纽约西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

宏基因组按：宏基因组学是近年最火的研究领域之一，表观遗传学更是十余年热度不减，而将两者很好的结合开创宏表观组的房刚老师绝对是本领域的大佬，两篇NB持续保持领先优势。作为本领域的同行，这项研究非常值得作为基础知识学习。而想在本领域做出创新的博士，一定不要错过这次千载难逢改变命运的机会，也许下一篇NB的一作会是你。话不多説，赶快看正文。

还不了解这个前沿的领域，快阅读一下房老师宏表观组最新重磅文章的导读：
- Nat Biotech: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning

纽约西奈山医学院房刚实验室招聘博士后: 宏基因组与表观基因组

实验室介绍

实验室介绍: 西奈山伊坎医学院(Icahn School of Medicine at Mount Sinai, US News Top-20) 位于纽约曼哈顿。我们实验室 (计算和实验结合) 在2012年开启了细菌表观遗传组学的研究 (Nature Biotechnology)。之后研发了基于第三代测序技术检测DNA化学修饰的方法，以及表观遗传学在细菌功能和致病性的调节。在2017年，我们第一次利用DNA甲基化信息对肠道菌群进行高清晰度更完整的分析 (Nature Biotechnology, 2017)。通过挖掘肠道细菌的表观遗传组，并把它作为一个有高度区分度的条形码（epigenetic barcode）,宏基因组的分析可以达到菌株的层面(strain level)，并且将质粒等可移动元件(mobile genetic elements)和主染色体关联在一起。我们对第三代测序技术（read length > 20kb; 检测多种DNA化学修饰）有着独特的(>8年)经验。

你会得到什么

成功的应聘者 会有以下独特的机会：

i) 学习掌握第三代测序技术，并深入学习我们的经验；

ii) 丰富的临床菌群样本和经验丰富的合作者；

iii) 在一个开放的有很多新机遇的宏表观基因组学研究中创新和发现；

iv) 研发开创性的技术并将其应用到深度发掘各种形式的微生物菌群(人类与环境样本)和它们的宏基因组, 研究菌群与宿主以及不同药物之间的相互作用；

v) 非常具有竞争力的工资待遇，以及位于曼哈顿学校所属公寓的租方待遇。

招聘者期待

招聘者期待:

1a) 计算背景的申请者有坚实的计算生物学，细菌基因组学，或宏基因组分析研究的背景；

1b) 实验背景的申请者有丰富的哺乳动物或土壤菌群分析经验, 细菌遗传学, 分子生物学背景实验背景；

1c) 计算和实验背景都具备的申请者鼓励申请，但是两者具备其一即可；

2)学习并深度掌握新知识新技术的能力；

3)独立性并适应合作环境。

如何申请

请将下面的材料发送至fanggang@gmail.com:

1) 一个简短的自我背景和兴趣介绍/申请信；

2) 一份简历；

3) 第一或共同第一作者论文的PDF文件。

课题组网站: http://research.mssm.edu/fanglab

近年发表的论文

1. Beaulaurier J, Zhu S, Deikus G, Mogno I, Zhang XS, Davis-Richardson A, Canepa R, Triplett EW, Faith JJ, Sebra R, Schadt EE & Fang G#, Metagenomic binning and association of plasmids with bacterial host genomes using DNA methylation, Nature Biotechnology, 10.1038/nbt.4037, 2017

2. Topol A*, Zhu S*, Hartley BJ, English J, …, Rapoport J, Gage FH, Dudley JT, Sklar P, Mattheisen M, Cotter D, Fang G# & Brennand K#, Dysregulation of miRNA-9 in a Subset of Schizophrenia Patient-Derived Neural Progenitor Cells, Cell Reports, doi.org/10.1016/j.celrep.2016.03.090, 2016

3. Wu TP, Wang T, Seetin MG, Lai Y, Zhu S, Lin K, Liu Y, Byrum SD, Mackintosh SG, Zhong M, Tackett A, Wang G, Hon LS, Fang G, Swenberg J & Xiao A, DNA methylation on N6-adenine in mammalian embryonic stem cells, Nature, 10.1038/nature17640, 2016

4. Beaulaurier J, Zhang XS, Zhu S, Sebra R, Rosenbluh C, Deikus G, Shen N, Munera D, Waldor MK, Blaser MJ, Chess A, Schadt EE# & Fang G#, Single molecule-level detection and long read-based phasing of epigenetic variations in bacterial methylomes, Nature Communications, 10.1038/ncomms8438, 2015.

5. Chao MC, Zhu S, Kimura S, Davis BM, Fang G,# Waldor MK, # (2015) A cytosine methyltransferase modulates the cell envelope stress response in the cholera pathogen, PLoS Genetics, doi:10.1371/journal.pgen.1005666.

6. Topol A, Zhu S, Tran N, Simone A, Fang G, Brennand KJ. (2015) Aberrant canonical WNT signaling in hiPSC NPCs derived from four schizophrenia patients. Biological Psychiatry. 10.1016/j.biopsych.2014.12.028

7. Munera D, Ritchie JM, Hatzios S, Bronson R, Fang G, Schadt EE, Davis BM, Waldor MK, (2014) Autotransporters but not pAA are critical for rabbit colonization by Shiga toxin-producing E. coli O104:H4, Nature Communications, doi: 10.1038/ncomms4080.

8. Schadt EE,* Banerjee O,* Fang G,* Feng Z, Wong WH, Clark TA, Luong K, Kumar V, Chen-Plotkin A, Sondheimer N, Korlach A, Kasarskis A, (2013) Modeling Kinetic Rate Variation in Third Generation DNA Sequencing Data to Detect Putative Modifications to DNA Bases, Genome Research, doi:10.1101/gr.136739.111

9. Feng Z, Fang G, Korlach J, Clark T, Luong K, Zhang X, Wong WH, and Schadt EE, (2012) Detecting DNA modifications from SMRT sequencing data by modeling sequence context dependence of polymerase kinetic, PLoS Computational Biology, 9(3): e1002935.

10. Fang G*, Munera D*, Friedman DI, Mandlik A, Chao MC, et al. , Genome-wide map of methylated adenine residues using single-molecule real-time sequencing in pathogenic Escherichia coli, Nature Biotechnology, 10.1038/nbt.2432, 2012.

感谢阅读。欢迎有兴趣者申请，讨论！

点击阅读原文访问课题组网站: http://research.mssm.edu/fanglab