微生物单细胞多组学研修班
单个细胞是微生物组(菌群)的功能单元和进化单位。因此,单细胞多组学研究,通过在单细胞精度构建从基因组、转录组、蛋白组、代谢物组到代谢表型组的关联,能在最“深”的水平剖析菌群的遗传多样性和功能异质性、揭示菌群-宿主互作的机制、挖掘功能元件和底盘细胞、监测微生态过程、乃至重塑与设计人工菌群。
“微生物单细胞组学研修班”将基于对科学文献与产业技术的梳理与剖析,系统地介绍微生物单细胞多组学的设计思路、实验原理、技术手段、数据分析方法、重要应用等,帮助大家策划和开展微生物单细胞研究,并构建一个促进产学研协同创新的知识交流与共享平台,共同推动微生物单细胞技术的进步。
课程内容
1
微生物单细胞多组学技术概况
介绍微生物单细胞技术的原理、方法和应用,分析其中关键技术挑战和解决方案,比较微生物单细胞与哺乳动物单细胞技术的差异和联系。
2
微生物单细胞多组学技术进展
回顾近年来发表的微生物单细胞基因组、转录组、表观组、代谢表型组等研究,总结相关技术的进展和创新,展示微生物领域单细胞技术所能提供的新型数据模式及其优势。
3
微生物单细胞功能表征、分选、测序、培养技术及其应用
介绍如何根据不同的研究目的和样本特征,选择合适的微生物单细胞功能表征、分选、测序与培养技术,以及这些技术在不同领域的应用案例。
4
实验策略与数据分析方法
讲解微生物单细胞组学实验的关键步骤、注意事项和技巧,数据质量的评估指标,数据分析的基本思路,有参和无参数据分析流程的构建,常用软件、算法的选择策略,以及热门图表的制作和使用方法。
5
微生物单细胞多组学发展方向
展望单细胞技术与仪器设备的前沿问题与发展趋势,例如与三代测序、人工智能等相结合等。
课程安排
5月22日 14:00-17:00 会议地点:R·lab会客厅 |
时间 | 讲者 | 讲题 |
主持人:孙鲁阳 中科院青岛生物能源与过程研究所 | ||
14:00 - 15:00 | 孙鲁阳 徐健 中科院青岛生物能源与过程研究所 | 微生物单细胞功能表征、分选、测序、培养技术及其应用 |
15:00 - 16:00 | 郑文山 墨卓生物科技 | 微生物单细胞基因组和转录组技术 |
16:00 - 17:00 | 马波 青岛星赛生物 於佳乐 墨卓生物科技 | 微生物单细胞分析仪器体系及其发展趋势 |
讲者介绍
孙鲁阳
中国科学院青岛生物能源与过程所研究员,单细胞中心生物信息组组长。
长期致力基因组学及表观遗传学领域中高通量测序技术、单细胞技术和生物信息技术等共性方法和机制研究。
目前承担国家优秀青年科学基金(海外)、基金委青年科学基金,山东省青年基金科学等项目。
曾建立基因转录异常检测、细胞寿命高通量扫描等一系列新技术与数据分析方法,并运用上述技术揭示了mRNA转录异常,染色质结构缺陷、衰老调控等多个分子生物学领域关键通路的调控机制。相关研究结果发表在Nature、Nature Aging、Nature Communications、Science Advances等学术期刊,总引用过千次。
徐健
中国科学院青岛生物能源与过程所研究员、生物能源室主任、单细胞中心主任、基因组工程组组长,mSystems创始编委。
研究方向为拉曼组分析与仪器研制、工业微藻合成生物学等。
主持国家重大科学仪器研制、科技部重点研发计划、国家基金委重点、重大研究计划重点支持等项目。获国家杰出青年基金、国家特殊人才支持计划、中国青年科技奖、中源协和生命医学创新突破奖等。
论文发表于Science、Cell Host & Microbe等170余篇,被引超1.5万次,入选爱思唯尔“中国高被引学者”(H-index 58)。
郑文山
墨卓生物科技(MobiDrop)联合创始人,首席技术官,微生物高通量单细胞基因组测序技术Microbe-seq的共同发明人。本科毕业于北京大学,博士毕业于哈佛大学,师从中美四院院士David Weitz教授。
研究方向为液滴微流控,尤其是该技术在高通量生物分析中的应用,包括单细胞测序和数字PCR等。相关研究以第一作者在Science、Nature Communications等多个高水平期刊上发表。
目前在墨卓生物带领研发团队,从事微流控技术的生物科技和医学应用开发,已带领团队成功完成MobiNova高通量单细胞测序建库系统,MobiMicrobe微生物单细胞测序服务平台的开发。
马波
青岛星赛生物(singlecellbiotech.com)联合创始人及董事长,中国科学院青岛生物能源与过程所研究员, 单细胞中心副主任,微流控系统组组长。
2003 年起致力于微流控芯片技术在生命科学中的基础和应用研究。研制并示范了国际上首套拉曼流式细胞分选仪FlowRACS,已实现单细胞仪器系列的产业化。
目前承担国家重点研发专项、国家基金委重大仪器,中科院重大科研仪器装备研制等项目。担任国家生物计量和质量控制标准化技术委员会委员,中国海洋工程咨询协会深海技术与工程分会理事。
先后在Science Advances、Nature Communications、Advanced Science、Small等学术期刊发表论文40余篇,申请发明专利40余项,授权20余项。
於佳乐
墨卓生物单细胞微生物项目总监。
2009年起,先后在华东理工大学生物反应器国家重点实验室、上海交通大学微生物代谢国家重点实验,从事微生物代谢工程、合成生物学相关研究,获得生物化工博士学位。
现致力于单细胞微生物基因组microbe-seq技术的产品研发及应用市场开拓工作。
点击阅读原文进入“2023肠道大会”官网