PNAS | 温和噬菌体在生物膜内和生物膜之间的空间传播

原文献信息：Winans, J. B.; Zeng, L.; Nadell, C. D. Spatial propagation of temperate phages within and among biofilms. Proc Natl Acad Sci 2025, 122(6), e2417058122.

摘要：

细菌会形成由细胞和分泌的聚合物基质组成的群体，该基质可控制其空间组织。这些群体被称为生物膜，可作为抵御环境干扰和生物威胁（包括噬菌体）的庇护所。尽管温和噬菌体和细菌生物膜无处不在，但温和噬菌体在生物膜内的活体繁殖情况在细胞空间尺度上尚未得到表征。在本研究中，我们采用多种方法来追踪温和噬菌体，并区分裂解性感染和溶原性感染宿主。我们发现，在大肠杆菌生物膜中，溶原作用最初发生在生物膜外周细胞群聚集结构的可预测区域内。由于溶原菌通常位于大细胞群的边缘，而裂解性病毒感染也会降低局部生物膜的结构完整性，因此溶原菌易于分散到流经的液体中，并且在由原始生物膜-噬菌体系统的分散池形成的下游生物膜中占比过高。将我们的研究结果与毒性噬菌体的研究结果进行比较后发现，温和噬菌体在细菌生物膜内和细菌生物膜之间具有在空间和时间尺度上传播的独特优势。

主要内容：

本文为探究温和噬菌体在生物膜内和生物膜间的传播机制，构建了多荧光标记的实验体系，在微流控装置中培养生物膜，综合运用多种观测和分析手段，从多方面进行研究。实验物种的基因构建如下：将大肠杆菌 AR3110 进行改造，使其组成型表达远红荧光蛋白 mKate2。选用能产生特定荧光标记的温和噬菌体 λ（λLZ1367） ，其带有与衣壳蛋白 gpD 翻译融合的青色荧光蛋白 mTurquoise2，以及与 cI 基因座转录融合的橙色荧光蛋白 mKO2，用于标记噬菌体和区分不同感染状态的宿主细胞。通过不同荧光通道区分非溶原化宿主（mKate2 标记）、溶原化宿主（mKO2 标记）、裂解宿主和噬菌体 λ（mTurquoise2 标记）。

实验结果：

裂解感染和宿主溶原化的位置：在成熟大肠杆菌生物膜中，噬菌体 λ 的裂解感染和宿主溶原化主要发生在细胞簇外围，该区域细胞堆积密度低。生物膜基质蛋白 curli 形成的结构限制噬菌体扩散，缺失 curli 的 ΔcsgBA 突变株生物膜中，噬菌体和溶原菌分布均匀。

溶原菌的丰度和定位平衡：随着时间推移，野生型生物膜中溶原菌比例逐渐增加，96 小时后达到约 10% 并趋于稳定。ΔcsgBA 生物膜中溶原菌比例持续上升，96 小时后占总群体的 80 - 100%。实验表明，生物膜结构和溶原菌对噬菌体的吸附均影响溶原菌的平衡频率，且生物膜结构是主要影响因素。

溶原菌的分散倾向：溶原菌在生物膜外围产生，由于所处位置细胞堆积密度低且受裂解循环影响，更易分散。实验显示，溶原菌在流出液中的频率比生物膜中高 10 倍，且在下游新生物膜中溶原菌比例也更高，而 ΔcsgBA突变株生物膜无此现象。

裂解诱导后的噬菌体传播：在野生型大肠杆菌生物膜中，诱导溶原菌进入裂解循环后，新溶原菌产生量少，噬菌体扩散受限；而在 ΔcsgBA 生物膜中，噬菌体可自由扩散，新溶原菌大量产生，且释放到周围液体中的噬菌体滴度更高。

温和噬菌体与烈性噬菌体传播的比较：实验对比了温和噬菌体 λ、烈性噬菌体 T7 和不能溶原化的 λΔcI 噬菌体在生物膜中的传播。结果表明，T7 在感染初期能快速利用宿主细胞，使感染细胞生物量迅速增加，但随后因宿主细胞死亡而减少；λ 和 λΔcI 感染细胞数量增长缓慢，但在下游生物膜中，λ 感染细胞生物量更高，说明温和噬菌体在长时空尺度上传播更具优势。

生物膜细胞堆积结构限制了噬菌体 λ 在成熟生物膜中的扩散，溶原菌倾向于在生物膜外围产生并分散，这使得温和噬菌体在长时空尺度上的传播效率高于烈性噬菌体。未来研究可增加细菌和噬菌体的物种多样性，构建生物物理模型，以及在更大群落尺度评估研究结果的普遍性，探究温和噬菌体和烈性噬菌体在同一生物膜环境中的竞争关系。

文中图表：