度级范围。
  - Automatic：根据从最低像素值到最高像素值的像素值总数的百分比，自动选择给定图像强度值的最佳范围。
  - 8–bit (0–255)：灰度级范围为0–255。
  - 10–bit (0–1023)：灰度级范围为0–1023。
  - 12–bit (0–4095)：灰度级范围为0–4095。
  - 15–bit (0–32767)：灰度级范围为0–32767。
  - 16–bit (0-65535)：灰度级范围为0–65535。
  选中“传播到所有打开的图像”，将这些值应用到当前打开的其余图像。对于多通道图像，还可以选择将指定范围传播到其余通道。
• Apply：将当前显示范围映射功能应用于像素数据。如果有选区，则仅修改选区中的像素。该选项目前仅适用于8位图像、8位堆栈和RGB堆栈。这是唯一一个改变非RGB图像像素数据的B&C选项。

28.2.2 Window/Level

该命令和亮度/对比度[C]（B&C）是多余的，但窗口/级别（W&L）的行为方式更接近于在医学图像终端上实现的方式，通过交互调整窗口-最小和最大范围（对比度）-以及级别-灰度强度空间中该范围的位置（亮度）。如果B&C窗口打开，它将关闭，W&L窗口将在同一位置打开。

28.2.3 Color Balance

此面板可调整标准RGB图像的单一颜色的亮度和对比度（每个颜色通道8位）。对于多通道堆栈和Hyperstacks（彩色合成图像），它会相应地调整每个颜色通道。使用下拉菜单指定要调整的颜色/通道（为所选通道绘制直方图）。

Image>Adjust>Brightness/Contrast中所述的“最大”和“最小”滑块、“自动”、“设置”和“应用”工作。与“窗口/级别”工具类似，如果打开B&C窗口，它将被关闭，并且“颜色”窗口将在同一位置打开。从一种颜色切换到另一种颜色时，除非之前单击“应用”，否则对一种颜色所做的更改将丢失。此外，请注意，对于作为堆栈加载的48位彩色图像，亮度/对比度适用于单个堆栈切片，即颜色，并且忽略“颜色”面板的颜色设置。

28.2.4 Threshold

使用此工具可以自动或交互设置阈值下限和上限，将灰度图像分割为感兴趣的特征和背景。使用Analyze>Measure[m]（选中Analyze>Set Measurements中的限制阈值）来测量所选特征的总和。

• Upper slider：调整最小阈值。按住Shift键，同时调整最小值，以在灰度值范围内移动固定宽度的阈值窗口。
• Lower slider：调整最大阈值。
• Method：允许选择16种不同的自动阈值方法中的任何一种。Fiji的Auto Threshold网站上介绍了这些方法。默认方法是ImageJ 1.41及更早版本使用的修改后的IsoData算法。请注意，这些是全局阈值化方法，通常无法处理照明不均匀的图像。在这些情况下，通过允许阈值在图像上平滑变化，局部算法更为合适。这些都是通过在Fiji预装的Auto Local Threshold插件实现的。
• Display：选择三种显示模式之一：
  - Red：以红色显示阈值。
  - B&W：特征以黑色显示，背景以白色显示。此模式尊重Process>Binary>Options中设置的黑色背景标志。
  - Over/Under：以蓝色显示低于下限阈值的像素，以灰度显示阈值像素，以绿色显示高于上限阈值的像素。这些颜色可以通过从宏中调用ImageProces 的sor.setOverColor（）和setUnderColor（）方法更改‌。
• Dark background：当特征比背景亮时进行检查。复选框的状态会在重新启动时被记住。
• Stack histogram：如果选中，ImageJ将首先计算整个堆栈（或超堆栈）的直方图，然后根据该直方图计算阈值。因此，使用单个计算值对所有切片进行二值化。如果未选中，则会单独计算每个切片的阈值。
• Auto：使用当前选择的阈值方法，根据对当前图像或选择的直方图的分析自动设置阈值级别。
• Apply：将阈值像素设置为黑色，将所有其他像素设置为白色。对于32位浮点图像，Apply还将运行Process>Math>NaN Background。
• Reset：禁用阈值设置并更新直方图。
• Set：可以在此对话框中输入新的阈值级别。

28.2.5 Color Threshold

基于色调饱和度和亮度（HSB）、红-绿-蓝（RGB）、CIE Lab或YUV分量的24位RGB图像阈值。滤波器的范围可以手动设置，也可以基于用户定义的ROI的像素值分量进行设置。该命令在1.43l版本中实现，是Threshold Colour插件的实验内置版本，尚未完全集成到ImageJ中。

• Pass：如果选中，则对范围内的值进行阈值处理并显示（带通滤波器），否则，对选定范围外的值进行阀值处理（带阻滤波器）。
• Thresholding Method：允许选择16种不同的自动阈值方法中的任何一种。
• Threshold Color：选择阈值颜色：Red, Black, White or Black & White
• Color space：选择颜色空间：HSB、RGB、CIE Lab或YUV
• Dark background：当特征比背景亮时进行检查。复选框的状态会在重新启动时被记住。
• Original：恢复原始图像，并在切换到另一个图像时更新缓冲区。
• Filtered：显示过滤后的图像。请注意，最终的阈值图像类型是RGB，而不是8位灰度。
• Select：根据当前设置创建ROI选择。根据Process>Binary>Options对话框中定义的设置进行选择。
• Sample：（实验）基于用户定义ROI中的像素值分量设置滤波器的范围。
• Stack：使用当前设置处理堆栈的剩余切片（如果有）。
• Macro：根据当前设置创建一个宏，该设置发送到“宏录制器”窗口（Plugins>Macros>Record）（如果打开）。
• Help：打开内置的帮助对话框。

28.2.6 Size

将活动图像或选区缩放到以像素为单位的指定宽度和高度。选中“约束纵横比”，ImageJ将调整“高度”或“宽度”以保持原始纵横比。如果适用，也可以调整其他维度的大小：堆栈中的深度（图像）、超堆栈中的“深度”（切片）和“时间”（帧）。选中缩小图像时的平均值复选框，以在缩小图像时获得更好的结果。两种重新采样方法是可能的：双线性插值和双三次插值。

28.2.7 Canvas Size

在不缩放实际图像的情况下更改画布大小。宽度和高度可以是展开的，也可以是收缩的。如果画布大小增加，则使用当前背景色填充边框，或者，如果选中“零填充”，则使用值为零的像素填充边框。还可以指定旧图像在新画布内的位置。

28.2.8 Line Width

此小部件用于调整行选择的宽度（以像素为单位）。双击“线选择工具”图标可以更容易地打开它。检查样条线拟合将三次样条线曲线拟合到定义直线的点。

28.3 Show Info

打开包含活动图像信息的文本窗口。对于DICOM和FITS图像，还显示文件头信息。使用弹出菜单（右键单击“信息”窗口）将信息保存到文本文件或复制到系统剪贴板。

28.4 Properties

使用此命令可以显示和设置当前图像或堆栈的各种属性。只要c、z和t的乘积等于堆栈中的图像数量，就可以更改图像中的通道（c）、切片（z）和帧（t）的数量。长度单位是一个字符串，用于描述像素宽度、像素高度和体素深度的测量单位。如果长度单位从ImageJ的一个已知单位（“m”、“µm”[或“um”或“微米”]、“mm”、“cm”、“米”、“km”或“英寸”）更改为另一个单位，则会自动转换这三个维度。µ和Å符号可以分别使用Alt M和Alt Shift A键入。

对于t系列堆栈，可以查看和设置以秒为单位的帧间隔（帧速率的倒数）。如果单位为“秒”，则设置“帧间隔”也将设置“动画选项”使用的帧速率。原点是图像坐标系的参考点0，0（始终以像素为单位）。

28.5 Color

此子菜单包含处理彩色图像的命令。

28.5.1 Split Channels

将RGB图像（或堆栈）拆分为三个8位灰度图像，其中包含原始图像的红色、绿色和蓝色分量。窗口名称有一个附加的（红色）、（绿色）和（蓝色）。对于合成图像和/或超堆栈，此命令将堆栈拆分为单独的通道。

28.5.2 Merge Channels

将2–7个图像合并为RGB图像或多通道合成图像。使用C1–C7下拉菜单选择通道顺序/颜色。选择“无”跳过一个频道。

• Create composite：如果选中，将创建多通道合成图像。如果未选中，则会创建一个RGB图像。创建合成图像时，除非选中“忽略源LUT”，否则将保留原始LUT和显示范围。创建RGB图像时，始终忽略源LUT。
• Keep source Images：如果选中，则不会处理源图像。
• Ignore source LUTs：在这种情况下，合并的通道将采用除了通道选择之外提到的查找表，即红色、绿色、蓝色、灰色、青色、品红色、黄色。如前所述，当合并到RGB时，会假定此选项。

28.5.3 Channels Tool

Image>Hyperstacks>Channels 工具的别名。

28.5.4 Stack to RGB

将两个或三个切片堆栈转换为RGB图像，假设切片按R、G、B顺序排列。堆栈必须是8位或16位灰度。还将合成图像（例如，File>Open Samples>HeLa Cells）转换为RGB。

28.5.5 Make Composite

将RGB图像、2–7图像堆栈或2–7通道超堆栈就地转换为合成彩色图像。使用通道工具（Shift Z）可以启用和禁用合成图像的通道。使用亮度/对比度[C]（Shift C）调整当前通道的亮度和对比度。

28.5.6 Show LUT

显示活动图像的查找表的绘图。查找表或颜色表描述了为256个可能的像素值中的每一个显示的颜色。对于16位和32位图像，显示的像素值范围映射为0–255。绘图下方的条形图显示像素值的颜色表示。请注意，RGB彩色图像不使用查找表。使用列表单选按钮将LUT导出为CSV文件。

28.5.7 Edit LUT

打开ImageJ LUT（查找表）编辑器。ImageJ中的查找表最多有256个条目。当您将光标移动到LUT Editor窗口上时，条目索引及其关联的三个值（红色、绿色和蓝色）将显示在ImageJ状态栏中。单击条目，使用“颜色选择器”窗口编辑该条目的红色、绿色和蓝色值。

28.5.8 Color Picker

颜色选择器使用户可以选择前景色和背景色，这会影响Edit>Fill、“绘制[d]”、“清除”和其他绘图命令。它在窗口底部的选择框中显示当前的前景色和背景色。它有两种模式：前景和背景。要更改模式，请单击所需的选择框。单击前景/背景切换器按钮将当前前景设置为背景，反之亦然。“黑色/白色重置”按钮将前景设置为黑色，将背景设置为白色。

调色板基于HSB（色调、饱和度和亮度）颜色模型。当饱和度和亮度值被水平分割时，色调会随着调色板的下降而增加。调色板的左半部分只在亮度上变化，而右半部分只会在饱和度上变化。在颜色渐变的中心是放大的红色、绿色、蓝色、青色、品红色和黄色，用于快速选择。调色板左侧是一个从纯黑到纯白的灰度渐变。

双击一种颜色会显示ColorChooser，这是一个带有三个滑块的小部件，用于指定前景或背景颜色的RGB值。“颜色选择器”小部件的标题（“前景颜色”或“背景颜色”）指示当前的选择模式。要获得精确的颜色，请手动更改文本框中的值。最终颜色的十六进制值也会显示出来，为检索自定义颜色提供了一种方便的方式，例如个性化套印格式。

如前所述，颜色选择器工具可用于从图像画布中“拾取”前景色/背景色。也可以使用绘图工具（如箭头、笔刷、叠加笔刷和铅笔工具）的“选项”对话框中的“颜色”下拉菜单更改前景颜色。

28.6 Stacks

此子菜单包含与堆栈相关的命令。Image>Hyperstacks>submenu中列出了与Hyper堆栈特别相关的操作。

28.6.1 Add Slice

在当前显示的切片之后插入一个空白切片。按住Alt键可在当前切片之前插入一个空白切片。使用Hyperstacks，对话框提示可以插入通道、z切片或t帧。

28.6.2 Delete Slice

删除当前显示的切片。使用Hyperstacks，可以删除当前通道、z切片或t帧。

28.6.3 Next Slice

显示当前显示的切片之后的切片。按住Alt键>将向前跳过十个切片。

28.6.4 Previous Slice

显示当前显示的切片之前的切片。按住Alt＜将向后跳过十个切片。

28.6.5 Set Slice

显示指定的切片。用户必须输入大于或等于1且小于或等于堆栈中切片数的切片数。

28.6.6 Images To Stack

根据当前显示在单独窗口中的图像创建新堆栈。

• Method：如果图像大小不同，则可以通过下拉菜单选择转换方法：
  - Copy (center) and Copy (top-left)：堆栈将具有最宽打开图像的宽度和最高打开图像的高度。然后，较小的图像将被复制到切片的中心或左上角。边框中填充的像素值为零。
  - Scale (smallest) and Scale (largest)：堆栈将具有最小/最大打开图像的尺寸。其他图像被缩放到新的切片尺寸。如果检查了双三次插值，则使用双三次插补
• Name：指定要创建的堆栈的标题。
• Title Contains：在该字段中输入一个字符串，ImageJ将仅转换为名称包含该字符串的堆栈图像。
• Bicubic Interpolation：如果选中，则如果之前选择了任何“缩放”方法，则将使用双三次插值。
• Use Title as Labels：如果选中，图像标题（不带扩展名）将用作堆栈标签。如Stacks>Tools>Remove Slice Labels中所述，这些标签（最多60个字符）对应于图像字幕，即图像上方的信息行。
• Keep Source Images：如果选中，则保留原始图像。

28.6.7 Stack To Images

将当前堆栈中的切片转换为单独的图像窗口。

28.6.8 Make Montage

生成单个栅格图像，其中包含组成Stacks和4D Hyperstacks的各个图像。这对于存储在堆栈中的一系列图像的视觉比较以及为出版物和演示创建“面板图”非常有用。对话框允许您指定复制图像的放大率级别，并选择生成网格的布局。

• Label Slices：如果选中，蒙太奇面板将使用切片标签进行标记。切片标签（最多60个字符）对应于图像字幕，即图像上方的信息行。这些标签是堆栈元数据的一部分，通常由File>Import>Image Sequence 或Stacks>Images To Stack创建。如果不存在切片元数据，则用切片编号标记图像。请注意，Stacks>Label命令可用于在堆栈切片中绘制标签。标签采用无衬线字体。
• Use Foreground Color：如果选中，边框和标签将以前景色绘制，面板的空白区域将以背景色填充。

28.8.9 Reslice

通过当前堆栈或超堆栈表示的图像体积重建一个或多个正交切片。

输出堆栈的估计大小和可用内存量显示在对话框的底部。增加输出间距以减小输出堆栈的大小。

对话框允许您指定重新构造的切片的间距。

• Output spacing：确定将重建的正交切片的数量。增加输出间距会减小输出堆栈的大小。
• Start at：确定重建开始的图像边缘（顶部、左侧、底部或右侧）。如果有行选区，起始点将替换为切片计数。对于行选区，通过向下和向左移动行（按输出间距）来创建堆栈，以为输出堆栈生成额外的切片。在这种情况下，输出堆栈的大小由Slice计数决定。
• Flip vertically：如果选中，输出堆栈中的每个切片都将垂直翻转。
• Rotate 90 degrees：如果选中，输出堆栈中的每个切片将旋转90°。
• Avoid interpolation：如果选中，则不会进行插值。
• Help： http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/image.html#reslice

26.8.10 Orthogonal Views

提供当前堆栈或超堆栈的正交视图显示。例如，如果堆栈显示矢状截面，则将通过数据集显示冠状（YZ投影图像）和横向（XZ投影图像）。

这两个额外的平面视图显示在原始图像旁边的“粘性”面板中，可以使用命令快捷键Shift H进行切换。

三个视图的交点遵循鼠标单击的位置，可以通过在XY、XZ或YZ视图中单击和拖动来控制。XY和XZ坐标显示在投影面板的标题中。鼠标滚轮可更改所有三个视图中的屏幕平面。可以在Image>Properties中调整体素尺寸。

28.6.11 Z Project

沿着垂直于图像平面的轴（所谓的z轴）投影图像堆栈。对于超定位，投影是在活动时间帧上执行的，如果选中了“所有时间帧”，则对所有时间点执行投影。支持五种不同的投影类型。首选投影方法存储在首选项文件中。

• Average Intensity：投影输出图像，其中每个像素在对应的像素位置存储堆叠中的所有图像的平均强度。
• Maximum Intensity：投影（MIP）创建输出图像，该输出图像的每个像素包含在特定像素位置处的堆栈中的所有图像上的最大值。
• Sum Slices：投影创建了一个真实的图像，它是堆栈中切片的总和。
• Standard Deviation：投影创建包含切片的标准偏差的真实图像。
• Median：投影输出图像，其中每个像素在对应的像素位置存储堆叠中的所有图像的中值强度。

28.6.12 3D Project

该命令使用最近点（曲面）、最亮点或平均值投影，或最近点投影与其他两种方法（部分不透明度）[？]的加权组合，创建旋转体积（堆栈或超堆栈）在平面上的投影序列。用户可以选择围绕三个正交轴（x、y或z）中的任何一个旋转体积，使体积的部分透明（使用阈值），或者通过使用深度提示来增加更大程度的视觉真实感。

动画序列中的每一帧都是从不同视角投影的结果。为了将其可视化，想象一个平行光线场穿过包含一个或多个实体对象的体积，并照射到垂直于光线方向的屏幕上。

每条射线根据其路径上的点的值将一个值投影到屏幕或投影平面上。有三种方法可用于计算此平面上的投影：最近点、最亮点和平均值。投影方法的选择和各种可视化参数的设置决定了表面和内部结构的外观。

• Projection Method：选择“最近点投影”以生成从当前视角可见的曲面图像。在投影平面中的每个点，一条光线垂直于平面穿过体积。光线遇到的最近的不透明点的值存储在投影图像中。最亮点投影检查沿射线的点，投影沿每条射线遇到的最亮点。这将显示最亮的物体，例如CT（计算机断层扫描）研究中的骨骼。平均值投影是对最亮点投影的修改，它将每条射线上所有透明点的值相加，并投影它们的平均值。它产生的图像边缘较软，对比度较低，但当试图将包含在更高亮度结构（如头骨）中的物体可视化时，它会很有用。
• Slice Spacing：构成体积的切片之间的间隔（以像素为单位）。ImageJ以每个“旋转角度增量”将体积投影到查看平面上，从按“初始角度”旋转的体积开始，到按“总旋转”旋转体积结束。
• Lower / Upper Transparency Bound：确定体积中结构的透明度。投影计算忽略具有小于下阈值或大于上阈值的值的点。设置这些阈值可以使背景点（不属于任何结构的背景点）不可见。通过设置适当的阈值，可以剥离具有合理均匀和唯一强度值的层，并高亮显示（或使其不可见）内部结构。请注意，也可以使用Image>Adjust>Threshold来设置透明度边界。
• Opacity：可用于揭示隐藏的空间关系，尤其是在不同颜色和尺寸的重叠对象上。（表面）不透明度参数允许使用其他两种方法中的任何一种显示最近点投影的加权组合，通常使观察者能够通过半透明的外表面查看内部结构。若要启用此功能，请将“不透明度”设置为大于零的值，然后选择“平均值”或“最亮点”投影。
• Surface / Interior Depth–Cueing：深度提示可以通过为投影结构提供透视来提高投影图像的三维质量。深度提示参数确定源自观看者附近的投影点是否看起来更亮，而更远的点是否随着距离线性变暗。这种增强的真实性的代价是在深度提示图像中显示的数据点不再具有精确的密度计值。有两种深度提示可用：表面深度提示和内部深度提示。曲面深度提示仅适用于最近点投影和启用不透明度的其他投影的最近点组件。内部深度提示仅适用于最亮点投影。对于这两种类型，当设置为零时（即，背面强度的100%到正面强度的100%），深度提示关闭，而当设置为0<n 100时（即，正面强度的（1000n）%到背面强度的100），深度线索打开。为表面（最近的点）和内部（最亮的点）提供独立的深度提示，可以实现更多的可视化可能性。
• Interpolate：选中“插值”以生成用于生成投影的临时z缩放堆栈。Z缩放消除了切片间距大于1.0像素的体积投影中出现的间隙。此选项相当于使用TransformJ包中的Scale插件按切片间距（以像素为单位）在z维度上缩放堆栈。如果切片间距小于或等于1.0像素，则会忽略此复选框。
• Help： http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/image.html#project

28.6.13 Plot Z-axis Profile

绘制ROI选择平均灰度值与切片数的关系。需要点或区域选区。

选区的左上角坐标（或非矩形选择的边界矩形）显示在图形标题中。

28.6.14 Label

向堆栈或超堆栈添加一系列数字（例如，时间戳）和/或标签。数字和标签以当前前景色绘制。

标签的初始X、Y位置和字体大小基于现有的矩形选择（如果有的话）。范围之外的切片不受影响。

• Format：指定标签的结构。0：未添加序列；0000：用前导零填充每个数字；00:00:将标签转换为分钟：秒时间戳；00:00:00将标签转换为小时：分钟：秒时间戳；文本：仅标记文本字段的内容。标签：显示切片标签。
• Starting value and Interval：指定要应用的第一个值和数字步长。请注意，对于时间戳，必须使用度量时间值，例如，3600的间隔将创建1小时的增量。
• Text：当选择的“格式”为“0”或“文本”（标签没有数字序列）时，要在每个数字后面绘制的字符串。
• Use overlay：如果选中，标签将创建为非破坏性图像套印格式。请注意，之前添加的覆盖将被删除。此外，请注意，虚拟堆栈和Hyperstacks只能有叠加标签。
• Use text tool font：如果选中，将使用字体小部件中指定的字体和样式创建标签。
• Help： http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/image.html#label

28.6.15 Tools

28.6.15.1 Combine

组合两个堆栈[宽度×高度×深度]（W1×H1×D1和W2×H2×D2）以创建新的W1+W2×max（H1，H2）×max（D1，D2）堆栈。例如，一个256×256×40和一个256 x 256×30的堆栈将被组合在一起，以创建一个512 x 256×40的堆栈。如果启用垂直合并，则创建一个新的最大值（W1+W2）×（H1+H2）×最大值（D1，D2）堆栈。组合堆栈中未使用的区域将填充背景色。

28.6.15.2 Concatenate

连接多个图像或堆栈。省略了类型和尺寸不匹配的图像。如果选中“以4D方式打开”图像，则具有相同切片数的堆栈可以连接为4D Hyperstacks。在这种情况下，选择的堆栈将作为时间点附加。

28.6.15.3 Reduce

按指定的“折减系数”减小堆栈和超堆栈的大小。例如，对于30个切片的堆栈和2的缩减因子，缩减的堆栈将由15个切片组成，每移除一个第二切片。支持虚拟堆栈/超级堆栈。

对于Hyperstacks，默认的缩小是在T维度中执行的，但可以选择在Z维度中缩小。

28.6.15.4 Reverse

Image>Transform>Flip Z命令的别名。

28.6.15.5 Insert

在指定的X和Y位置（像素坐标）将源图像插入目标图像。源和目标可以是单个图像或堆栈，但必须是相同的类型。插入源后，目标图像将被永久修改。请注意，当Source是单个图像时，可以使用Edit>Selection>image to Selection（编辑>选择>图像到选择）（与image>Overlay>Add image一起使用）来创建图像选择（ImageROI），这是混合两个打开图像的更方便方式。

28.6.15.6 Montage to Stack

将蒙太奇图像转换为基于指定行数和列数的图像堆栈，同时考虑边框宽度。这与Image>Stacks>Make Montage命令的作用相反。

28.6.15.7 Make Substack

从活动堆栈中提取选定的图像，并按列出或排列的顺序将其复制到新堆栈。如果选中“从原始堆栈中删除的切片”，则提取的切片将从源堆栈中删除。目前，它不适用于超堆栈，并接受三种类型的输入之一：

• 一系列图像。例如：2-14[提取切片2到14]
• 具有增量的图像范围，可用于解交织切片。例如：2-14-2[提取切片2和14以及介于两者之间的每一秒切片]。
• 图像列表。例如：2、4、7、9、14。

28.6.15.8 Grouped Z Project

创建堆栈大小/组大小切片的子堆栈，每个切片都是在组大小范围内执行Z投影的结果。组大小必须平均划分为堆栈大小。此限制可以通过Image>Transform>Bin来克服，该功能还可以创建分组的Z投影。

对话框底部建议使用堆栈大小的前十个除数。

28.6.15.9 Remove Slice Labels

从堆栈中删除切片标签。切片标签的第一行（最多60个字符）显示在图像字幕的括号中，即图像上方的信息行。宏函数setMetadata（“Label”，字符串）和getMetadata（”Label“）可用于设置和检索当前切片标签。

28.6.15.10 Start Animation

通过按顺序重复显示活动堆栈的切片（帧）来制作动画。通过单击堆栈滑块前面的播放图标，可以更轻松地运行它。要停止动画，请单击滑块暂停图标，单击图像或使用相同快捷方式调用的“停止动画[]”。因此，可以使用\来切换堆栈动画。帧速率显示在状态栏中。打开动画选项。[Alt/]对话框指定动画速度。请注意，一次可以设置多个堆栈的动画。

28.6.15.11 Stop Animation

终止活动堆栈的动画。

28.6.15.12 Animation Options

使用此对话框可以设置动画速度（以每秒帧数为单位）、开始帧和结束帧，或启用“振荡”动画。选择“开始动画”会在对话框关闭后立即为堆栈设置动画。请注意，只要使用的单位是“秒”，就可以在“图像>财产[P]”中设置“帧间隔”来设置动画速度。也可以通过右键单击堆栈中切片滑块和Hyperstacks中帧滑块之前的播放/暂停图标来访问此对话框。

28.7 Hyperstacks

此子菜单包含特定相关的Hyperstack命令，即具有四（4D）或五（5D）维度的图像。Image>Stacks>submenu中列出了与堆栈相关的常规操作。

28.7.1 New Hyperstack

创建一个新的超堆栈。Hyperstacks有Width、Height、Channels（c维度）、Slices（z维度）和time Frames（t维度）。可以指定图像类型和显示模式。选中“标签图像”将在超堆栈中的每个图像上绘制通道编号、切片编号和帧编号。

28.7.2 Stack to Hyperstack

将堆栈转换为超堆栈。RGB堆栈被转换为3通道超堆栈。顺序是堆栈中通道（c）、切片（z）和帧（t）的顺序。ImageJ超堆栈总是按czt顺序排列。不按czt顺序排列的堆栈将被打乱为按czt次序排列。通道显示模式可以是复合、彩色或灰度。

28.7.3 Hyperstack to Stack

将超堆栈转换为堆栈（按czt顺序）。

28.7.4 Reduce Dimensionality

该命令通过创建一个新的超堆栈来降低超堆栈的维度，例如，使用给定z位置的所有通道和时间点，或当前通道和时间点将所有z切片。取消选中“通道”（n）可删除除当前通道外的所有通道，取消选中“切片”（n）删除除当前时间点以外的所有帧。选中“保留源代码”，原始堆栈将不会被删除。对话框中将显示缩小堆栈的预期尺寸和大小。

28.7.5 Channels Tool

打开“频道”小部件，或者如果它已经打开，则将其放在前面。Shift Z是该命令的键盘快捷键。此工具允许选择合成图像的显示模式。此外，可以通过“更多”下拉菜单轻松访问Image>Color>submenu 中的几个命令。相同的下拉菜单还提供了一个方便的原色列表（加色：红色、绿色和蓝色，减色：青色、品红色、黄色），可用于对彩色合成图像进行伪彩色。

28.8 Crop

基于当前矩形选区裁剪图像或堆栈。

28.9 Duplicate

创建一个包含活动图像或矩形选区的副本的新窗口。对于堆栈和超堆栈，可以指定要复制的通道（c）、切片（z）和帧（t）的范围。对于单个图像，请按住Alt键跳过对话框。

28.10 Rename

重命名活动图像。

28.11 Scale

通过在对话框中输入的比例因子调整图像或当前区域选择的大小。与图像一样。大小两种重新采样方法是可能的：双线性插值和双三次插值。

为了获得最佳效果，尤其是图形和文本，请使用整数比例因子（2、3、5等），并在比例因子小于1.0的情况下缩小尺寸时选中“平均”。此外，当缩小尺寸时，在缩放之前对源图像进行平滑可以产生更好的效果。

如果选中“创建新窗口”，缩放的图像/选择将复制到名为“标题”的新图像。如果缩放不会复制到新图像的选择，请选中“使用背景色填充”以使用背景色而不是零填充。

如果选中“处理整个堆栈”，则将缩放整个堆栈（或Z维度中的超堆栈）。

28.12 Transform

此子菜单包含对活动图像或堆栈执行几何图像变换的命令。

28.12.1 Flip Horizontally

将图像或选区替换为原始图像的x镜像。

28.12.2 Flip Vertically

将图像或所选内容倒置（y-mirror）。

28.12.3 Flip Z

反转堆栈中切片的顺序（z镜像）。

28.12.4 Rotate 90 Degrees Right

将整个图像或堆栈顺时针旋转90°。

28.12.5 Rotate 90 Degrees Left

将整个图像或堆栈逆时针旋转90°。

28.12.6 Rotate

使用此对话框可以将活动图像或选择顺时针旋转指定的度数。将“栅格线”设置为大于零的值，以便在预览模式下在图像上叠加栅格。有两种重新采样方法：双线性插值和双三次插值。对于8位和RGB图像，选中“填充背景色”以填充背景色而不是零。选中放大以适应结果，图像将根据需要放大以避免剪切。

28.12.7 Translate

将图像在x和y方向上平移（移动）指定数量的像素。使用堆栈，可以平移当前图像或堆栈中的所有图像。有两种重新采样方法：双线性插值和双三次插值。选中“预览”以查看翻译将如何影响图像。图像边缘的背景将设置为0。

28.12.8 Bin

通过对用户指定大小（X、Y、Z收缩因子）的像素组进行装箱来减小图像的大小。生成的像素可以计算为“平均”、“中值”、“最大”或“最小”。撤消支持仅限于2D图像（非堆栈）。Z装箱产生与“Image>Stacks>Tools>Grouped Z Project等效的结果。但是，这两个命令之间有两个主要区别：Bin替换原始图像，Grouped Z Project会创建一个新的子堆栈；当Z收缩因子取任意值时，组大小必须平均划分为堆栈大小。

28.12.9 Image to Results

将活动区域选择打印到结果表中，清除以前的结果。当不存在区域ROI时，处理整个图像。XY坐标在列标题和行标题中有详细说明。校准图像和浮点图像以Analyze>Set Measurements中小数位数指定的精度列出。

对于RGB图像，如果在Edit>Options>Conversions中选中“加权RGB到灰度转换”，则使用公式gray=（红+绿+蓝）/3或公式gray=0.299×红+0.587×绿+0.114×蓝将每个像素转换为灰度。

28.12.10 Results to Image

将图像转换为结果，将结果表中的表格数据转换为名为结果表的32位图像。列标题和行标题将被忽略。

28.13 Zoom

此子菜单包含控制当前图像显示方式的命令。+和-或↑ 和↓ 按键是使用In[+]和Out[-]命令的首选方式。当存在选区时，使用箭头键进行缩放需要按住Shift或Ctrl键。

28.13.1 In

放大到下一个更高的放大级别，如果可能，放大窗口。正如《放大镜》中所解释的，有21种可能的水平（如标题栏所示）：3.1、4.2、6.3、8.3、12.5、16.7、25、33.3、50、75、100、150、200、300、400、600、800、1200、1600、2400和3200%。

28.13.2 Out

缩小到下一个较低的放大级别，如果需要，缩小窗口。

28.13.3 Original Scale

以第一次打开图像时使用的放大率显示图像。作为快捷方式，双击“放大镜”工具。

28.13.4 View 100%

使用100%放大率显示图像（1个图像像素=1个屏幕像素）。在Edit>Options>Appearance对话框中启用“以100%打开图像”，以使图像以100%放大率自动打开。

28.13.5 To Selection

根据当前选区进行放大。请注意，在没有选区的情况下，此命令会将图像缩放到适合屏幕的级别。

28.13.6 Set

克服Image>Zoom>In[+]中描述的预定义缩放步骤，将活动图像缩放到精确值（例如37.4%）。缩放后的画布将位于X、Y中心（像素坐标）。

28.14 Overlay

如前所述，此子菜单包含用于创建和使用非破坏性图像套印格式的命令。覆盖由一个或多个选区组成：箭头、线条、点、形状和文本。套印格式也可以由部分表现为常规选择的图像选区（imageROI）组成。

按B（添加所选内容[B]）将当前所选内容添加到覆盖中。按Shift F以创建一个RGB图像，其中嵌入了覆盖。以TIFF格式保存图像时，将保留覆盖。

28.14.1 Add Selection

按B键时，所选内容会立即添加到当前覆盖中。按Alt B将显示一个对话框，可以在其中设置笔划颜色、宽度和填充颜色。除文本选择外，如Edit>Selection>Properties中所述，如果指定填充颜色，则忽略笔划（轮廓）颜色和宽度。使用默认选择颜色之一（黑色、蓝色、青色、绿色、品红色、橙色、红色、白色和黄色）的名称或使用十六进制表示法指定颜色。

如果选中“新建覆盖”，则先前添加的覆盖将被删除。此外，如果不存在选择并且运行命令，则会显示一条警告消息，其中可以通过运行“删除覆盖”来删除现有覆盖。请注意，通过在Analyze>Set Measurements中选择添加到覆盖复选框，可以将测量选择（Analyze>Measure[m]）自动添加到图像覆盖。

28.14.2 Add Image

通过将一个图像添加到最前面图像的覆盖层来混合两个打开的图像。要混合的图像可以是任何类型，但不能大于主体图像。可以在“不透明度”（0–100%）字段中指定混合alpha值。初始的X，Y位置基于现有的矩形选区（如果有的话）。默认情况下，创建的覆盖图像不能在画布上移动，即“不是图像选择（ImageROI），而是存储在TIFF标题中，并且可以在以TIFF格式保存图像时保存和恢复。另一方面，可以使用Edit>Selection>Image to Selection创建图像选择，也可以在将图像添加到叠加后运行Image>Overlay>To ROI Manager来创建图像选择。

28.14.3 Hide Overlay

使ImageJ停止显示“显示覆盖”显示的覆盖。

28.14.4 Show Overlay

显示由“隐藏覆盖”隐藏的覆盖。

28.14.5 From ROI Manager

根据ROI Manager列表上的选区创建覆盖。请注意，以前添加的套印格式将被删除。

28.14.6 To ROI Manager

将当前覆盖中的选择和图像复制到ROI Manager，在那里可以对其进行编辑（移动、调整大小或重新着色）。请注意，ROI Manager列表中以前的项目将被删除。

28.14.7 Remove Overlay

永久清除覆盖，使其无法使用“显示覆盖”进行恢复。

28.14.8 Flatten

创建一个新的RGB图像，该图像将覆盖渲染为像素数据。RGB图像与活动图像的大小相同，不同于Plugins>Utilities>Capture image，后者创建与其窗口大小相同的所见即所得图像。当展平堆栈中的所有切片时，堆栈必须首先转换为RGB。

28.14.9 Labels

此提示定义是否以及如何标记套印格式。它设置Image>Overlay>Add Selection[b]、Analyze>Measure[m]（在激活Analyze>Set Measurements中的添加到覆盖选项后）、Analyze>Analyze Particles和ROI管理器显示全部的行为。

• Color：作为默认选择颜色之一的标签的颜色。
• Font size：指定标签的字体大小（12–72磅）。
• Show labels：如果覆盖层应该用文本标签装饰。默认情况下，此选项处于非活动状态。
• Use names as labels：如果选中，则使用ROI名称，而不是默认的数字标签。如果未选中，则使用当前覆盖的大小（选择计数）。可以使用Edit>Selection>Properties[y]命令重命名选择，或者在使用ROI管理器时，可以使用重命名或属性。
• Draw backgrounds：如果选中，文本将显示在补色背景上。此选项生成的标签与激活标签时ROI Manager Show All选项生成的类似。
• Bold：如果选中，标签（以无衬线字体设置的字体）将以粗体显示。

28.14.10 Overlay Options

使用此命令可以定义默认覆盖“笔划颜色”、“笔划宽度”和“填充颜色”。如Edit>Selection>Properties[y]和Image>Overlay>Add Selection[b]中所述，如果指定了填充颜色，则忽略笔划（轮廓）颜色和宽度。将“笔划宽度”设置为0，以使用一个像素的宽度绘制选择，而不考虑图像放大率。

通常，使用ImageJ默认颜色之一（黑色、蓝色、青色、绿色、品红色、橙色、红色、白色和黄色）的名称或使用十六进制颜色值指定颜色。

对于堆栈和Hyperstacks，选中“设置堆栈位置”复选框将使套印格式仅在浏览其各自的切片或帧时可见。如果未选中，覆盖将显示在整个堆栈中。

28.15 Lookup Tables

此子菜单包含可应用于灰度图像以生成伪彩色图像的颜色查找表的选择。此外，它还列出了安装在ImageJ/luts/目录中的所有查找表。ImageJ网站提供了100多个额外的查找表，作为单独的文件或批量的ZIP档案。

如前所述，无法将LUT组织到子文件夹中。但是，最常用的查找表可以使用数字前缀重命名（例如01-glasbey.lut、02-Termal.lut等），以便在菜单中较早列出。也可以通过加载LUT菜单从工具栏访问此子菜单。当加载一个查找表并且没有打开任何图像时，会创建一个256×32的渐变图像来显示颜色表。

28.15.1 Invert LUT

反转当前查阅表格。对于8位图像，表中每个条目的值（v）由255 - v代替。对于反向LUT，具有零值的像素是白色的，具有255值的像素是黑色的。与Edit>Invert [I]”命令不同，像素值不会更改，只会更改图像在屏幕上的显示方式。

28.15.2 Apply LUT

将当前查找表函数应用于图像或选择中的每个像素，并恢复默认标识函数。这将修改灰度值，以便在使用默认灰度查找表查看图像时，图像看起来与以前相同。此命令相当于在Image>Adjust>Brightness/Contrast中单击“应用”。对于阈值图像，这相当于在Image>Adjust>Threshold中单击“应用”。