NEE | 原核基因组的全球调查揭示了驱动水平基因转移的生态进化压力！

最新推荐文章于 2025-02-22 07:01:49 发布

刘永鑫Adam

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版权

转载自环境微生物组学

-研究背景-

水平基因转移，即通过繁殖以外的方式交换遗传物质，是原核生物基因组进化的基本驱动力。横向转移基因的基因组持久性已被证明受到生态和进化因素的影响。然而，除了物种被分离出来的栖息地之外，关于其他物种的生态信息非常有限，这阻碍了我们更深入地探索生态因素对水平基因转移的影响。

-研究进展-

昆士兰科技大学/复旦大学类脑智能科学技术研究院的Luis Pedro Coelho和苏黎世大学Christian von Mering共同通讯发表A global survey of prokaryotic genomes reveals the eco-evolutionary pressures driving horizontal gene transfer论文。在这项研究目标是阐明有助于通过 HGT 成功获得基因的生态和进化因素。利用 8,790 个物种的全基因组的基因内容，聚类成超过一百万个基因家族，运行 RANGER-DTL 来模拟基因进化中的复制、转移和丢失事件。与此同时，作者在 MicrobeAtlas 数据库 ( https://microbeatlas.org/ ) 中搜索这些物种，从不同的全球分布环境中获得了超过一百万个微生物群落概况。通过跟踪该数据集中的物种存在和丰度概况，我们发现共现、丰度和扩散模式都决定了 HGT 的成功。通过观察转移基因的功能和普遍性，我们观察到最近的转移丰富了参与转录、复制和修复的基因以及抗菌素耐药性基因。相比之下，旧的转移富含涉及氨基酸、碳水化合物和能量代谢的基因，并且更有可能涉及几乎所有物种成员中都存在的基因。本研究概述了 HGT 的全球生态趋势。

-研究结果-

结果发现，共栖物种、相互作用物种和高丰度物种往往交换更多的基因。与宿主相关的特殊物种最有可能和其他宿主相关的特殊物种交换基因，而在不同栖息地发现的物种，无论其偏好的栖息地如何，都具有相似的基因交换率。

该研究涵盖了前所未有的综合水平基因转移和环境信息规模，突出了广泛的生态进化趋势。

Fig. 1: Global-scale computational detection of HGT events and dataset integration with relative abundance profiles from over a million environmental samples.Fig. 2: Genes participating in HGT are mostly accessory and display distinct functional profiles depending on time passed since transfer.Fig. 3: Comparison of functional enrichment analysis results to those from previous studies.

Fig. 4: Co-occurring species are more likely to participate in HGT.

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