R语言【rgbif】——occ_download()，occ_download_prep()：启动GBIF数据的下载请求。

Package rgbif version 3.7.9

使用 occ_search() 只能获取十万条数据，如果妄想通过 start 和 limit 突破，则会返回：

<simpleError: Max offset of 100001 exceeded

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Usage

occ_download(
  ...,
  body = NULL,
  type = "and",
  format = "DWCA",
  user = NULL,
  pwd = NULL,
  email = NULL,
  curlopts = list()
)

occ_download_prep(
  ...,
  body = NULL,
  type = "and",
  format = "DWCA",
  user = NULL,
  pwd = NULL,
  email = NULL,
  curlopts = list()
)

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Arguments

参数【...】：对于occ_download() 和 occ_download_prep()，一个或多个 occ_predicate 或occ_predicate_list 类的对象，由 pred* 函数创建。如果使用了此参数，则无法使用参数【body】。

参数【body】：如果您希望自己传递有效负载，请使用此参数。如果你使用这个，不要传递任何东西给参数【...】。接受R列表或JSON。JSON可能更容易，因为JSON库jsonlite要求您打开不应该自动转换为数组的字符串，这对于大型查询来说有点繁琐。可选。

参数【type】：(字符) equals(=)，and(&)，or(|)之一，lessThan (<)， lessThanOrEquals (<=)， greaterThan (>)， greaterThanOrEquals (>=)， in, within, not(!)，如isNotNull。

参数【format】：（字符）下载格式。'DWCA'(默认)，'SIMPLE_CSV'或'SPECIES_LIST'之一。

参数【user】：（字符）GBIF网站内的用户名。必需的。请参阅下面的“Authentication”。

参数【pwd】：（字符）GBIF网站内的用户密码。必需的。请参阅下面的“Authentication”。

参数【email】：（字符）收到下载通知的电子邮件地址。必需的。请参阅下面的“Authentication”。

参数【curlopts】：传递给HttpClient的命名curl选项列表。有关curl选项，请参见curl::curl_options。

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geometry

在使用几何参数时，请确保您的常用文本(WKT)按照GBIF所期望的格式进行格式化。他们预计WKT的上弦顺序是逆时针的。

以顺时针方向为例：POLYGON((-19.5 34.1, -25.3 68.1, 35.9 68.1, 27.8 34.1, -19.5 34.1))

而他们期望的是另一种顺序：POLYGON((-19.5 34.1, 27.8 34.1, 35.9 68.1, -25.3 68.1, -19.5 34.1))⁠

注意坐标对是经纬度，经度先，纬度后。

如果您提供的WKT是顺时针缠绕顺序的，则不应得到任何结果。

还请注意，occ_search()/occ_data()的行为与WKT不同，因为您可以向这些函数提供顺时针的WKT，但它们将其视为排除项，因此获取不在WKT区域内的所有数据。

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Methods

occ_download_prep：准备一个下载请求，但不执行它。适用于occ_download_queue()

occ_download：准备下载请求并执行它

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Authentication

对于user, pwd和email参数，您可以通过以下三种方式之一进行设置：

• 在.Rprofile文件中设置它们的名称为gbif_user、gbif_pwd和gbif_email
• 在.Renviron /.bash_profile(或类似的文件)将它们设置为GBIF_USER、GBIF_PWD和GBIF_EMAIL
• 只需将字符串传递给函数调用中的每个参数

我们强烈推荐第二种选择——将您的详细信息存储为环境变量，因为这是最广泛使用的存储秘密的方式。

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Query length

GBIF对下载查询的限制为12,000个字符。这意味着你可以有一个相当长的查询，但在某些时候，它可能会导致GBIF方面的错误，你将不得不把你的查询分成几个。