JGG｜中山大学中山医学院丁涛团队基于宏基因组揭示口腔链球菌是鼻咽癌潜在生物标志物-CSDN博客

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鼻咽癌是一种具有区域聚集性的头颈癌，在中国华南地区高度流行，甚至被称为“广东癌”。早期筛查和及时治疗对于提高鼻咽癌患者的生存率至关重要。然而，由于其早期缺乏典型临床症状且病变部位较隐蔽，不易被及时发现。因此，寻找一种简便、经济、快捷、易被患者接受的筛查方法对鼻咽癌高危人群非常重要，也是当前研究领域面临的主要挑战之一。

2023年11月15日，Journal of Genetics and Genomics在线发表中山大学中山医学院丁涛教授团队题为“Metagenomics analysis identifies oral Streptococcus as potential biomarkers for nasopharyngeal carcinoma”的研究论文。该研究利用宏基因组测序数据，通过机器学习构建预测模型，发现口腔微生物Streptococcus parasanguinis和Streptococcus koreensis可作为鼻咽癌患者的筛查标志物。

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该研究通过比较鼻咽癌患者和健康人群的口腔菌群组成，发现在鼻咽癌患者口腔中链球菌的丰度显著增加。该菌丰度的增加对于扰乱口腔菌群结构起着重要作用，并且与鼻咽癌肿瘤分期成正比。研究人员进一步利用宏基因组测序数据，通过机器学习随机森林模型进行5倍-10折交叉验证，预测模型成功鉴定出Streptococcus parasanguinis和Streptococcus koreensis的联合可以显著提高鼻咽癌患者的筛查效率。

鼻咽癌患者口腔中链球菌丰度显著增加

A: 鼻咽癌患者和健康对照组的口腔唾液样本在菌群组成结构上存在显著差异；B: 口腔菌群Adonis R2 值；C-F: 鼻咽癌患者和健康对照组的口腔菌群多样性比较；G-J: 利用随机森林模型预测和检验链球菌作为鼻咽癌筛查的潜能。

综上所述，该研究揭示口腔链球菌在鼻咽癌患者早期筛查中可作为潜在生物标记物，为未来建立高效便捷的筛查手段，推动准确有效的治疗方法和治疗策略提供了新思路。

作者简介

中山大学中山医学院刘艳敏博士和中山大学附属第一医院放射治疗科王成涛博士为该论文共同第一作者。中山大学中山医学院丁涛教授为通讯作者。相关工作得到国家自然科学基金、广东省重点区域研究开发计划等项目的资助。

引用本文

Yanmin Liu, Chengtao Wang, Lixiang Xie, Shuling Du, Li Ding, Ying Cui, Runzhi Chen, Jingxiang Zhang, Wan Wang, Xi Liu, Yan Wang, Shiyan Chen, Tian Tan, Qiaochu Zhao, Limei Yin, Chunwei Li, Yong Chen, Tao Ding. (2023) Metagenomics analysis identifies oral Streptococcus as potential biomarkers for nasopharyngeal carcinoma. Journal of Genetics and Genomics.

DOI：10.1016/j.jgg.2023.11.003

第一作者面对面

自我介绍

我是刘艳敏，河南省商丘市人。于2022年6月毕业于中山大学中山医学院，取得博士学位，导师是丁涛教授。现于广东省中医院就职，主要的研究方向是人体菌群在疾病中的作用机制。

业余兴趣爱好

运动、听书。

目标或愿景

我希望通过对人体菌群的研究来增加对其多样性和组成的理解，解析人体菌群与宿主的互作机制，揭示人体菌群在健康和疾病发展中的重要角色，为开发创新的治疗方法、预防疾病以及促进人类健康做出贡献。

你心目中最喜欢或敬仰的科学家

在人体菌群研究领域，我对荷兰格罗宁根大学医学中心的傅静远教授表示敬佩。她致力于研究宿主和肠道菌群之间的相互作用及其对人体代谢和免疫的影响。作为一个女性，我不仅敬佩她在人体菌群领域发表了多篇具有高影响力的研究成果，更敬佩她给人的那份宁静致远、淡然恬静的感觉。

在课题研究过程中，你遇到过什么特别的困难，是如何克服的？

在课题研究过程中，我认为遇到的最大困难是样本采集。获取准确、可重复的人体菌群样本对于研究至关重要，然而在样本收集方法和技术方面仍存在一些限制。为了克服这个问题，我们制定了严格规范的收样操作流程，以确保样本的可靠性。

在得知论文被接收后，你的感觉是什么？

非常欣慰我们的研究工作得到同行评审专家和期刊编辑的认可，同时感谢导师一直以来的支持和各位同门的帮助。

在你的研究领域中，你认为最挑战的科学问题是什么？

我认为在人体菌群研究领域面临的挑战有两个：

1、如何在不同人群和个体之间存在巨大菌群多样性的前提下，研究人体菌群与宿主相互作用的具体机制，进而深入理解菌群如何影响宿主生理过程以及与疾病发生的关联；

2、如何将人体菌群研究结果作为潜在的诊断、预防和治疗靶点，并将其转化为具体的临床应用。

期刊简介

Journal of Genetics and Genomics

Journal of Genetics and Genomics (JGG) 是由中国科学院遗传与发育生物学研究所和中国遗传学会主办的国际学术期刊，致力于报道涵盖生命科学和医学遗传学领域的原创性研究成果。JGG 2022年度影响因子5.9 (5年影响因子5.9)，Scopus学术期刊评价指标CiteScore 5.9，位列JCR 2022年度GENETICS & HEREDITY领域Q1区，BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY领域Q1区，入选中国科技期刊卓越行动计划。

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