Cell Reports：中科院动物所魏辅文组解析大熊猫肠道菌群季节性变化的功能

刘永鑫Adam

于 2022-02-13 07:00:00 发布

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版权

转载自美吉生物：https://mp.weixin.qq.com/s/4oZ0sUTdl3tbeT7lyEfRKQ

文章简介

https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.110203

英文题目：Seasonal shift of the gut microbiome synchronizes host peripheral circadian rhythm for physiological adaptation to a low-fat diet in the giant panda

中文题目：大熊猫肠道微生物群的季节性变化使宿主的外周生物节律同步，以生理适应低脂饮食

作者：魏辅文院士团队等

发表时间：2022

发表期刊：Cell Reports

影响因子：9.423/Q1

样品来源：小鼠肠黏膜+结肠内容物

研究手段：微生物多样性+宏基因组+转录组+代谢组学

摘要

肠道微生物群的特征随着宿主饮食的变化而同步变化。然而，这些波动的潜在影响仍不清楚。在这项研究中，作者将一种濒危哺乳动物(大熊猫)的饮食特异性粪便进行粪便微生物群移植(FMT)到无菌小鼠模型中。结果表明，食笋季的丁酸梭菌比食叶季的丁酸梭菌数量更多，这与寄主体重的显著增加相一致。经过季节特异性FMT后，小鼠模型的微生物群与供体相似，来自食笋季的微生物群移植的小鼠生长更快，储存更多的脂肪。机制研究表明，丁酸延长了肝脏生物节律基因Per2的上调，进而增加了磷脂的生物合成。验证实验进一步证实了这种因果关系。本研究表明，肠道微生物群的季节性变化会影响生长性能，有助于更深入地了解野生哺乳动物的宿主-微生物相互作用。

材料与方法

样本类型：大熊猫、小鼠

结果与讨论

1、一项对大熊猫肠道微生物群的高分辨率研究显示，在食笋季，丁酸梭菌的相对丰度较高，可能导致了体重的显著增加

宏基因组学和元蛋白质组学分析都表明，梭状芽孢杆菌的丰度很高，且在不同季节之间存在显著差异。粪便中短链脂肪酸(SCFAs)的气相色谱-质谱（GC-MS）分析表明，食笋季样品的丁酸和乙酸盐含量明显高于食叶季样品。见图1

图1：大熊猫粪便取样和肠道微生物群结构和功能的季节性变化

2．FMT小鼠的微生物群组合和体重表型均表现出与大熊猫相似的季节差异

通过用供体大熊猫粪便对GF小鼠进行FMT检测，探讨了大熊猫肠道微生物群组成的季节变化对体重和生长性能的影响。小鼠分为三组，包括移植大熊猫粪便采集组(简称SFMT组)，移植大熊猫粪便采集组(简称LFMT组)，小鼠以磷酸盐缓冲盐水作为对照组。研究发现LFMT小鼠和SFMT小鼠的肠道微生物群组成和脂肪储存存在差异，这与大熊猫肠道组合和体重积累的季节性变化相一致。这表明移植的大熊猫粪便进入GF小鼠是研究这种受威胁哺乳动物肠道微生物群功能的有效途径。见图2.

图2 16SrRNA基因测序测定FMT后大熊猫肠道微生物群对小鼠肠道定殖

3．与食笋季相关的肠道微生物群增加了宿主体内的磷脂循环和脂肪储存

为了研究肝脏中改变的代谢物与FMT小鼠血浆中代谢物循环的相关程度，作者整合了肝脏和血浆代谢组学数据，以确在两个数据集中均上调或下调的代谢物。总共有212种代谢物在血浆和肝脏中被鉴定为共同调控的。其中，与LFMT组相比，SFMT组的肝脏和血浆中有8个表达显著上调，包括SM和PS。见图3.

图3 LFMT和SFMT小鼠的肝代谢和血浆代谢组学研究

4、多组学分析和实验验证表明，肠道微生物群产生的丁酸盐影响了关键生物节律基因的表达，导致磷脂波动

为了全面探索循环磷脂代谢的调节过程，作者对肝脏和肾脏中参与脂质代谢和循环这两个重要的周围器官的基因表达模式进行了表征。接下来，作者探讨了控制生物节律基因的调控基因网络。之后，作者研究了季节特异性肠道微生物群如何影响相应的茎和叶特异性基因表达模块。

为了进一步检测观察到的时钟基因表达模式的变化是否依赖于丁酸，作者每天给特定的无病原体(SPF)小鼠注射丁酸，连续7天。最后，作者在最终丁酸盐给药后的24小时内，每6小时评估一次肝脏中Per2和Bmal1的基因表达模式。见图4.

图4 定殖小鼠肝脏和肾脏中生物节律基因的表达模式

研究结论

作者的研究结果表明，肠道微生物群的季节性波动可以通过微生物衍生的丁酸盐和外周生物节律基因之间的串扰来同步宿主的代谢功能。这些相互作用可能弥补季节性缺乏必要的营养磷脂，以维持宿主的肝脏健康和生长性能。作者的发现强调了季节性肠道微生物群在维持宿主生理健康和健康方面发挥的重要作用。

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