R语言【rgbif】——如何从GBIF网站上获取大量数据？

Package rgbif version 3.7.9

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Description

GBIF提供了两种获取分布数据的方法：通过/occurrence/search路径(参见occ_search())，或者通过/occurrence/download(参见下面的许多函数)。

occ_search()更适合较小的数据，而occ_download*()函数更适合较大的数据请求。

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Settings

您将使用occ_download()启动下载。您需要从您的GBIF配置文件中提供该功能设置：您的用户名、密码和电子邮件。使用该功能需要设置这三项。您可以通过以下三种方式之一指定它们：

• 将它们作为参数传递给 occ_download 

• 使用R选项：在当前R会话中使用options()函数作为选项，或者在.Rprofile文件中设置它们，之后它们将被自动读入

• 使用环境变量：在当前R会话中使用Sys.setenv()函数作为环境变量，或者在. Renviron /.bash_profile或类似的文件中设置它们，之后它们将自动读入

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Beware

你不能执行那么多下载，所以要明智地计划。请参阅下面的速率限制。

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Rate limiting

如果你试图启动太多的下载，你会收到420 "Enhance Your Calm"回应。如果所有GBIF用户的总数少于100个，那么一次可以运行3个。如果有更多，那么每个用户只能被限制为1个。这些数字可能会有变化。

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Functions

occ_download()：开始下载

occ_download_prep()：准备下载请求

occ_download_queue()：在队列中启动多个下载

occ_download_cached()：检查GBIF帐户中已经下载的文件

occ_download_wait()：重新运行occ download meta()，直到准备好

occ_download_meta()：获取单次下载的元数据进度

occ_download_list()：列出你的下载

occ_download_cancel()：取消一个下载

occ_download_cancel_staged()：取消状态为RUNNING或PREPARING的作业

occ_download_get()：检索下载

occ_download_import()：从本地文件系统导入下载文件

occ_download_datasets()：列出可供下载的数据集

occ_download_datasets_activity()：列出数据集的下载活动

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Query length

GBIF对下载查询的限制为12,000个字符。这意味着你可以有一个相当长的查询，但在某些时候，它可能会导致GBIF方面的错误，你将不得不把你的查询分成几个。

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Download status

以下状态可以在任何下载中找到：

• PREPARING：刚刚由用户提交并等待处理(通常只有几秒钟)
• RUNNING：创建过程(通常需要1-15分钟)
• FAILED：发生了意想不到的事情
• KILLED：用户决定在作业处于准备或运行阶段时中止作业
• SUCCEEDED：已创建下载并通知用户
• FILE_EARSED：根据保留策略删除下载，参见https://www.gbif.org/faq?question=for-how-long-will-does-gbif-store-downloads