mbio | 西农刘慧泉+广西农科院李其利揭示炭疽菌属小染色体进化规律

西北农林科技大学旱区逆境作物国家重点实验室刘慧泉教授团队与广西农业科学院植物保护研究所李其利研究员团队于2023年6月7日在mbio发表题为"The evolution of mini-chromosomes in the fungal genus Colletotrichum"的文章，该文对26个炭疽菌基因组进行了比较基因组学分析，发现了炭疽菌基因组中广泛存在的小染色体（又称附属染色体），并对小染色体的特征、起源及小染色体上基因与菌株致病性的潜在联系进行了探究。该研究有助于进一步探索真菌染色体进化规律，从小染色体角度揭示炭疽菌侵染致病机理、设计并挖掘潜在的药物靶标。

研究背景

炭疽菌属（ Colletotrichum ）真菌是一类全球性分布的植物病原菌，寄主范围广，能侵染3200多种植物。芒果是我国的特色水果，炭疽病是芒果的主要病害之一，每年可造成30%～60%的产量损失，严重时甚至绝收。目前报道的引起我国芒果炭疽病的炭疽菌有13种，其中亚洲炭疽菌（C. asianum）、暹罗炭疽菌（C. siamense）和果生炭疽菌（C. fructicola）是优势种。本研究分析的26个炭疽菌基因组中，有17个是PacBio测序所得，这些菌株大多都分离自芒果，此外还有9个基因组是从NCBI数据库中下载的高质量炭疽菌基因组。
许多病原真菌进化出小染色体。这些小染色体的功能通常与菌株的营养生长无关且长度小于2Mb，并且其基因组特征如基因密度，转座子含量，变异数量和 GC 含量等方面与核心染色体存在明显的差异。现有的研究已经在多种致病真菌例如炭疽菌、尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）、稻瘟菌（Magnaporthe oryzae）和灰霉菌（Botrytis cinerea）中发现了小染色体。
然而，这些研究并未回答小染色或小染色体上的基因从何而来，也尚未从分子水平揭示小染色体上的基因与菌株致病性的关联。

研究方法

数据分析：本文结合PacBio基因组测序、群体遗传分析、属水平的比较基因组和转录组学分析对炭疽菌属的染色体进化、小染色体的特征和起源进行了研究。
验证性实验：通过染色体核型分析（芽管爆裂实验）对小染色体的存在进行了验证，通过对小染色体中侵染时期上调表达的基因进行敲除明确了这些基因与菌株致病性的关联。

研究结果

• • 17个菌株PacBio基因组测序并组装得到高质量的炭疽菌基因组（9~21条scaffolds，平均scaffold N50 > 4.39Mb），平均每个菌株存在一半的scaffolds为端到端的全长染色体。 C. endophytica 、 C. cordylinicola 、 C. liaoningense 三个种的基因组组装为世界范围内首次获得；

• • 对26个炭疽菌基因组在属水平进行了比较基因组学分析，发现这些炭疽菌的基因组大小（50.7～87.2 Mb）和重复序列含量（2.65～43.77%）存在较大变异。近缘菌株之间（C. sp. JS-367 与 C. gigasporum HN42-2）由于LTR转座子的随机插入导致了基因组的差异。

图1 26个炭疽菌的系统发育关系和潜在致病基因数量比较

• • 在物种水平鉴定了谱系特异（lineage specific，LS）的基因组区，在菌株水平分析了炭疽菌具有和其他一些病原菌类似的双速基因组特征，进化快速的基因组区域富含重复序列和效应蛋白。此外经比较发现90%的LS基因组区与快速进化的基因组区域重叠，这些区域可能与菌株的适应性进化相关。

图2 胶胞炭疽菌复合群菌株的基因组特征

• • 染色体比较发现炭疽菌基因组中广泛存在的染色体重组现象，染色体序列的对齐也帮助我们发现了小染色体的存在。

图3 炭疽菌染色体重排

• • 对26个炭疽菌基因组中的小染色体进行了鉴定，从重复序列，GC含量等基因组特征角度对小染色体和核心染色体进行了比较，发现小染色体上基因进化较快并且小染色体的序列具有较高的特异性。

图4 炭疽菌小染色体特性

• • 进一步对小染色体上序列和基因的来源进行了探究，发现在QZ-3菌株中，部分小染色体可能源于近缘菌株的核心染色体；在GZ23-3菌株中，小染色体上的37个基因来源于水平基因转移，其中26个来源于细菌基因组，并且这些基因在小染色体上成簇排列，它们的密码子使用偏好与炭疽菌其他基因存在明显的分布偏移。

图5 部分菌株的小染色体进化分析

• • 对亚洲炭疽菌的强致病力菌株FJ11-1与同种内的弱致病力菌株YN55-1相比，小染色体上在侵染时期上调表达的基因数量较多，其中包含若干具有潜在致病力的基因（8个分泌蛋白和1个次生代谢产物生物合成相关基因）。这些上调表达的基因功能富集结果表明其在蛋白质合成活性和磷酸化中发挥作用，这些功能对于病原菌侵染至关重要。选取了FJ11-1中一个上调表达且在小染色体上特有的基因进行了功能验证，其敲除突变体和野生型相比在芒果叶片和果实上接种均表现出致病力显著减弱。

图6 FJ11-1菌株小染色体中上调表达基因功能分析

原名：The evolution of mini-chromosomes in the fungal genus Colletotrichum
译名：炭疽菌属小染色体进化研究
期刊：mBio
IF：7.786
发表时间：2023.6.7
通讯作者：李其利
主要作者：王昊明，黄荣，任静毅等
第一单位：西北农林科技大学旱区作物逆境生物学国家重点实验室
DOI号：10.1128/mbio.00629-23

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编辑 | Narcissus

供稿 | Littlebusy

审核 | 农心生信工作室