R语言【paleoTS】——pool.var：计算汇总方差

Package paleoTS version 0.5.3

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Description

计算古生物时间序列中样本的汇总方差。

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Usage

pool.var(y, nn = NULL, minN = NULL, ret.paleoTS = FALSE)

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Arguments

参数【y】：可以是paleoTS对象，也可以是样本方差向量。

参数【nn】：一个样本量的向量。

参数【minN】：样本大小，下面的方差用合并方差代替。。

参数【ret.paleoTS】：如果为TRUE，则返回一个paleoTS对象。如果为FALSE，则返回混合方差的值。

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Details

一组总体的汇总方差是总体个体方差的加权平均值，每个总体的权重等于其样本量减1。

许多性状的变异水平在亲缘关系密切的群体中趋于相似。当这是真的并且样本量很低时，大部分观察到的样本间方差差异将是由于估计方差的高噪声。用估计的汇总方差替换所有总体(或仅nn < minN)的观察方差可以减少这种噪声。

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Value

如果ret. palets = TRUE，则将所有(或部分)方差替换为汇总方差的palets对象;否则就是汇总方差。

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Example

data(cantius_L)
cant_all <- pool.var(cantius_L, ret.paleoTS = TRUE)

$mm
 [1] 1.23 1.29 1.31 1.28 1.27 1.36 1.31 1.33 1.33 1.33 1.32
[12] 1.28 1.36 1.32 1.35 1.36 1.36 1.37 1.36 1.39 1.39 1.40
[23] 1.44 1.42 1.45 1.44 1.39 1.46 1.44 1.36 1.46 1.44 1.49
[34] 1.45 1.45 1.47 1.48 1.45 1.47 1.53

$vv
 [1] 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082
 [6] 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082
[11] 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082
[16] 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082
[21] 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082
[26] 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082
[31] 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082
[36] 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082

$nn
 [1]  3 14 14  2  4  1 24 10  3  4  2 11  1 33 39  6  1 27 36
[20]  3 58 66  1  3  6 13  1  2  4  1  1 11  3  3  2 20  5 10
[39]  2  1

$tt
 [1] 0.00000000 0.02450000 0.03675000 0.07349999 0.08574999
 [6] 0.09799999 0.12249999 0.17149998 0.19599998 0.22049998
[11] 0.24499998 0.26949998 0.28174998 0.30624997 0.35524997
[16] 0.41649997 0.42874996 0.44099996 0.48999996 0.53899995
[21] 0.56349995 0.58799995 0.71049994 0.72274994 0.78399993
[26] 0.80849993 0.83299993 0.85749993 0.91874992 0.96774992
[31] 1.01674991 1.10249991 1.16374990 1.18824990 1.22499990
[36] 1.29849989 1.33524989 1.40874988 1.44549988 1.76399985

$MM
NULL

$genpars
NULL

$label
[1] "Cantius_lowerL.txt"

$start.age
NULL

$timeDir
[1] "increasing"

attr(,"class")
[1] "paleoTS"

cant_n5  <- pool.var(cantius_L, minN = 5, ret.paleoTS = TRUE)

$mm
 [1] 1.23 1.29 1.31 1.28 1.27 1.36 1.31 1.33 1.33 1.33 1.32
[12] 1.28 1.36 1.32 1.35 1.36 1.36 1.37 1.36 1.39 1.39 1.40
[23] 1.44 1.42 1.45 1.44 1.39 1.46 1.44 1.36 1.46 1.44 1.49
[34] 1.45 1.45 1.47 1.48 1.45 1.47 1.53

$vv
 [1] 0.00150082 0.00260100 0.00270400 0.00150082 0.00150082
 [6] 0.00150082 0.00144400 0.00152100 0.00150082 0.00150082
[11] 0.00150082 0.00108900 0.00150082 0.00122500 0.00184900
[16] 0.00090000 0.00150082 0.00160000 0.00090000 0.00150082
[21] 0.00202500 0.00144400 0.00150082 0.00150082 0.00108900
[26] 0.00067600 0.00150082 0.00150082 0.00150082 0.00150082
[31] 0.00150082 0.00122500 0.00150082 0.00150082 0.00150082
[36] 0.00078400 0.00102400 0.00193600 0.00150082 0.00150082

$nn
 [1]  3 14 14  2  4  1 24 10  3  4  2 11  1 33 39  6  1 27 36
[20]  3 58 66  1  3  6 13  1  2  4  1  1 11  3  3  2 20  5 10
[39]  2  1

$tt
 [1] 0.00000000 0.02450000 0.03675000 0.07349999 0.08574999
 [6] 0.09799999 0.12249999 0.17149998 0.19599998 0.22049998
[11] 0.24499998 0.26949998 0.28174998 0.30624997 0.35524997
[16] 0.41649997 0.42874996 0.44099996 0.48999996 0.53899995
[21] 0.56349995 0.58799995 0.71049994 0.72274994 0.78399993
[26] 0.80849993 0.83299993 0.85749993 0.91874992 0.96774992
[31] 1.01674991 1.10249991 1.16374990 1.18824990 1.22499990
[36] 1.29849989 1.33524989 1.40874988 1.44549988 1.76399985

$MM
NULL

$genpars
NULL

$label
[1] "Cantius_lowerL.txt"

$start.age
NULL

$timeDir
[1] "increasing"

attr(,"class")
[1] "paleoTS"