Microbiome | 华中农大赵述淼组揭示江汉鸡肠道微生物群物种和功能组成并分离得到益生菌...-CSDN博客

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宏基因组组装基因组揭示江汉鸡肠道微生物群物种和功能组成以及具有益生菌特性的乳酸片球菌的分离

Metagenome-assembled genome reveals species and functional composition of Jianghan chicken gut microbiota and isolation of Pediococcus acidilactic with probiotic properties

Article，2024-2-12，Microbiome， [IF 15.5]

DOI：https://doi.org/10.1186/s40168-023-01745-1

原文链接：https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-023-01745-1

通讯作者：赵述淼

- 摘要 -

背景：鸡是全世界养殖最广泛的动物之一，在肉类和蛋类生产中发挥着至关重要的作用。肠道微生物群对于鸡的健康、疾病、生长和产蛋至关重要。然而，江汉鸡等本土鸡的产肉、产蛋品质优于集中鸡，其肠道微生物多样性更丰富，潜在的肠道微生物资源可能为宿主带来健康益处。

结果：江汉鸡肠道菌群的细菌种类组成与其他鸡品种相似，其中Phocaeicola和Bacteroides是最丰富的细菌属。LEfSe 分析显示荆州样品与其他三组样品之间的物种组成和功能特征存在显著差异。功能注释表明，江汉鸡肠道菌群以代谢基因为主，其中与碳水化合物代谢相关的基因数量最多。发现了多个抗生素抗性基因（ARG），并且ARG的组成与工厂化养殖鸡相似，表明抗生素广泛存在于江汉鸡的肠道微生物群中。江汉鸡的抗性基因主要由拟杆菌门和芽孢杆菌门微生物携带。此外，还从江汉鸡的微生物群中筛选出超过829个分离株。对所有分离菌株进行三轮酸和胆汁耐受性实验后，确定六株乳酸片球菌表现出一致的耐受性。进一步的实验证实，其中三种菌株（A4、B9和C2）具有巨大的益生菌潜力，其中乳酸丙酸杆菌 B9 显示出最高的益生菌潜力。

结论：本研究阐明了江汉鸡肠道微生物群的组成和功能基因库。尽管没有补充抗生素，江汉鸡的肠道微生物群落仍然表现出与集约化饲养鸡相似的抗生素抗性基因谱，表明抗性基因在散养家禽中普遍存在。此外，江汉鸡和集约化饲养鸡的主要抗性基因不同，这是散养鸡和放养鸡之间很少探讨的一个方面。此外，在 829 个分离株中，三株P. acidilatici表现出强大的益生菌潜力。这些发现提供了对江汉鸡独特肠道微生物群的深入了解，并强调了为宿主带来益处的潜在益生菌菌株。

- 结果 -

图1 鸡肠道微生物群组成的地理依赖特性。

A. 在中国，四个采样点的分布（YC：宜昌；JZ：荆州；HS：黄石；HG：黄冈）。四个采样点均位于湖北省内的长江盆地附近。

B. 主成分分析图展示来自YC、JZ、HS和HG的34个样品细菌微生物群的组成。

C. 主成分分析图展示来自YC、JZ、HS和HG的34个样品真菌微生物群的组成。

图2 属水平（真菌前20，细菌前25）微生物群落组成和动态，数字表示每个区域重复的样品。

A. 四个地点真菌群落的动态。

B. 根据每个地点平均数得来的真菌群落组成。

C. 四个地点细菌群落的动态。

D. 微生物群落的组成是以每个地点的平均数为基础的。

图3 鸡肠道MAG的功能注释。鸡微生物蛋白的功能注释。

注释结果通过KEGG（A）、COG（B）和CAZy（C）获得。

图4 以三种数据库为基础的来自不同地点样品的功能基因分布和相对丰度的聚类热图。

A. CARD数据库。

B. KEGG数据库。

C. CAZy数据库。

只有相对丰度前30的基因被考虑为主要基因。

图5

A. 四个地点样品中的主要属水平微生物分布。

B. LDA分数。

C. 微生物群落分支图。

图6

A. 四个地点样品中主要功能基因的分布。

B. LDA分数。

C. 功能基因分支图。

图7

A. 829个分离的鸡肠道微生物的系统发育树。

B. 六种具有胆汁盐抗性菌株的系统发育树。条形图显示24小时生长后细菌溶液的吸光度和pH值。

图8 鸡源益生菌筛选鉴定过程。

A. 对不同人工胃液（G0h、G3h）和人工肠液（I0、I3h、I13h、I21h）的耐受性评估。

B. 胆汁盐复筛结果，不同胆汁盐浓度下的生存百分比，对照不加胆汁盐。

C. 对不同肠上皮细胞的粘附能力。

D. 对三种常见病原菌的抑制效果。

E. 菌株与病原体的共聚集。

F. 通过DPPH测定上清液和细胞的抗氧化活性。

G. 通过超氧阴离子的去除率来测定上清液和细胞的抗氧化活性。

H. 多种抗生素结果的热图（R：耐受；I：中等耐受；S：不耐受）。

参考文献

Shen, H., Wang, T., Dong, W. et al. Metagenome-assembled genome reveals species and functional composition of Jianghan chicken gut microbiota and isolation of Pediococcus acidilactic with probiotic properties. Microbiome 12, 25 (2024). https://doi.org/10.1186/s40168-023-01745-1.

- 通讯作者简介 -

华中农业大学

赵述淼

副教授

研究方向

饲用微生态制剂，酿造微生物分子生态学

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