iMeta | 上海交大贾伟/赵爱华组-新型微生物修饰的胆汁酸和它们的功能意义

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新型微生物修饰的胆汁酸和它们的功能意义

iMeta主页：http://www.imeta.science

研究论文

● 期刊：iMeta（IF 23.8）

● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.243

● 2024年10月13日，上海交通大学贾伟、赵爱华课题组在iMeta在线发表了题为“Novel microbial modifications of bile acids and their functional implications”的文章。

● 本文重点概述新的胆汁酸微生物修饰，强调这些胆汁酸在生物学上的作用以及它们对胆汁酸治疗领域未来候选药物的深远意义。

● 第一作者：郑丹

● 通讯作者：贾伟（weijia2@hku.hk）、赵爱华（zhah@sjtu.edu.cn）

● 合作作者：张慧恒、郑晓姣

● 主要单位：上海交通大学、香港大学

 亮 点

●  强调了由肠道微生物驱动的新型胆汁酸修饰——C24-酰胺化和C3-O-酰基酯化；

●  涵盖了负责7α-脱羟基和异构化反应的代谢酶，探讨了它们的产物潜在的免疫学作用；

● 讨论了一类6α-羟基化的胆汁酸——猪胆酸类胆汁酸的作用；

●  探索了人工智能在发现和应用新型胆汁酸衍生物方面的潜力；

●  讨论了对宿主-微生物组相互作用以及胆汁酸代谢中先导化合物在药物发现中的作用。

摘  要

这篇综述概述了最近所发现的新的胆汁酸微生物修饰，强调了它们的生物学作用和对发展创新治疗策略的深远意义，旨在为胆汁酸治疗领域的未来候选药物提供有价值的见解和突破。

视频解读

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全文解读

引  言

胆汁酸（BA）在促进小肠脂肪的消化和吸收，以及通过信号通路调节脂质和糖代谢、炎性、能量代谢方面发挥着至关重要的作用。这些由胆固醇衍生的生物分子在肝脏中合成，并在肠道微生物的作用下经历四种主要的修饰：去结合、7α-脱羟基、氧化和差向异构化（图1）。最近的研究把BA的重新结合作为第五种微生物的修饰，这为BA的微生物修饰过程及对宿主生理的影响提供了新的洞见。近年来，人们对微生物的7α-脱羟基修饰和胆汁酸差向异构体的产生及生物作用的理解也显著加深。另外，猪胆酸（HCA）和猪去氧胆酸（HDCA）在代谢性疾病中的作用已经引起了研究者的巨大兴趣。本综述旨在巩固关于新型BA的最新研究成果，评估其对新的治疗干预措施进展的潜在影响，为指导未来的药物创新工作提供有价值的见解。

肠道微生物驱动的BA-24-酰胺及它们的生物作用

自从2020年Pieter C. Dorrestein研究团队鉴定了被肠道微生物修饰的3个新的胆酸（CA）24位与氨基酸的结合物（图1），到现在已发现了超过200种的氨基酸与BA的结合物（表S1）。

研究显示，肠内的各种微生物，包括来自拟杆菌属、乳酸菌属、双歧杆菌属、产气肠杆菌属、瘤胃球属和梭菌属的微生物参与了催化初级和次级BA与氨基酸的结合。胆盐水解酶（BSH）被认为是催化与甘氨酸、牛磺酸结合的BA的水解酶，它在BA的重新酰化中也发挥重要的作用。另外，即使其中不含bsh基因的微生物，如Clostridium scindens ATCC 35704也可以催化氨基酸与BA 的结合。

图1. 人肠道中肠道微生物驱动的胆汁酸修饰

肠道微生物通过4种主要途径转化胆汁酸（BA）：去结合（去除甘氨酸或牛璜酸）、7α-脱羟基、氧化和异构化。第五种微生物修饰——重新结合，包括在C-24位上与氨基酸或多胺形成BA-24-酰胺，在C-3位与脂肪酸或有机酸形成BA-3-O-酰基酯。黑色箭头表示BA的转化过程。特别地，结合型胆酸（CA）/鹅去氧胆酸（CDCA）经过去结合形成非结合的CA/CDCA。CA/CDCA经7α-脱羟基主要产生去氧胆酸（DCA）和石胆酸（LCA）及副产物alloDCA/alloLCA，这个过程也包含了3-ketoDCA/3-ketoLCA和isoDCA/isoLCA的形成。DCA/LCA进一步被微生物酶催化产生3-ketoDCA/3-ketoLCA，并异构化形成isoDCA/isoLCA，epiDCA，以及alloDCA/alloLCA。异构化过程是双向的。另外，CA/DCA也可以经肠道微生物修饰发生氧化和异构化。绿色、紫色、粉红色和红色圆圈表示在前面所提到的迄今为止所发现的五种BA微生物修饰的酶。BSH，胆盐水解酶；BaiB，BA辅酶A连接酶；BaiA，3α-羟基类固醇脱氢酶；BaiCD，3-脱氢-_Δ4-7α-氧化还原酶；BaiE，7α-脱氢酶；BaiF，胆汁酸CoA转移酶；BaiH，3-脱氢-_Δ4-7β-氧化还原酶；BaiP/J，5α-还原酶。

与氨基酸结合的BA在有大量微生物存在的小鼠盲肠、盲肠内容物、结肠内容物和粪便中含量丰富，但由于体内产的这类氨基酸-BA结合物的水平很低，在肝脏、小肠和血清中很少能被检出。虽然如此，与氨基酸结合的BA也可以进入肠肝循环，丙氨酸、精氨酸、谷氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸、5-羟色氨酸、苏氨酸和酪氨酸与CA的结合物在整个肠道以及肝脏、肾脏、血清和胆囊中均能被观察到，其中苯丙氨酸、5-羟色氨酸与CA的结合物在所有组织、器官中均被发现有存在。

在克罗恩患者的粪便中发现，丙氨酸、酪氨酸和亮/异亮氨酸与CA结合物的含量增高，但在溃疡性结肠炎中并不增高，这提供了一种潜在的区分炎性肠炎类型的方法。氨基酸结合BA可能通过调节T细胞产生IFNg以及激活孕甾烷X受体（PXR）促进肠炎。苯丙氨酸CA和酪氨酸CA可以激活人法尼醇X受体（FXR），提高在肝脏中BA合成的基因的表达。鹅脱氧胆酸（CDCA）的结合物是人FXR的主要激动剂，还可以激活PXR和芳基炔受体（AHR）的转录表达（图2）。

多胺BA酰胺是另一类型的BA-24-酰化物。最近Pieter C. Dorrestein研究团队发现胍丁胺、腐胺、N-乙酰精胺、尸胺、N-乙酰尸胺、N-氨基甲酰-尸胺、亚精胺、N-乙酰亚精胺、N-乙酰精胺、N-乙酰尸胺和1,3-丙二胺均可以与BA形成多胺-BA结合物。该类BA的含量可随地中海或者典型美国饮食出现不同。

肠道微生物驱动的BA-3-O-酰基酯和它们的生物作用

最近从人和鼠的粪便中鉴定出CA、CDCA，以及它们主要的次级BA——脱氧胆酸（DCA）、石胆酸（LCA）、isoDCA、isoLCA，与短链脂肪酸（C1:0~C5:0）以及长链脂肪酸（主要是C16:0和C18:0）结合形成BA-3-O-酰基酯（Table S2)。另外，BA也可以与二元酸形成酯。当CDCA和3-ketoCDCA与肠道微生物共培养后，其产物中有两个缬氨酸-BA的结合物被鉴定为酰基酯类，而不是酰胺类结合物。拟杆菌属菌被鉴定为在肠道细菌产生中BA酯化的主要细菌。体外研究显示，11种细菌具有催化短链脂肪酸与CA的结合的功能，其中Christensenella属具有转化所有短链脂肪与CA的结合的功能。姜长涛研究团队发现BAS-suc，一种由单形拟杆菌产生的负责催化琥珀酸与CA酯化的β-内酯酶。

BA-3-O-酰基酯的分布表现出肠道特异性，这可能是由于该类成分在十二指肠内容物中有一定程度的降解，因而阻止了它们被吸收入血。它们生物分布的详细机制有待于进一步的研究。

研究显示，3-O-酰-CA类物质，包括3-乙酰-、3-丙酰-、3-丁酰-、3-戊酰CA结合物在二型糖尿病（T2D）人中被耗竭，提示它们在改善T2D中的治疗潜力。3-succinylCA在治疗代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的小鼠模型中表现出良好的疗效，这一效果通过促进阿克曼氏菌的生长来实现症状的缓解，提示了其作为小分子治疗药物的潜力。尽管3-O-酰基化BA是一种在治疗代谢性疾病方面有前景的物质，但为了充分理解它们的作用机制和潜在的治疗应用，还需要进行更多的研究。

图2. 肠道微生物驱动的胆汁酸在受体中的调节作用

3-AcetylCA（acCA）、3-propionylCA（proCA）、3-butyrylcholic acid（butyCA）和3-valerylCA（valCA）是法尼醇X受体（FXR）的拮抗剂。Phenylalano-CA（pheCA）和tyrosoCA（tyrCA）激活FXR调节胆汁酸（BA）的生物合成基因。GlutamatoCA（GluCA）和glutamatoCDCA（gluCDCA）激活孕甾烷X受体(PXR)和芳基炔受体（AHR）上调胆固醇-3α-羟基酶1a（Cyp3a1）、胆固醇-1α-羟基酶（Cyp1a1）和胆盐输出泵（Bsep）的表达。3-酮-石胆酸（3-ketoLCA）和isoLCA抑制类视黄醇相关孤儿受体-γt（RORγt），抑制T helper 17（T_H17）细胞的分化。IsoalloLCA连接核受体4A1（NR4A1），上调叉头盒蛋白3（Foxp3）的表达，进一步促进T调节（T_reg）细胞的分化。3-ketoLCA激活维生素D受体，调节RORγt+ Treg的功能。猪胆酸（HCA）和猪去氧胆酸（HDCA）抑制FXR信号，促进胰高血糖素样肽-1（GLP-1）的产生和分泌。HDCA抑制FXR，下调Fgf15表达，增加CYP7B1的表达，同时下调肝脏胆固醇转运体Abcg5/g8基因的表达。HDCA扰乱ras-相关核蛋白/m染色体区域维持过氧化物酶体增殖物激活受体α（RAN/CRM1/PPARα），加强PPARα的核分布，从而推动脂肪酸氧化和抑制炎性。HCA激活肾肝受体（LXR），下调甾醇调节元件结合蛋白2（SREBP2）、转化生长因子β（TGF-β）和核因子κB（NF-κB）。HCA和HDCA在肠道激活G偶联蛋白BA受体（TGR5），推动GLP-1的产生和分泌。并且HDCA在脑中激活TGR5，下调蛋白激酶B（AKT）和NF-κB信号通路。HDCA直接与toll受体4/髓系分化因子2（TLR4/MD2）复合体相互作用，竞争性抑制脂多糖（LPS）连接到TLR4/MD2。浅红色边表示受体被激活，深绿色则表示受体被抑制。

肠道微生物驱动的7α-脱羟基和异构化作用的酶及其在免疫生物学中的角色

7α-脱羟基过程被认为是微生物转化胆汁酸的基本途径之一。然而，直到2020年才阐明了BA的7α-脱羟基，即Hylemon-Björkhem途径。该途径涉及到A/B环的立体异构化，以及C3-氧化和C3-差向异构化，从而导致alloBAs、isoalloBAs、3-ketoBAs和isoBAs异构体的产生。这种BA结构多样化是由一系列酶反应所驱动的（见图1，表S3）。

DCA和LCA的异构体isoDCA和isoLCA也可以由两步过程产生，涉及到DCA和LCA的C3位羟基异构化。首先由3α-羟固醇脱氢酶（3α-HSDH）氧化C-3羟基，接着被3β-HSDH酶还原产生isoDCA和isoLCA。放线菌门和厚壁门的各种肠道微生物具有3α-HSDH酶，Gordonibacter pamelaeae、Eggerthella lenta, Clostridium citroniae和Ruminococcuse gnavus中均有3β-HSDH酶。同样，DCA被12α-HSDH转化为12-ketoLCA，紧接着12β-HSDH酶催化12-ketoLCA转化为epiDCA。

最近的研究指出，isoalloLCA和3-ketoLCA能促进T调节细胞（T_reg）的分化，同时阻止T辅助细胞（T_H17）的分化。IBD病人的isoalloLCA、isoLCA水平，及它们生物合成基因普遍低于对照组。

另外，isoDCA可以减少树突状细胞的炎性，促进T_reg细胞的产生，以维持肠道免疫的平衡。isoDCA和isoLCA可以通过促进T_reg细胞的分化，阻止T_H17的发展，辅助IBD的治疗。Iso-、3-keto-、allo-、3-keto-allo-和isoalloLCA的水平在百岁老人的粪便中显著升高，并且isoalloLCA能对抗革兰氏阳性多药耐药病原体，这与病原体感染的风险有关。

HCA类胆汁酸在代谢性疾病中的作用

人们对猪胆酸（HCA）类BA的生物活性和作用机制越来越感兴趣（图2），这类BA包括HCA、猪去氧胆酸（HDCA）及其各自与甘氨酸和牛磺酸的结合物。这类在人体中稀有的BA的生物合成和作用机制至今还不十分清楚。

我们研究团队的前期工作揭示了HCA类BA不仅是糖尿病预测的生物标志物，还具有作为多靶点治疗药物的开发前景。HCA类BA通过激活G偶联蛋白BA的受体（TGR5），并抑制FXR信号通路，促进胰高血糖素样肽-1（GLP-1）的生成和分泌，有效调节血糖平衡。此外，我们的研究还发现在代谢异常相关的肝病（MAFLD）患者血清中HCA类BA水平降低，特别是HDCA及其甘氨酸结合型的降低。并且，HCA能通过抑制肠道FXR促进肝脏替代途径BA的合成，同时通过调节肠道细菌激活过氧化物酶体增殖物激活受体α（PPARα）的信号通路抑制经典途径的BA合成。另外，HDCA在肝细胞内与ras相关的核蛋白结合，升高PPARα水平，增加脂肪酸的氧化，从而减少炎性，改善MAFLD。

除此而外，HDCA还具有其它一些有益的作用，包括抑制胆固醇结石、减缓炎症防止脓毒症、预防中枢神经炎症。HCA能降低肾结石的生成和积累、减轻高能量饮食导致的神纤维化、改善脂质代谢紊乱和免疫反应。

发现新型胆汁酸的代谢组学技术

新型BA的发现依赖于先进的代谢组学技术（Table S4）。非靶向代谢组与公共数据库（比如GNPS和BAFinder）搜索相结合，研究者们能识别出具有独特母核环的BA衍生物。靶向代谢组学通常用于定量已知的BAs，它也可以用于鉴别新的BA成分但可能会受到现有知识和可用的对照品的限制。

反向代谢组学是一种发现新型代谢物的新策略。该方法首先涉及合成潜在的代谢物，并获取它们的二级图谱。然后通过利用生物信息学工具，将这些小分子物质的图谱与生物样本的非靶向代谢组数据进行比对。这一过程有助于识别与特定表型、物种或样本类型相关的代谢物变化。通过分析这些变化模式，我们可以推断出影响这些代谢物的潜在生物过程或疾病状态，从而为疾病诊断和治疗提供新的见解。基于保留时间的注释策略和离子淌度策略可以用于区分BA酰化物中的异构体。此外，培养组学与代谢组学相结合的方法也被证实是发掘生物样本中新型BA的有效策略。MassQL、COSMIC以及其它质谱分析方法是发现新型BA所必需的工具。

未来胆汁酸研究和新药发现的展望

过去五年里，通过质谱技术、公共数据库搜索和生物信息计算工具的结合，已发现超过250个新的肠道微生物修饰的BA。随着人工智能技术（AI）在生物医学领域中的推广运用，预计AI将有助于筛选大量未知类型的BA，并探索修饰BA的特定微生物群。AI还可以预测参与BA代谢酶的功能，揭示新的BA修饰途径，甚至重塑已知的微生物代谢BA的途径。另外，因为细菌和真菌均可以修饰BA，探索真菌对BA的修饰很可能是未来研究的一个有前景的新领域，这将有助于我们更全面地理解肠道微生物群和宿主健康之间复杂的相互作用。

BA作为天然的内源性配体，为开发具有增强生物活性的半合成衍生物奠定了坚实的基础，使其成为候选药物筛选的先导化合物。例如，INT-787目前正在进行治疗严重性酒精性肝炎的II期临床试验；EDP-305是奥贝胆酸的侧链衍生物，是一种很有希望的FXR激动剂，目前正在评估其治疗MASH的潜力；Aramchol是一种由Galmed制药公司开发的硬脂酰辅酶A去饱和酶1抑制剂，正在用于MASH和肝纤维化的III期临床试验阶段；HTD1801（即小檗碱熊去氧胆酸盐）正在进行包括MASH、T2D、严重高甘油三酯血症、原发性硬化性胆管炎和原发性胆道胆管炎在内的多种适应症的临床试验。

从这些临床试验中，我们可以推断微生物对BA母核的修饰可以增强或改变BA衍生物与宿主体内受体的亲和力，从而产生新的生物活性。重要的是这为未来发现新的候选药物提供了先导化合物。后续研究有望揭示在不同健康状态下，这些修饰的更多变化，进而加深我们对其在人体功能中复杂角色的理解。

结  论

BA的研究揭示了宿主和微生物群之间复杂的相互作用，同时也揭示了这种相互作用如何深远地影响宿主代谢。利用先进的分析技术和代谢组学技术，研究人员可以加速对未知的BA微生物修饰的探索，并有效筛选出潜在的新候选药物。

引文格式：

Dan Zheng, Huiheng Zhang, Xiaojiao Zheng, Aihua Zhao, Wei Jia. 2024. “Novel Microbial Modifications of Bile Acids and Their Functional Implications.” iMeta 3: e243. https://doi.org/10.1002/imt2.243.

作者简介

郑丹（第一作者）

● 上海交通大学医学院附属第六人民医院研究实习员。

● 主要从事以质谱为基础的代谢组学技术研究。以第一或共同第一作者在iMeta，Biological Communications，Bioorganic Chemistry等学术期刊上发表论文。

贾伟（通讯作者）

● 上海交通大学医学院附属第六人民医院研究员，香港大学医学院药理系终身讲席教授。欧洲科学院生理学与神经科学学部院士，中国医学代谢组学的首创者。上海市自然科学奖二等奖获得者。科技部973重大科学研究首席科学家，主持多项科技部国际合作专项、重点研发计划子课题、国家自然基金面上项目。

● 长期从事代谢组学和医学转化研究，代谢性疾病（包括肥胖、糖尿病、脂肪性肝病等）和癌症，聚焦于肠道微生物的代谢作用机制以及代谢性疾病的治疗药物的开发。在Science，Science Translational Medicine，Cancer Cell，Cell Metabolism，Nature Reviews Drug Discovery，Nature Reviews Gastroenterology &Hepatology，Nature Communications，Advanced Science等学术期刊发表400余篇论文。

赵爱华（通讯作者）

● 上海交通大学医学院附属第六人民医院研究员。

● 主要从事以质谱为基础的代谢组学技术及在生物领域中的应用。以共同第一或共同通讯在Cancer cell，Cell Metabolism，Science Translational Medicine，Nature Communications，Advanced Science学术期刊上发表论文。上海市自然科学奖二等奖获得者。主持多项国家自然基金面上和上海市自然基金项目。

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期刊简介

“iMeta” 是由威立、宏科学和本领域数千名华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表所有领域高影响力的研究、方法和综述，重点关注微生物组、生物信息、大数据和多组学等前沿交叉学科。目标是发表前10%(IF > 20)的高影响力论文。期刊特色包括中英双语图文、双语视频、可重复分析、图片打磨、60万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊！相继被Google Scholar、PubMed、SCIE、ESI、DOAJ、Scopus等数据库收录！2024年6月获得首个影响因子23.8，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！

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