Specimens grouped by bibliographic reference(根据参考书目分类的标本)
描述
此操作返回关于多个标本的信息,这些标本是根据出现的属性和输入它们的书目参考文献的属性的某种组合选择的。您可以将此操作与specs/refs 一起使用,以显示每个选定参考的所有输入样本,或所有符合特定标准的样本。
参数
如果希望检索与数据库中输入的整组事件记录相关联的引用,可以使用以下参数。请小心使用,因为结果集将包含20,000多条记录,大小至少为20mb。
all_records :根据您可能指定的任何其他参数,选择数据库中输入的所有事件。此参数不需要任何值。
以下参数可用于指定您感兴趣的标本种类
以下非常重要的参数允许您选择与所提及的分类群有特定关系的参考文献,并跳过其他参考文献
ref_type :您可以使用此参数指定要检索的引用类型。默认值为 specs,它只选择那些输入标本的参考文献。此属性的值可以是以下一项或多项,以逗号分隔:
auth
选择为所选分类单元提供权限的参考。
var
选择从中输入所选分类单元的所有名称变体的参考。
class
选择为所选分类单元提供分类意见的参考文献
taxonomy
为所选分类单元选择权威参考文献和分类参考文献。这是默认值。
opts
选择提供有关所选分类群的所有输入意见的参考文献,包括那些未用于分类的参考文献。
occs
选择参考文献,从中输入所选分类单元的所选事件或所选分类单元的所有事件。
specs
选择从中输入所选标本或与所选事件相关的所有标本或所选分类单元的所有标本的参考文献。
colls
选择包含所选事件或所选分类单元事件的所有集合的主要参考。
all
选择以上所有。
以下参数可用于按各种标准查询标本
除了下面提到的,您可以任意组合使用它们。如果不指定all_records,则必须从以下列表中指定至少一个选择参数。
spec_id :样本标识符的逗号分隔列表。选择由这些标识符识别的样本,前提是它们满足本请求中给出的任何其他参数。occ_id :以逗号分隔的化石产出记录标识列表。选择指定的产出记录,前提是它们满足此请求的其他参数。您也可以使用参数名称 id 。您还可以将此参数与任何其他参数一起使用,以根据其他条件筛选已知的匹配项列表。coll_id :以逗号分隔的采集记录标识列表。选择与指定采集记录相关的所有化石产出记录,前提是采集记录满足此请求的其他参数。clust_id :返回仅与指定地理集群相关的记录。您可以指定一个或多个集群 ID,以逗号分隔。coll_match :返回与collection_name和collection_aka字段匹配的字符串。仅返回属于匹配的采集记录的产出记录。字符串可以包含通配符 % 和 _ 。事实上,除非你在字符串的开头和/或结尾加上%,否则你不会匹配到任何结果。coll_re :与coll_match 相似,唯一不同在于此项接收正则表达式。你可以使用 | 二者或多者择一,可以使用包括 \ 在内的所有标准正则表达式。base_name :仅返回与特定分类名相关的记录,包括所有亚类群和异名。您可以用逗号分隔来指定多个名称。您可以使用 ^ 排除掉任意名称。例如,Osteichthyes^Tetrapoda 将会选择除Tetrapoda外的所有Osteichthyes记录。taxon_name :仅返回与特定分类名相关的记录,包括所有异名。您可以用逗号分隔来指定多个名称。名称可以包含通配符,但如果匹配到了不止一个名称,那么只会使用数据库中产出记录数量最多的那个。match_name :仅返回与特定分类名相关的记录。您可以用逗号分隔来指定多个名称。名称可以包含通配符 % 和 _ ,所有与匹配到的名称相关的产出记录都会返回。将会忽略掉异名。此项比起分类学匹配而言,更像是语法匹配。immediate :您可以与base_name ,base_id 或taxon_name 一起设置此项。设置此项会忽略掉指定名称的异名。此参数不需要值,在请求中包含此参数即可。base_id :仅返回与特定分类名相关的记录,包括所有亚类群和异名。您可以用逗号分隔来指定多个ID。请注意,您最多可以指定taxon_name 、taxon_id 、base_name 和 base_id 之一。taxon_id :仅返回与特定分类名相关的记录,不包括亚类群和异名。您可以用逗号分隔来指定多个ID。exclude_id :排除掉与指定类群ID相关的分类名称或其下级名称。这是 **^**的另一种方式。idreso :选择与指定分类阶元匹配的产出记录,或将同属/同科的产出记录合并。可接受的值有: species :仅选择鉴定为种的产出记录 genus :仅选择鉴定到属或种的产出记录 family :仅选择鉴定到科或属或种的产出记录 lump_genus :仅选择鉴定到属或种的产出记录,并将同一采集记录中同属的所有产出记录合并为单条记录 lump_gensub *:仅选择鉴定到属或种的产出记录,并将同一采集记录中同属/亚属的所有产出记录合并为单条记录idtype :本参数决定如何处理重新鉴定的产出记录。可接受的值包括: latest :仅选择每项产出记录的最新鉴定,忽略掉其余鉴定。此值为默认值。 orig :仅选择每项产出记录的原始鉴定,忽略掉其余鉴定。 reid :选择被重新鉴定的产出记录的所有鉴定,包括原始鉴定。忽略数据库中没有重新鉴定记录的产出记录。这可能造成每项产出记录返回多条记录。注意 ,如果您指定了一个分类名称,那么不符合该名称的鉴定将被忽略。您可以通过按ID专门查询您感兴趣的产出记录来找到它们,加上idtype=all 。 all :选择所有匹配其他搜索参数的鉴定。这可能会导致为给定产出记录返回多条记录。idqual :此参数根据其分类修饰符选择或排除产出记录。允许的值包括: any : 选择所有匹配项,而不考虑修饰符。这是默认值。 certain :排除用以下任何修饰符标记的所有匹配项:aff. / cf. / ? / “” / informal / sensu lato. genus_certain :类似certain ,但只看属/亚属,忽略物种修饰符。 uncertain :选择用以下任何修饰符标记的所有匹配项:aff. / cf. / ? / “” / informal / sensu lato. new :仅选择标有以下项之一的匹配项:n. gen. / n. subgen. / n. sp.idmod :此参数根据分类修饰符的任意组合选择或排除产出记录。如果您需要选择无法通过 idqual 获得的修饰符组合,则可以使用此参数和/或 idgen 和 idspc 。您可以指定以下一个或多个代码,以逗号分隔。如果第一个前面是 !那么他们被排除在外。否则,仅包括标有至少一个的产出记录: ns :n. sp. ng :n. gen. or n. subgen. af :aff. cf :cf. sl :sensu lato if :informal eg :ex gr. qm :question mark(?) qu :quotes(“”)idgenmod :此参数根据属和/或亚属名称上的分类修饰符的任意组合选择或排除产出记录。请参阅上面的 idmod 。idspcmod :此参数根据物种名称上的分类修饰符的任意组合选择或排除产出记录。请参阅上面的 idmod 。abundance :此参数仅选择具有特定种类丰度值的产出记录。接受的值为: count :仅选择丰度类型为’individuals’, ‘specimens’ ‘grid-count’, ‘elements’, or 'fragments’的产出记录 coverage :仅选择丰度类型为“%-…”的产出记录 any :仅选择具有某种类型丰度信息的产出记录 您也可以附加一个冒号,后跟一个十进制数。这将仅选择丰度至少为指定最小值的产出记录。lngmin lngmax :仅返回当前经度在给定边界内的记录。如果指定其中一个参数,则必须同时指定这两个参数。如果提供的边界超出 -180° 到 180° 的范围,它们将被收缩到适当的范围内。例如,如果您指定 lngmin=270 和 lngmax=360,则查询将lngmin=-90 和 lngmax=0 进行处理。在这种情况下,查询结果中的所有经度值都将调整为落在您指定的实际数值范围内。latmin :仅返回当前纬度至少为给定值的记录。latmax :仅返回当前纬度最多为给定值的记录。loc :仅返回当前位置(经度和纬度)属于指定范围的记录,必须以 WKT 格式给出,坐标为经度和纬度值。plate :仅返回位于指定地质板块上的记录。如果此参数的值以 ! 开头,则排除指定板块上的所有记录。如果此参数的值继续以 G 开头,则这些值将被解释为 GPlates 模型中的板块编号。如果是S,则这些值将被解释为 Scotese 模型中的板块编号。否则,它们将根据参数 pgm 的值进行解释。该值的其余部分必须是板块编号。pgm :指定返回古坐标时要使用的古地理模型。您可以从以下列表中指定一个或多个,以逗号分隔。如果未为此参数指定值,则默认模型为 gplates。 gplates :Wright et. al., 2013; Towards community-driven paleogeographic reconstructions scotese :Scotese, C.R., 2021. An Atlas of Paleogeographic Maps: The Seas Come In and the Seas Go Out, Annual Reviews of Earth and Planetary Sciences, v. 49, p. 669-718 seton :Seton et. al., 2012; Global continental and ocean basin reconstructions since 200 Ma pgs :指定是返回每个采集记录的年龄范围的开头、中间还是结尾的古坐标。可接受的值为:early, mid, late。您可以指定多个作为逗号分隔的列表。cc :仅返回位置在指定地理区域内的记录。此参数的值应为一个或多个双字符国家/地区代码和/或三个字符的洲代码 作为逗号分隔的列表。如果参数值以 ! 开头,则属于这些区域的记录将被排除而不是包括在内。任何以 ^ 开头的国家/地区代码都将从过滤器中减去。例如: ATA,AU :选择来自南极洲和澳大利亚的产出记录 NOA,SOA,^AR,^BO :选择来自北美和南美的实例,但不包括阿根廷或玻利维亚 !EUR,^IS :排除来自欧洲的产出记录,但来自冰岛的除外state :仅从指示为属于指定州或省的采集记录中返回产出记录。此信息不会记录所有采集记录,并且未检查其准确性。鉴于国家/地区之间有时会重复州名称,因此建议也使用 cc 参数指定国家/地区。county :仅返回指定属于指定县或其他次州级行政区划的采集记录中的产出记录。此信息不会记录所有采集记录,并且未检查其准确性。鉴于县名经常在州和国家/地区之间重复,建议您同时使用 state 参数指定州,并使用 cc 参数指定国家/地区。continent :仅返回地理位置在一个或多个指定大陆内的记录。此参数的值应为以逗号分隔的洲代码列表 。此参数已弃用;请改用cc 。strat :仅返回属于指定地质地层或地层内的记录。您可以指定多个,用逗号分隔。名称可以包括标准的SQL通配符 % 和 _ ,并且可以跟着’fm’,‘gp’,'mbr’中的任何一个。如果未给出这些后缀,则将选择所有匹配的地层名称。如果参数值以 ! 开头,则与此层或地层关联的记录将被排除而不是包括在内。请注意,此参数仅通过字符串匹配进行解析。地层命名法目前在数据库中没有标准化,因此可能会出现拼写错误。formation :仅返回属于指定地层构造内的记录。此参数已弃用,请改用 strat 。stratgroup :仅返回属于指定地层组内的记录。此参数已弃用,请改用 strat 。member :仅返回属于指定地层成员的记录。此参数已弃用,请改用 strat 。lithology :仅返回记录为来自任何指定岩性和/或岩性类型的记录。如果参数值字符串以 !然后,将改为排除匹配的记录。如果符号 ^ 出现在任何岩性名称的开头,则所有后续值将从过滤器中减去。例如:carbonate,^bafflestone。envtype :仅返回记录为属于任何指定环境和/或环境区域的记录。如果参数值字符串以 !然后,将改为排除匹配的记录。如果符号 ^ 出现在任何环境代码的开头,则将从筛选器中减去所有后续值。例如:terr,^fluvial,lacustrine or !slope,^carbonate。您可以指定以下一个或多个值作为逗号分隔的列表: terr :任何陆相环境 marine :任何海相环境 carbonate :碳酸盐环境 silicic :硅碎屑环境 unknown :未知或不确定的环境 lacust :湖区 fluvial :河流区 karst :喀斯特地带 terrother :其他陆地区域 marginal :边缘海洋区 reef :礁石区 stshallow :浅潮下带 stdeep :深潮下带 offshore :近海区 slope :斜坡/盆地区 marindet :海洋不确定区interval_id :仅返回其时间在给定的地质时间间隔内(由数字标识符指定)的记录。如果指定多个间隔,则使用的时间范围将从最早指定间隔的开始到最晚指定间隔的结束的连续时间段。interval :仅返回其时空位置在命名的地质时间间隔内(由名称指定)内的记录。您可以指定多个间隔,用逗号或短划线分隔。如果指定多个间隔,则使用的时间范围将从最早指定间隔的开始到最晚指定间隔的结束的连续时间段。min_ma :仅返回其时间位置至少为此的记录,单位为Ma。max_ma :仅返回其时间位置至多为此的记录,单位为Ma。timerule :根据指定的规则解析时空位置,如下所示。对于多样性输出,此规则应用于将每个匹配项放入一个或多个时态条柱中,或者在与任何条柱不匹配时忽略该项。可用的规则包括: contain :仅选择其时空位置严格包含在指定时间范围内的记录。这是最严格的规则。对于多样性输出,此规则保证每个匹配项最多落入一个时态图格,但许多实例将被忽略,因为它们的时间位置太宽而无法落入任何条柱中。 major :仅选择至少 50% 的时态位置范围落在指定时间范围内的记录。对于多样性输出,此规则还保证每个匹配项最多落入一个时态条柱。许多匹配项将被忽略,因为它们的时间位置宽度是任何重叠条柱的两倍多,但忽略的次数少于contain 规则。这是默认时间规则,除非您专门选择一个时间规则。 buffer :仅选择其时间位置与指定时间范围重叠且完全位于此范围周围的“缓冲区”内的记录。这个缓冲区默认为古生代和中生代的1200万年,新生代的默认值为500万年。您可以使用参数timebuffer 和late_buffer 覆盖缓冲区宽度。对于多样性输出,某些事件将计为落入多个箱中。某些事件仍将被忽略,但比上述规则要少。 overlap :仅选择其时态位置与指定时间范围重叠任意数量的记录。这是最宽松的规则。对于多样性输出,将计算所有产出记录。许多人将被计入多个条箱中。timebuffer :解析时间局部性时覆盖默认缓冲期。该值必须以数百万年为单位给出。仅当timerule 设置为buffer 时,此参数才相关。latebuffer :解析时间局部性时,覆盖时间范围结束时的默认缓冲期。这允许缓冲区在间隔的后期与在早期结束时不同。该值必须以数百万年为单位给出。仅当timerule 设置为buffer 时,此参数才相关。
您可以使用以下参数根据书目参考文献的属性筛选结果集
如果您希望使用其中之一,并且尚未指定上面列出的任何选择参数,请使用 all_records。
ref_id :仅选择从指定的引用列表之一(由引用标识符指示)中输入的记录。您可以输入多个标识符,以逗号分隔的列表形式。ref_author :仅选择从任何作者与指定名称匹配的参考文献中输入的记录。您可以使用以下任一模式指定名称:Smith ,J. Smith ,**J. Smith and S. Jones **。最后一个表单仅选择两个名称都按任意顺序列为作者的参考文献。可以使用 % 和 _ 作为通配符,但每个名称必须至少包含一个字母。您可以包含多个名称或名称对,以逗号分隔。在这种情况下,将选择与其中任何一条匹配的记录。ref_primary :仅选择从主要作者与指定姓名匹配的参考文献中输入的记录(见上ref_author)。如果你给出一个像史密斯和琼斯这样的名字,那么只有当史密斯是主要作者并且琼斯也是作者时,才会选择参考文献。您可以包含多个名称或名称对,以逗号分隔。在这种情况下,将选择与其中任何一条匹配的记录。ref_pubyr :仅选择从指定年份或年份范围内发布的参考文献中输入的记录。参数值必须与以下模式之一匹配:2000 ,1990-2000 ,1990- ,-2000 。ref_title :仅选择从标题与指定单词匹配的引用中输入的记录。可以使用 % 和 _ 作为通配符,但该值必须至少包含一个字母。pub_title :仅选择从出版物中标题与指定单词匹配的参考文献中输入的记录。可以使用 % 和 _ 作为通配符,但该值必须至少包含一个字母。ref_abbr :仅选择其缩写与指定单词匹配的引用。可以使用 % 和 _ 作为通配符,但该值必须至少包含一个字母。这在按馆藏首字母缩略词搜索博物馆藏品时特别有用。pub_abbr :仅从缩写与指定单词匹配的出版物中选择引用。可以使用 % 和 _ 作为通配符,但该值必须至少包含一个字母。这在按机构首字母缩略词搜索博物馆藏品时特别有用。pub_type :仅选取指定类型的参照。您可以从以下列表中指定一个或多个,以逗号分隔:unpublished ,journal article ,serial monograph ,book ,book chapter ,book/book chapter ,abstract ,guidebook ,compendium ,news article ,Ph.D. thesis ,M.S. thesis ,instcoll 。is_private :仅选择标记为私人收藏的博物馆馆藏参考,如果指定了值“no”,则排除这些参考。ref_doi :仅选择从具有任何指定数字对象标识符的参考文献中输入的记录。您可以指定一个或多个,以逗号分隔。
以下参数可用于筛选所选内容
specs_created_before :仅选择与在指定日期或日期/时间 之前 创建的事件关联的记录。specs_created_after :仅选择与在指定日期或日期/时间 之后 创建的事件关联的记录。specs_modified_before :仅选择与在指定日期或日期/时间 之前 修改的事件关联的记录。specs_modified_after :仅选择与在指定日期或日期/时间 之后 修改的事件关联的记录。specs_authorized_by :仅选择与指定人员授权的事件关联的记录,这些事件由名称或标识符指示。specs_entered_by :仅选择与指定人员输入的由名称或标识符指示的事件关联的记录specs_modified_by :仅选择与指定人员修改的事件关联的记录,这些事件由名称或标识符指示specs_touched_by :仅选择与指定人员授权、输入或修改的事件关联的记录,这些事件由名称或标识符指示specs_authent_by :仅选择与由指定人员授权或输入的事件关联的记录,这些事件由名称或标识符指示occs_created_before :仅选择与在指定日期或日期/时间 之前 创建的事件关联的记录。occs_created_after :仅选择与在指定日期或日期/时间 之后 创建的事件关联的记录。occs_modified_before :仅选择与在指定日期或日期/时间 之前 修改的事件关联的记录。occs_modified_after :仅选择与在指定日期或日期/时间 之后 修改的事件关联的记录。occs_authorized_by :仅选择与指定人员授权的事件关联的记录,这些事件由名称或标识符指示。occs_entered_by :仅选择与指定人员输入的由名称或标识符指示的事件关联的记录occs_modified_by :仅选择与指定人员修改的事件关联的记录,这些事件由名称或标识符指示occs_touched_by :仅选择与指定人员授权、输入或修改的事件关联的记录,这些事件由名称或标识符指示occs_authent_by :仅选择与由指定人员授权或输入的事件关联的记录,这些事件由名称或标识符指示refs_created_before :仅选择与在指定日期或日期/时间 之前创建的引用相关联的记录。refs_created_after :仅选择与在指定日期或日期/时间 之后创建的引用相关联的记录。refs_modified_before :仅选择与上次修改时间早于指定日期或日期/时间 的引用相关联的记录。refs_modified_after :仅选择与上次修改时间晚于指定日期或日期/时间 的引用相关联的记录。refs_authorized_by :仅选择与指定人员授权的参考文献相关联的记录,这些引用由名称或标识符指示refs_entered_by :仅选择与指定人员输入的引用相关联的记录,这些引用由名称或标识符指示refs_modified_by :仅选择与由指定人员修改的引用关联的记录,这些引用由名称或标识符指示refs_touched_by :仅选择与指定人员授权、输入或修改的参考文献相关联的记录,这些参考文献由名称或标识符指示refs_authent_by :仅选择与由指定人员授权或输入的参考文献相关联的记录,这些参考文献由姓名或标识符指示
以下参数还可用于根据分类筛选结果列表
taxon_status :仅选择标识到分类群且具有指定状态的产出记录。默认值为all 。可接受的值包括: all :选择与其他指定条件匹配的所有分类名称。这是默认值。 valid :仅选择分类有效的名称 accepted :仅选择不是初级同义词的分类有效名称 junior :仅选择作为初级同义词的分类有效名称 invalid :仅选择分类无效的名称,例如 nomina dubiapres :此参数指示是选择标识为遗迹分类群、形式分类群还是常规分类群的产出记录。默认值为 all ,这将选择满足其他指定条件的所有记录。可以将以下一个或多个值指定为列表: regular :选择常规分类群 form :选择形式分类群 ichno :选择遗迹分类群 all :选择所有分类群extant :仅选择已确定为现存或非现存分类群的产出记录。接受的值为:yes, no 。
以下参数可用于生成数据存档
最简单的方法是使用下载生成器表单。
archive_title :此参数的值指示使用指定的标题创建存档,除非已存在存档。archive_replace :此参数的 true 值指示如果存在具有指定标题的现有存档,则其内容应替换为当前请求的输出。如果没有此参数,如果指定的标题与现有记录匹配,则将返回错误代码E_EXISTING。如果现有记录具有 DOI,则将返回错误E_IMMUTABLE,并且无法覆盖。archive_authors :此参数的值(如果有)将放入已创建或更新的存档记录的“作者”字段中。archive_desc :此参数的值(如果有)将放入已创建或更新的存档记录的“描述”字段中。
您可以使用以下参数选择要检索的额外信息,以及要获取记录的顺序
show :选择要返回的其他信息。此参数的值必须是以下一项或多项,以逗号分隔。 1. full :这是包含定义此记录的所有信息的快捷方式。目前,这包括以下块:attr, class, plant, ecospace, taphonomy abund, coll, coords, loc, paleoloc, prot, stratext, lithext, geo, methods, rem, refattr。如果我们随后将新的数据字段添加到样本记录中,则 full 也将包括这些字段。因此,如果您要发布 URL,最好包含 show=full。 2. acconly :禁止显示每个标本的确切分类标识,并仅显示接受的名称。 3. attr :该标本的公认名称的属性(作者和年份)。 4. class :标本的分类学分类:门、纲、目、科、属。 5. classext :与class类似,但也包括相关的分类标识符。 6. genus :对应于每个标本的属,如果标本已被鉴定为属级别。如果使用class或classext扩展,则此块是多余的。 7. subgenus :对应于每个标本的属,如果有的话,加上亚属。这可以添加到 class或classext 中以显示亚属,或者代替属来显示属和亚属(如果有)。 8. plant :与该标本相关的植物器官(如果有)。除非标本是植物化石,否则这些字段将是空的。 9. abund :有关其集合中相关事件的丰度(如果有)的信息 10. ecospace :有关该生物所占据或占用的生态空间的信息。这只被填补了相对较少的分类群。参见Ecological and taphonomic vocabulary(生态学和埋葬学术语) 11. taphonomy :有关该生物体的埋葬学信息。参见Ecological and taphonomic vocabulary(生态学和埋葬学术语) 12. etbasis :注释输出块生态空间,指示在哪个分类级别输入每条信息。 13. coll :在其中找到关联事件的集合的名称,以及输入的任何其他备注。 14. coords :关联事件的纬度和经度(如果有)。 15. loc :有关相关事件的地理位置的附加信息(如果有的话)。 16. paleoloc :根据参数pgm指定的模型评估的相关产状的古地理位置信息。 17. strat :化石产出记录的地层背景基本信息。 18. stratext :化石产出记录的地层背景详细信息。包含strat 及额外字段。 19. lith :化石产出记录的岩性背景基本信息。 20. lithext :化石产出记录的岩性背景详细信息。包含lith 及额外字段。 21. methods :采集时使用的方法。 22. env :化石产出记录的古环境。 23. geo :化石产出记录的地理背景信息(包含env )。 24. ref :化石产出记录的原始文献,格式化文本。如果没有原始文献,那么显示相关采集记录的原始文献。 25. refattr :原始文献的信息,作者和年份。 26. resgroup :化石产出记录和采集记录的研究团队。 27. ent :命名、录入和编辑化石产出记录的人员ID。 28. entname :录入和编辑化石产出记录的人名。 29. crmod :化石产出记录的created和modified时间戳。
order :指定返回结果的顺序。您可以指定多个以逗号分隔的值,每个值都可以追加 .asc 或 .desc。接受的值为: 1. id :结果按标识符排序,因此按输入数据库的顺序报告结果。如果选择“all_records”,则这是默认值。 2. hierarchy :结果按分类学标识进行分层排序。姐妹分类群的顺序是任意的,但子类群总是会跟随父类群。 3. identification :结果按分类学标识的字母顺序排序。 4. ref :结果按引用 ID 排序,以便从同一引用输入的实例一起列出。 5. max_ma :结果按时间顺序按年龄从大到小排序,除非您添加 .asc 6. min_ma :结果按时间顺序按较晚的年龄界限,从最老到最年轻排序,除非您添加 .asc 7. agespan :结果根据早期和晚期年龄边界之间的差异进行排序,从具有最小分布(最精确的时间分辨率)的产出记录开始,除非您添加 .desc 8. reso :结果根据解析到的分类等级进行排序。除非您添加 .desc,否则这将从亚种、物种、属开始… 9. formation :结果按发现它们的地质构造排序,按字母顺序排序。 10. geogroup :结果按发现它们的地质组排序,按字母顺序排序。 11. member :结果按发现它们的地质成员排序,按字母顺序排序。 12. plate :结果按其所在的地质板块排序,按标识符进行数字排序。 13. created :结果按记录的创建日期排序,除非添加 .asc,否则最近的日期排在最前面。 14. modified :结果按上次修改记录的日期排序,除非您添加 .asc
如果未指定顺序,则按出现标识符对结果进行排序。
当然还可以使用任何特殊参数 ,请参阅PBDB Data Service:Special parameters(特殊参数) 。
方法
这个数据服务接受以下HTTP方法:GET ,HEAD 。
响应结果
使用此操作对HTTP请求的响应将包含以下列表中的字段。区块basic 是一直显示的。其他的可以使用参数show 来选择。
1:basic
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 specimen_no oid 该样本在数据库中的唯一标识符 record_type typ 对象的类型:spm表示化石标本 _label rlb 对于新添加或更新的记录,此字段将报告与每条记录一起提交的记录标签值(如果有)。 flags flg 对于大多数记录,此字段将为空。否则,它将包含以下一个或多个字母:N ——该标本无相关产出记录。D ——为该样本输入的标识与为相应事件输入的标识不同。R ——此标识已被最近的标识所取代。换句话说,这个标本已经被重新鉴定了。I ——遗迹分类群。F ——此标识是一个形式分类单元。对于大多数记录,此字段将为空。表示与发生事件无关的样本的记录在该字段中将具有N。代表一个样本的记录,其标识不同于其相关的出现,将在该字段中具有I。 occurrence_no qid 与该样本相关的产状的标识符(如果有的话) reid_no eid 如果关联的事件被重新标识,则为重新标识提供唯一标识符。 collection_no cid 与该标本相关联的标本集的标识符(如果有的话) permissions prm 此记录的可访问性。如果为空,则该记录是公共的。否则,这条记录的值将是以下之一:members :只有数据库成员才能访问该记录;authorizer :该记录可被其授权组以及获得许可的任何其他授权组访问;group(…) :该记录仅供指定研究小组的成员查阅。 specimen_id smi 根据其保管机构,该标本的识别标签 is_type smt 指示此标本是正模还是副模 specelt_no els 样本元素层次结构中最能描述此样本的标识符 specimen_side sms 与样本部分相对应的身体一侧 specimen_part smp 构成这个标本的身体部分 specimen_sex smx 标本的性别,如果知道的话 n_measured smn 测量的样品数量 measurement_source mms 测量结果是如何获得的,如果知道的话 magnification mmg 测量中使用的放大倍数(如果已知) comments smc 对这个标本的评论,通常是作者和出版年份 identified_name idn 标识此事件的分类名称。如果该字段与 accepted_name 的值相同,则对于紧凑词汇表中的响应,该字段将被忽略。 identified_rank idr 已识别名称的分类等级(如果可以确定的话)。如果该字段与 accepted_rank 的值相同,则紧凑词汇表中的响应将被省略。 identified_no iid 已识别的分类名称的唯一标识符。如果为空,则该名称从未进入存储在该数据库中的分类层次结构,并且我们没有关于该化石产出记录分类的进一步信息。 difference tdf 如果标识的名称与接受的名称不同,则此字段给出原因。例如,如果标识的名称是初级同义词或命名,或者物种被重新组合,或者标识的拼写错误,则会出现此字段。 accepted_name tna 该字段的值将是与标识的名称相对应的可接受的分类名称。 accepted_rank rnk 公认名称的分类等级。如果识别的名称是一个名词或无效的,或者识别的名称没有完全输入到这个数据库的分类层次结构中,那么这可能与识别的等级不同。 accepted_no tid 此数据库中接受的分类法名称的唯一标识符。 early_interval oei 与此化石产出记录相关的特定地质时间范围(不一定是标准区间),或者如果给出了late_interval,则是该范围开始的区间 late_interval oli 结束与此化石产出记录相关的特定地质时间范围的区间,如果与early_interval的值不同 max_ma eag 与此发生相关的地质时间范围的早期界值(Ma) min_ma lag 与此发生相关的地质时间范围的晚期界限(Ma) reference_no rid 输入此数据的引用的标识符
2:attr
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 accepted_attr att 接受名的属性(作者和年份)
3:refattr
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 ref_author aut 输入该数据的参考文献的作者。 ref_pubyr pby 输入该数据的参考文献发表的年份
4:class
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 phylum phl 分类阶元:门 class cll 分类阶元:纲 order odl 分类阶元:目 family fml 分类阶元:科 genus gnl 分类阶元:属
5:classext
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 phylum_no phn 门的ID class_no cln 纲的ID order_no odn 目的ID family_no fmn 科的ID genus_no gnn 属的ID subgenus_no sgn 亚属的ID
6:genus
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 genus gnl 分类阶元:属
7:plant
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 plant_organ pl1 与化石记录有关的植物器官,如果有的话。这个字段将是空值,除非记录的是植物化石。 plant_organ2 pl2 与化石记录相关的附加植物器官。
8:abund
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 abund_value abv 化石记录在其采集记录中的丰度 abund_unit abu 丰度单位
9:ecospace
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 taxon_environment jev 发现这种生命形式的一般环境或环境。参阅生态学和埋葬学术语 environment_basis jec 指定从其中继承环境信息的分类。 motility jmo 生物是否有运动、附着和/或附生,以及它的运动方式(如果有的话)。参阅生态学和埋葬学术语 life_habit jlh 这种生物的一般生活方式和位置。参阅生态学和埋葬学术语 vision jvs 这种生物拥有的视觉程度。参阅生态学和埋葬学术语 diet jdt 这种生物的一般饮食或摄食方式。参阅生态学和埋葬学术语 reproduction jre 这种生物的繁殖方式。参阅生态学和埋葬学术语 ontogeny jon 简要描述这种生物的个体发生。参阅生态学和埋葬学术语 ecospace_comments jcm 如果有其他关于生态空间的评论的话。
10:etbasis
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 motility_basis jmc 指定为其设置运动信息的分类群。埋藏学和生态空间信息继承自父类群,除非设置了特定的值。 life_habit_basis jhc 指定为其设置生活习惯信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis 。只有在ecospace 区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 vision_basis jvc 指定为其设置视觉信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis 。只有在ecospace 区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 diet_basis jdc 指定为其设置饮食信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis 。只有在ecospace 区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 reproduction_basis jrc 指定为其设置繁殖信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis 。只有在ecospace 区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 ontogeny_basis joc 指定为其设置个体发育信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis 。只有在ecospace 区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 taphonomy_basis jtc 指定为其设置埋葬信息的分类。参见上面的motitiy_basis 。只有在ecospace 区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。
11:taphonomy
12:coll
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 collection_name cnm 标识采集记录的任意名称,不一定是唯一的 collection_subset cns 如果此记录是另一记录的一部分,此字段指明是哪一部分 collection_aka aka 化石记录的替代名称,或关于它的附加注释。
13:coords
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 lng lng 化石记录的经度(度) lat lat 化石记录的纬度(度)
14:loc
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 cc cc2 该化石记录所在的国家,编码为ISO-3166-1 alpha-2 state stp 化石记录所在的州或省(如果已知) county cny 化石记录所在的县或市,如果知道的话 latlng_basis n/a 所报告的化石记录位置的基础 latlng_precision n/a 化石记录坐标的精度。按上面的链接查看代码值列表。 n/a prc 表示地理坐标的基础和精度的两字母代码。在使用紧凑术语表的响应中,将报告此字段,而不是latlng_basis 和latlng_precision 。按上面的链接查看代码值列表。 geogscale gsc 化石记录的地理刻度 geogcomments ggc 关于化石记录地理位置的附加注释
15:paleoloc
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 paleomodel pm1 由参数pgm 指定的主要模型。此字段仅在指定多个模型时包含。 geoplate gpl 根据参数pgm 所表示的初级模型来评价化石记录所在的地质板块的标识符。这可能是一个数字或一个字符串。 paleoage ps1 指示这些古坐标是否在每个化石记录的年龄范围的早期、中期或晚期计算 paleolng pln 根据参数pgm *所表示的原始模型,对化石记录的古经度进行了计算。 paleolat pla 根据参数pgm 表示的原始模型,对化石记录的古纬度进行了计算。 paleoage_b ps1_b 交互年龄选择器 paleolng_b pln_b 对应于交互年龄选择器的古经度 paleolat_b pla_b 对应于交互年龄选择器的古纬度 paleoage_c ps1_c 交互年龄选择器 paleolng_c pln_c 对应于交互年龄选择器的古经度 paleolat_c pla_c 对应于交互年龄选择器的古纬度 paleomodel2 pm2 由参数pgm 指定的替代模型。此字段仅在指定多个模型时包含。也可能有paleomodel3等。 geoplate2 gp2 一个替代的地质板块标识符,如果pgm 参数表明一个以上的模型。也可能有geoplate3等。 paleoage2 ps2 指示第二个古坐标是在每个化石记录的早期、中期还是晚期计算的 paleolng2 pln2 如果pgm *参数表明有多个模型,则为集合提供一个替代的古经线。也可能有paleolng3等。 paleolat2 pla2 如果pgm 参数表明有多个模型,则为集合提供一个替代的古纬度。也可能有paleolat3等。 paleoage2_b ps2_b 交互年龄选择器 paleolng2_b pln2_b 对应于交互年龄选择器的古经度 paleolat2_b pla2_b 对应于交互年龄选择器的古纬度 paleoage2_c ps2_c 交互年龄选择器 paleolng2_c pln2_c 对应于交互年龄选择器的古经度 paleolat2_c pla2_c 对应于交互年龄选择器的古纬度
16:strat
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 formation sfm 化石记录所在的地层(如果已知) stratgroup sgr 化石记录所在的地层组(如果已知) member smb 化石记录所在的地层成员(如果已知)
17:stratext
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 stratscale ssc 该采集记录涵盖的地层范围 zone szn 采集记录所在的地层带(如果已知) localsection stratext 采集记录所在的地层部分(如果已知) localbed slb 采集记录所在的岩床(如果已知) localbedunit slu 计算岩床时使用的计量单位 localorder slo 描述当地岩床的顺序(如果已知) regionalsection srs 采集记录所在的局部地层(如果已知) regionalbed srb 采集记录所在的局部岩床(如果已知) regionalbedunit sru 计算局部岩床时使用的计量单位 regionalorder sro 描述局部岩床的顺序(如果已知) stratcomments scm 关于采集记录地层背景的其他评论(如果有的话)
18:lith
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 lithdescript ldc 对采集记录地点岩性方面的详细说明 lithology1 lt1 为采集记录地点描述的第一个岩性;该数据库每个化石记录最多可以代表两种不同的岩性 lithification1 lf1 为该遗址描述的第一个岩性的岩化状态 minor_lithology1 lm1 与该遗址描述的第一个岩性相关的次要岩性 lithology2 lt2 为采集地点描述的第二种岩性(如果有) lithification2 lf2 为该地点描述的第二岩性的岩化状态。有关值,请参见上文。 minor_lithology2 lm2 与该遗址描述的第二种岩性相关的次要岩性(如果有的话)
19:lithext
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 lithadj1 la1 描述第一种岩性的形容词 fossilsfrom1 ff1 化石是否取自第一个描述的岩性 lithadj2 la2 描述第二岩性的形容词(如果有的话) fossilsfrom2 ff2 化石是否取自第二个描述的岩性
20:methods
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 collection_type cct 化石记录的类型或用途。 collection_methods ccx 所采用的一个或多个方法。 museum ccu 收藏标本的博物馆。 collection_coverage ccv 存在但未具体列出的化石。 collection_size ccs 实际收集的化石数量。 rock_censused ccr 岩石数量。 collectors ccc 采集人的名字 collection_dates ccd 收集完成的日期。 collection_comments ccm 关于收集方法的评论。 taxonomy_comments tcm 关于发现内容的分类的评论。
21:env
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 environment env 与采集地点相关的古环境
22:geo
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 environment env 采集遗址的古环境 tectonic_setting tec 采集地点的构造环境 geology_comments gcm 关于收集地点地质的一般评论
23:ref
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 primary_reference ref 与此记录关联的主要引用(作为格式化文本)
24:resgroup
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 research_group rgp 与此馆藏相关的研究小组(如果有)。
25:ent
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 authorizer_no ati 授权输入此记录的人员的标识符 enterer_no eni 实际输入此记录的人员的标识符。 modifier_no mdi 上次修改此记录的人员的标识符(如果已修改)。
26:entname
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 authorizer_no ati 授权输入此记录的人员的标识符 enterer_no eni 实际输入此记录的人员的标识符。 modifier_no mdi 上次修改此记录的人员的标识符(如果已修改)。 authorizer ath 授权输入此记录的人员的姓名 enterer ent 实际输入此记录的人员的姓名 modifier mdf 上次修改此记录的人员的姓名(如果已修改)。
27:crmod
字段名(pbdb) 字段名(com) 描述 created dcr 创建此记录的日期和时间。 modified dmd 上次修改此记录的日期和时间。
格式
以下响应格式可用于此操作。必须通过向 URI 路径添加适当的后缀来为请求选择所需的格式。
术语表
术语表 名称 默认格式 描述 PaleobioDB field names pbdb txt, csv, tsv PBDB词汇表来自数据库中的基础字段名和值,并增加了一些新字段。在大多数情况下,使用此词汇表的响应将直接与从PBDB Classic接口下载的响应相比较。此词汇表是Text格式 响应的默认词汇。 Compact field names com json Compact词汇表是一组3个字符的字段名,旨在将响应消息的大小最小化。这是JSON格式 响应的默认值。一些字段值被类似地简化,而其他字段值则被完整地传递。