R语言【GIFT】——GIFT_species_lookup()：GIFT中的物种列表

Package GIFT version 1.3.2

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Description

检索一个分类名称的所有名称匹配信息。返回所有结果，其中名称可以在未标准化或分类标准化的名称中找到。

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Usage

GIFT_species_lookup(
  genus = "",
  epithet = "",
  namesmatched = FALSE,
  api = "https://gift.uni-goettingen.de/api/extended/",
  GIFT_version = "latest"
)

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Arguments

参数【genus】：定义要查找的属名的字符串。

参数【epithet】：定义要查找的特定昵称的字符串。

参数【namesmatched】：逻辑默认为FALSE，如果您不仅希望在标准化的物种名称中查找物种，还希望在原始资源中的原始物种名称中查找物种，则将其设置为TRUE。

参数【api】：定义从哪个API检索数据的字符串。

参数【GIFT_version】：定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版，则使用最新的版本，该版本仍然可以进行更改和编辑。

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Details

下面是每一列所指的内容：

orig_ID：分类统一前的物种识别号

orig_genus：分类协调前的属

name_ID：分类统一前属的鉴定编号

cf_genus：是否属名不确定

genus：分类协调前的属

cf_species：是否该物种的绰号是不确定的

aff_species：物种的绰号不确定

species_epithet：分类统一前的种的绰号

subtaxon：分类统一前的种亚分类群

author：描述该物种的作者(在分类协调之前)

matched：物种在分类主干上是否匹配

epithetscore：对昵称的匹配得分

overallscore：该物种的总体匹配得分

resolved：物种名称是否在分类学主干中得到解析

synonym：物种名称在分类学主干中是同义词吗

matched_subtaxon：亚分类群在分类主干上是否匹配

accepted：物种名称是否被分类主干所接受

service：用于分类协调的服务用途

work_ID：分类统一后的物种识别号

taxon_ID：分类群的识别号

work_genus：分类统一后属的鉴定编号

work_species_epithet：分类统一后的种名标识号

work_species：物种名称(经分类协调后)

work_author：描述该物种的作者(经过分类协调)

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Value

包含19列的数据帧(如果namesmatched = TRUE则为24列)。

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Example

ex <- GIFT_species_lookup(genus = "Fagus", epithet = "sylvatica")