点击蓝字 关注我们
MASS队列：多中心纵向前瞻性研究微生物组在重症肺炎及宿主易感性中的作用
方法论文
● 期刊: iMeta (IF 23.7)
● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.218
●2024年6月25日，浙江大学联合多家医院在iMeta在线发表了题为“MASS cohort: Multicenter, longitudinal, and prospective study of the role of microbiome in severe pneumonia and host susceptibility”的文章。
● 本研究构建重症肺炎微生物组千人队列(MASS队列)，将深度宏基因组学和转录组学与详尽的临床数据相结合，旨在揭示肺部和肠道微生物组的动态及其与重症肺炎和宿主易感性的关联。
● 第一作者：魏昕、郭丽、蔡洪流、顾思岚、汤灵玲、冷玉鑫
● 通讯作者：任丽丽(renliliipb@163.com)、王健伟(wangjw28@163.com)、蒋超(jiang_chao@zju.edu.cn)、黄灵童(lingtonghuang@zju.edu.cn)
● 合作作者：程明会、何国军、韩一骄、任欣蝶、林宝月、吕龙贤、邵换璋、王明强、王红宇、党丹、王生锋、王楠、沈鹏、王倩倩、徐颖鹤、蒋永泼、张宁、何许伟、邓勋涛、代沐华、钟林、熊永辉、潘宇杰、唐坎凯、刘凤琪、杨斌
● 主要单位：浙江大学医学院附属第一医院、浙江大学生命科学研究院、中国医学科学院病原生物学研究所、传染病重症诊治全国重点实验室、树兰（杭州）医院、北京大学第三医院、河南省人民医院、郑州市人民医院、西安市人民医院、郑州大学第二附属医院、嘉兴市第一医院、浙江省台州恩泽医疗集团、丽水市人民医院、浙江省立同德医院、平湖市第一人民医院、兰溪市中医院、温州市中心医院、湖州市第一人民医院、广州微远基因科技有限公司
亮 点
● MASS队列计划招募来自国内3个省、10个城市、19家医院的2000名ICU重症肺炎患者，涵盖社区获得性肺炎（CAP）、医院获得性肺炎(HAP)和呼吸机相关肺炎（VAP）。在患者ICU住院期间，纵向收集支气管肺泡灌洗液（BALF）、痰液、粪便和血液等多种样本。该队列将深度宏基因组学和转录组学与详尽的临床数据相结合，旨在揭示肺部和肠道微生物组的动态及其与重症肺炎和宿主易感性的关联。
摘 要
重症肺炎，包括社区获得性肺炎（CAP）、医院获得性肺炎（HAP）和呼吸机相关肺炎（VAP），具有高发病率和死亡率，始终是重症监护领域的一大难题。肺部微生物组的失调可触发严重的炎症反应，影响宿主的免疫功能和疾病进展。例如，巨细胞病毒（CMV）可以削弱肺泡巨噬细胞的病原体清除能力。肺部和肠道微生物组促成了肺-肠轴，对宿主的免疫反应和整体健康具有至关重要的作用，特别是重症监护（ICU）患者。
肺部微生物组的失调可能导致肺炎、急性呼吸窘迫综合征（ARDS）等严重疾病，影响患者的预后和生存。人们尚未了解重症肺炎患者的肺部和肠道微生物组与宿主易感性之间关系，且现有研究的队列规模有限，鲜有多中心参与。
在此之前，危重症医学领域有众多著名的研究队列，如脓毒症分子诊断和风险分层队列（MARS队列），已发表数十篇高质量研究。但是，值得注意的是，这些关于脓毒症的研究队列的异质性仍然显著。不同病原体介导的脓毒症发生并不相同，其次，不同部位感染导致的宿主反应也很难被归为一类。为了填补这一空白，我们构建了MASS队列——一项聚焦于肺部感染的多中心的纵向前瞻性研究，旨在探讨微生物组在重症肺炎和宿主易感性中的作用。从2023年开始，我们计划招募2000例ICU重症肺炎患者，收集他们的支气管肺泡灌洗液（BALF）、痰液、粪便和全血样本，并详细地记录患者的临床信息。我们的目标是揭示肺部和肠道微生物组的动态及其与宿主易感性的关系（参见补充信息中的“宿主易感性评估”部分）。此外，这项前瞻性、多中心、观察性研究可用于追踪新突发呼吸道传染病的发生发展，也可为后续的验证性研究和重症肺炎的临床干预奠定坚实的基础。
视频解读
Bilibili：https://www.bilibili.com/video/BV1PS411w7EU/
Youtube：https://youtu.be/pqRYSPaPIII
中文翻译、PPT、中/英文视频解读等扩展资料下载
请访问期刊官网：http://www.imeta.science/
全文解读
引 言
MASS 是一项前瞻性、多中心的队列研究，包括来自3个省份、10个城市、19家医疗中心的26个ICU，总计超过800张ICU床位（图1A；表S1）。这些ICU在重症肺炎的诊断和治疗方面拥有丰富的经验，并配备了技术熟练的医务人员。在19家医疗中心中，14家位于浙江省的7个城市，4家位于河南省的2个城市，1家位于陕西省。我们计划将浙江省招募的患者作为发现队列（ZJ队列），其他省份招募的患者则作为外部验证队列（非ZJ队列）。或者，考虑到微生物组的地理变异性，我们可以选择将每个省份20%的患者归为各省的验证集。MASS队列已获得浙江大学医学院附属第一医院伦理委员会的批准（伦理ID：IIT20230371B、IIT20230183B-R1），并在ClinicalTrials.gov进行了注册（NCT06114784）。我们计划招募2000名ICU重症肺炎患者，进行纵向的样本采集和随访（图1B；表S2）。入组时，将收集患者的基本信息、病史和影像学检查结果（详见补充信息中的“临床数据收集”部分）。同时，收集BALF（如果可被获取）、支气管抽吸物、痰液、粪便、血清、和全血样本，进行实验室培养和二代测序（NGS）等分析（详见补充信息中的“生物样本处理方法”和“生物信息学分析方法”部分）。如果条件允许，我们将在患者入住ICU的第4、7、14和21天纵向采集上述样本，并同步记录当天的呼吸机参数。此外，我们将在第14和第28天记录药物使用情况，第28天记录并发症，以及后续在第90和第365天对患者进行随访（表S2）。
MASS队列的主要目标包括：（1）研究重症肺炎患者肺部和肠道微生物组的动态特征；（2）探索微生物组与重症肺炎宿主易感性之间的潜在关联。
MASS队列的次要目标包括：（1）探究肺部微生物组与治疗手段、药物使用和暴露之间的关系；（2）调查重症肺炎患者肺部和肠道微生物组中耐药基因和水平基因转移（HGT）的变化情况；（3）分析CAP、HAP和VAP患者在宿主特征和微生物组上的差异；（4）描绘肺部病毒组；（5）基于肺部微生物组预测ICU患者的28天死亡率；（6）动态监测肺部微生物组以预测继发性细菌感染。
基于目前的进展（详见“队列进展”部分），我们对MASS队列研究进行了时间规划（图1C）。
图1. MASS队列研究设计
（A）参与MASS队列的19家医疗中心坐落于中国三个省份的10个城市（红色板块）。其中，14家位于浙江省的7个城市（右侧放大图），4家位于河南省，1家位于陕西省。（B）临床数据及生物样本收集概览。（C）MASS队列研究的时间轴。
患者招募
MASS队列已于2023年9月启动患者招募（图1C）。截至本文撰写时（2024年2月），我们已经从15家医院招募了286名患者（详见“队列进展”部分）。我们计划招募2000名ICU重症肺炎患者，以覆盖由各类病原体引起的肺部感染。由于在入组时可能无法明确诊断患者是否为重症肺炎，疑似肺部感染的患者也会被纳入（详见补充信息中的“定义”部分）。入组后，由项目负责人黄灵童医生和各医疗中心的主要研究者独立对所有患者进行二次诊断。当诊断意见不一致时，浙江大学医学院附属第一医院的蔡洪流医生将进行最终评估。所有入组患者均已充分知情并签署了知情同意书，且未获得额外的经济补偿。对于无意识的患者，知情同意书将由其近亲属签署。患者纳入和排除标准如下：
纳入新近获得肺部感染且符合以下标准之一的患者：（1）因急性呼吸衰竭接受有创或无创机械通气，且呼气末正压（PEEP）≥ 5 cm；（2）接受高流量氧疗，吸入氧浓度（FiO2）≥ 50%，动脉血氧分压（PaO2）与FiO2比值< 300。疑似肺部感染的患者（详见补充信息中的“定义”部分）。
排除标准：（1）ICU住院时间预计少于1天；（2）转入前在其他ICU住院超过7天；（3）孕妇；（4）未满18岁。
生物样本采集
我们将在患者入院后的第1、4、7、14和第21天收集BALF、痰液或气管插管抽吸物（ETA）、粪便或直肠拭子、全血和血清（图1B；表S2）。样本采集可以在预设时间点的前后24小时内进行。例如，如果无法在第4天采样，医生可以在第3或第5天完成采样（第4天±24小时）。为了尽量减少试剂耗材的批次效应，所有医疗中心将使用由浙江大学医学院附属第一医院每季度统一提供的核酸保存液、采样管和生理盐水。鉴于BALF中的微生物含量相对较低，每家医院将同步采集环境和仪器的阴性对照。如果患者出院或转出ICU，样本采集就会终止。各类生物样本、阴性对照的详细采集方案请见补充信息。
队列进展
截至2024年2月，MASS队列已根据纳入和排除标准招募了286名患者。其中，174名（60.84%）来自ZJ队列，112名（39.16%）属于非ZJ队列（图2A）。194名（67.83%）患者为CAP，69名（24.13%）为HAP，15名（5.24%）为VAP（图2B）。此外，有4名（1.4%）患者为创伤相关性肺损伤，4名（1.4%）患者在事后被判定为不是肺部感染。入组患者的中位年龄为69岁，中位BMI为22.86。患者中209名（73.08%）为男性，32名（11.2%）有饮酒史，76名（26.57%）有吸烟史（图2C,D）。在体外器官支持方面，251名（87.76%）患者接受有创机械通气（IMV），55名（19.23%）接受连续性肾脏替代治疗（CRRT），17名（5.94%）接受ECMO治疗（图2D）。
截至2024年2月底，MASS队列共收集了包括502份BALF在内的多种纵向生物学样本（图2F）。同时，针对每批耗材和生理盐水采集了30份阴性对照样本。生物学样本被送往中国医学科学院病原生物学研究所进行分装，分装过程中使用磷酸盐缓冲盐水（PBS）作为阴性对照。
图2. MASS队列患者招募及生物样本采集的进展
(A) 286名患者的居住地及医疗中心的地理分布。ZJ代表到浙江省医疗中心就医的患者，non-ZJ代表到陕西省或河南省医疗中心就医的患者。‘+’表示医疗中心的位置。医疗中心所在的城市用橙色填充。(B) 各医疗中心CAP、HAP和VAP的病例数（柱状图）及三种肺炎的总体比例（饼图）。‘Undefined’组包括4名创伤相关性肺损伤患者和4名极不可能患有肺部感染的患者。(C) 患者年龄和BMI的密度图。虚线表示中位数。(D) 患者的性别分布、是否有饮酒和吸烟史以及接受体外器官支持的比例。(E) ICU住院时间、患者来源及治疗结局的分布。浅蓝色点标记入ICU的时间，蓝色圆圈标记出ICU的时间。‘Ongoing ICU treatment’组包括截至2024年4月1日仍在ICU接受的患者。(F) 在5个时间点收集的生物样本数。CAP，社区获得性肺炎；HAP，医院获得性肺炎；VAP，呼吸机相关性肺炎；BMI，身体质量指数；ICU，重症监护室。
讨 论
该研究旨在利用多中心大规模队列及纵向研究方法，表征中国ICU重症肺炎患者的微生物组，结合深度测序和先进的分析方法，探索肺微生物组的多样性及其在呼吸系统疾病中的作用。
该研究的局限性在于，缺乏对中国ICU患者以外人群的普遍适用性，缺乏用于比较分析的非重症肺炎对照组。目前有一项正在进行的健康呼吸道病毒组项目可以为本研究提供健康对照。该项目由蒋超研究员领导，受国家自然科学基金呼吸道病毒组专项资助（项目编号82341109）。MASS队列属于观察性研究，这一性质使我们无法直接建立微生物组与重症肺炎之间的因果关系。未来的研究应囊括更多样的人群，并设置对照组和实验验证。尽管详细的临床数据记录和倾向评分匹配或许能减轻混杂因素的影响，但抗生素使用、合并症和治疗方案为本研究引入了额外的混杂因素。此外，鉴于人们对环境因素如何影响重症肺炎的认知有限，我们计划将环境暴露监测纳入MASS队列研究，以加深我们的理解。
结 论
总之，MASS队列通过收集包括全呼吸道在内的纵向生物学样本和全面的临床数据，整合宏基因组、转录组、代谢组、蛋白质组学和表型分析，为探索微生物组对重症肺炎和宿主易感性的影响提供了丰富的资源。MASS队列研究将增进人们对新发病原体、不良预后危险因素以及ICU患者生存决定因素的理解。
引文格式：
Wei, Xin, Li Guo, Hongliu Cai, Silan Gu, Lingling Tang, Yuxin Leng, Minghui Cheng, et al. 2024. “MASS cohort: multicenter, longitudinal, and prospective study of the role of microbiome in severe pneumonia and host susceptibility.” iMeta https://doi.org/https://doi.org/10.1002/imt2.218
作者简介
魏昕（第一作者）
● 浙江大学生命科学研究院博士生。
● 研究方向为基于宏基因组学的微生物进化及精准医学。以第一/共一作者在Cell Reports、Journal of Infection、iMeta等杂志发表多篇论文。
郭丽（第一作者）
● 中国医学科学院病原生物学研究所研究员。
● 主持、参与多项国家重点研发、重大专项子课题、子任务。以第一/通讯作者在The Lancet Microbe等杂志发表研究论文数十篇。研究方向为病原体感染后的宿主免疫。
蔡洪流（第一作者）
● 浙江大学医学院附属第一医院重症医学科主任，浙江省医学会重症医学分会候任主任委员。
● 曾主持省重点研发、省部共建重大项目、国家重点研发子任务等，以最后通讯作者在American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine、Critical Care等杂志发表论文数十篇。研究方向为重症肺炎和脏器功能保护。
顾思岚（第一作者）
● 浙江大学医学院附属第一医院传染病重症诊治全国重点实验室助理研究员。
● 主持多项国家重点研发子课题、国自然青年基金等，以第一作者在Clinical Infectious Diseases等杂志发表论文数十篇。研究方向为肠道微生物组在呼吸道传染病中的作用。
汤灵玲（第一作者）
● 树兰（杭州）医院副院长。
● 曾作为项目负责人主持国家重大专项，并主持多项国家重点研发子任务。以最后通讯作者在The Lancet Rheumatology等杂志发表论文数十篇。研究方向为新突发重症呼吸道传染病以及宿主的遗传特征。
冷玉鑫（第一作者）
● 北京大学第三医院ICU，副研究员，研究生导师。
● 曾先后于日本富山大学消化道生理教研室、斯坦福大学遗传系进行合作研究。在重症精准医学、重症微生物组及器官功能智能监测等方面开展工作。
黄灵童（通讯作者）
● 浙江大学附属第一医院医师。
● 主持多项多中心临床研究、国自然青年基金、省自然基金，参与多项国家重大专项、重点研发。以第一/通讯作者在Intensive Care Medicine、American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine、The Lancet Rheumatology、Journal of Infection、Critical Care等杂志发表论文数十篇。研究方向为重症肺炎的病因、高危因素、发生发展及预后。
蒋超（通讯作者）
● 浙江大学生命科学研究院研究员，博导，兼聘浙江大学附属第一医院，中国生物物理学会肠道菌群分会委员。
● 主持国自然专项及面上项目。主要研究方向为环境暴露组和微生物组与人类疾病健康以及环境的相互作用。以第一/通讯作者在Cell、Nature、Nature Protocols、Cell Reports、ES&T、Briefings in Bioinformatics、Cell Discovery等杂志发表多篇研究论文。
王健伟（通讯作者）
● 中国医学科学院学部委员，中国医学科学院北京协和医学院党委常委、副院校长。
● 在The Lancet、Cell等杂志发表论文数百篇，入选Elsevier“中国高被引学者”。研究方向为新突发传染病。
任丽丽（通讯作者）
● 中国医学科学院病原生物学研究所副所长。
● 曾作为项目负责人主持多项国家重大专项、重点研发，以第一/通讯作者（含共同）在The Lancet、Cell Host & Microbe、American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine等杂志发表论文数十篇。研究方向为呼吸道传染病的宿主反应以及宿主的微生物组特征。
更多推荐
（▼ 点击跳转）
iMeta | 引用7000+，海普洛斯陈实富发布新版fastp，更快更好地处理FASTQ数据
iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法
1卷1期
1卷2期
1卷3期
1卷4期
2卷1期
2卷2期
2卷3期
2卷4期
3卷1期
2卷2期封底
2卷4期封底
3卷2期
3卷3期
3卷3期封底
期刊简介
“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。目标是发表前10%(IF 23.7)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行！目前期刊已经被ESCI、PubMed、Scopus等数据库收录。
联系我们
iMeta主页：
http://www.imeta.science
姊妹刊iMetaOmics主页：
http://www.imeta.science/imetaomics/
出版社iMeta主页：
https://onlinelibrary.wiley.com/journal/2770596x
出版社iMetaOmics主页：
https://onlinelibrary.wiley.com/journal/29969514
iMeta投稿：
https://wiley.atyponrex.com/journal/IMT2
iMetaOmics投稿：
https://wiley.atyponrex.com/journal/IMO2
邮箱：
office@imeta.science
扫一扫
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
