NC ｜中科院曹晓风/王二涛等揭示动态根部微生物组在不平衡施肥下维持大豆产量...-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/136290281

动态根部微生物组在不平衡施肥下维持大豆产量

Dynamic root microbiome sustains soybean productivity under unbalanced fertilization

Article，2024-2-23，Nature Communications， [IF 16.6]

DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-024-45925-5

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-45925-5

通讯作者：曹晓风；王二涛

- 摘要 -

根部相关微生物群有助于植物生长和健康，并受到植物发育和土壤环境变化的动态影响。然而，不同的施肥方式如何影响微生物组装的数量变化以影响植物生长仍然不清楚。在这里，我们使用定量微生物组分析 (QMP) 探索大豆根部相关细菌的时间动态，以检查其对不平衡肥料处理（即缺乏氮、磷或钾）的反应及其在四十年来的不平衡施肥后在维持植物生长方面的作用。我们发现，与根相关的细菌在植物发育过程中表现出很强的演替性，并且细菌负荷在后期大幅增加，特别是拟杆菌门。不平衡施肥对大豆根际细菌的组装有显著影响，在缺乏氮肥的情况下，细菌群落与正常施肥植物的细菌群落不同，而缺乏磷肥则阻碍了根际细菌的总负荷和周转。重要的是，源自低氮富集簇的 SynCom 能够刺激植物生长，这与在缺乏氮肥的情况下稳定的大豆生产力相对应。这些发现为根部相关微生物组的定量动态提供了新的见解，并强调了具有可持续农业管理前景的关键生态群。

- 结果 -

图1 试验设计及土壤矿质养分和大豆产量对不平衡施肥响应。

A. 田间实验按照完全随机区组设计安排。

B. 在2020年种植大豆之前不同施肥处理下的大块土的化学性质。

C. 2020和2017年，不平衡施肥对大豆产量的影响。

图2 通过定量微生物分析（QMP）揭示不同施肥处理下根相关细菌多样性的时序动态。

A. 每个处理中大块土的细菌α多样性（Shannon指数）。

B. 不同处理下跨越植物发育阶段的根际细菌α多样性动态。

C. 不同处理下跨越植物发育阶段的根内细菌α多样性动态。

D. 利用主坐标分析（PCoA）的大块土的细菌β多样性。

E. 根际细菌β多样性PCoA。

F. 根内细菌β多样性PCoA。

G. 根际（左）和根内（右）每个处理中的时间距离（每两个样本之间采样日的变化，Δd）和样本之间的 Bray-Curtis 距离之间的线性回归。

H. 根际（左）和根内（右）采样阶段（发芽后天数，d）和每个不平衡施肥处理与对照的Bray-Curtis 距离之间的线性回归。

图3 根据16S rRNA测序数据得到的大块土、根际和根内的细菌载量和组成。

A. 大块土中绝对丰度和门水平细菌群落组成。

B. 根际细菌丰度和群落组成的时序动态。

C. 根内细菌丰度和群落组成的时序动态。

图4 通过 QMP 和 RMP 拟合细菌门的时间动态曲线。

A. 跨越植物发育阶段以QMP（红）和RMP（绿）数据为基础的根际六个最丰富门的细菌丰度动态。

B. 跨越植物发育阶段以QMP（红）和RMP（绿）数据为基础的根内六个最丰富门的细菌丰度动态。

图5 根际核心ASVs。

A. 根际核心ASVs的丰富度和累积丰度。

B. 每个处理中所有ASVs和核心ASVs的绝对丰度（log₁₀ 拷贝 g^-）的回归系数。

C. 不同处理和发育阶段核心ASVs的聚类热图。

图6 不同处理根际微生物组的功能表征。

依据KEGG（A），COG（B）和CAZy（C）数据库，每个处理的根际微生物组的功能α多样性（左）和β多样性（右）。

D. 与氮、磷和钾循环相关的功能基因的差异。

图7 根际生态聚类（网络模块）的变异以及它们在促进植物生长方面的功能。

A. 网络关联和模块化的可视化。

B. 每个模块ASV的丰富度和物种分类。

C. 不同处理中每个模块累积绝对丰度。

D. 对应模块ASVs和分离细菌菌株以

参考文献

Wang, M., Ge, AH., Ma, X. et al. Dynamic root microbiome sustains soybean productivity under unbalanced fertilization. Nat Commun 15, 1668 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-45925-5

- 通讯作者简介 -

中国科学院遗传发育生物学研究所

曹晓风

院士

植物表观遗传学家，1965年5月生，北京人。1988年毕业于北京大学，1991年获中国农业大学硕士学位，1997年获北京大学博士学位。2015年当选为中国科学院院士。现为中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员。

长期从事植物表观遗传学研究。在组蛋白甲基化研究方面，发现植物中首个H3K27去甲基化酶REF6，并提出REF6与LHP1共进化的理论；揭示组蛋白甲基化酶和去甲基化酶调控基因表达和维持转座子活性的分子机制，首次在基因组水平上证实转座子具有调控功能；系统研究了拟南芥中蛋白质精氨酸甲基转移酶的活性和调控开花的遗传学途径，发现AtPRMT5和AtPRMT3基因突变分别导致全基因组mRNA前体剪切和rRNA加工异常，揭示了蛋白质精氨酸甲基化通过转录后水平调控基因表达的新机理；在水稻小RNA研究方面，鉴定了水稻小RNA产生的关键因子及遗传途径，揭示不同小RNA对水稻重要农艺性状的影响。

中国科学院上海植物生理生态研究所

王二涛

研究员

王二涛，博士，研究员，博士生导师，“国家杰出青年基金”获得者, 2020年科学探索奖获得者。2003年于河南大学获学士学位；2008年于中国科学院研究生院获博士学位；2008-2012年在英国John Innes Centre从事博士后研究；2013年至今，任中国科学院上海植物生理生态研究所研究员。主要从事豆科植物-根瘤共生固氮，植物-丛枝菌根真菌共生方面的研究。建立植物-丛枝菌根真菌共生营养交换的新理论模型；揭示豆科植物根瘤发生的分子调控机理等。研究成果以通讯作者发表在Science, Nature, Molecular Plant, The Plant Cell和Cell Research等国际主流学术期刊上，对植物-微生物共生领域有重要影响。

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