Cell：迄今最大的人类肠道真菌参考基因组目录-CSDN博客

引言

在当今生物信息学和微生物组研究的前沿领域，大连医科大学的马骁驰教授、法国国家农业研究院的Francis Martin博士、中国科学院上海药物研究所的果德安教授和大连医科大学的王超教授联合发表了一项重要研究。这项研究通过大规模人类肠道真菌的培养测序，建立了迄今为止最大的培养肠道真菌（CGF）参考基因组目录。这一研究成果不仅显著扩展了现有的肠道真菌基因组资源，还揭示了肠道真菌在常见疾病中的潜在作用，为未来的肠道真菌组研究提供了重要的参考数据。

Figure 1. Genome-wide phylogeny of 206 fungal species cultivated from the human gut

方法与数据

样本来源与测序

研究团队从135名健康中国人的粪便样本中培养出12453株真菌，并对这些真菌进行全基因组测序。最终，获得了760个肠道真菌基因组，这些基因组涵盖了48个科、206个种，其中69个种为首次鉴定。值得注意的是，CGF目录使肠道真菌的物种和蛋白质家族的基因组资源分别增加了4倍和2倍多。

功能分析与代谢组学

通过对CGF基因组进行功能分析和靶向代谢组学分析，研究团队详细描述了肠道真菌在基因功能和代谢产物方面的情况。他们使用了一系列先进的生物信息学工具和软件，如KEGG、GO、MetaCyc等，以解析基因功能并预测代谢通路。这些分析不仅揭示了肠道真菌在人体内的潜在生物学功能，还为理解真菌与宿主之间的相互作用提供了新的视角。

Figure 2. Overview of functional profiles of cultivated gut fungi

公开数据整合与群体分析

研究还将CGF目录与公开的人类相关真菌（PHF）基因组资源结合起来，分析了1.1万个来自不同人群的粪便宏基因组数据。这些数据揭示了中国和非中国人群肠道真菌组的结构特征，显示出显著的地理和种族差异。通过这些分析，研究团队不仅丰富了对全球肠道真菌组的理解，还为未来跨地区和跨种族的比较研究奠定了基础。

结果与讨论

疾病相关特征

研究进一步分析了28种疾病的肠道真菌组特征，鉴定出了一系列疾病共享和疾病特异性的肠道真菌特征。特别值得注意的是，研究团队在小鼠结肠炎模型中验证了部分特征性真菌信号的生物学效应，揭示了这些真菌可能具有的保护机制和物质基础。例如，某些真菌代谢产物可能通过调节宿主免疫反应发挥保护作用，这为未来的疾病诊断和治疗提供了新的思路。

临床应用前景

这一研究成果不仅具有重要的学术价值，还具有广泛的临床应用前景。通过鉴定疾病相关的肠道真菌特征，研究团队为疾病的早期诊断和个性化治疗提供了潜在的生物标志物。这些发现有望在未来的临床实践中转化为新的诊断工具和治疗方法，改善人们的健康水平。

结论

这项研究通过建立迄今为止最大的培养肠道真菌参考基因组目录，显著扩展了现有的肠道真菌基因组资源，揭示了肠道真菌的多样性及其在常见疾病中的潜在作用。研究结果不仅为肠道真菌组研究提供了重要的参考数据，还为未来的疾病诊断和治疗提供了新的思路和工具。

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