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RSS订阅转载 iMeta 2024大湾区编委会顺利召开(24年8月3日)
2024年8月3日，iMeta期刊(青年)编委线下交流会在深圳南山区源兴科技大厦海普洛斯圆满召开。会议由iMeta期刊执行主编刘永鑫研究员和执行副主编陈实富研究员联合发起，由深圳海普洛斯集团创始人陈实富博士承办。本次活动采用线上与线下相结合的方式，吸引了六十余名(青年)编委现场参加。日程安排分5个环节：（1）14:00-14:15承办方致辞（陈实富）；（2）14:15-14:30 iMeta期刊进...
2024-08-04 07:29:29
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转载 iMeta | 医学相关文章合集(2408更新)
iMeta 医学相关文章合集iMeta医学相关文章共65篇，涉及肠道菌群、高脂饮食、铜死亡、肺部、口腔、肿瘤、脂肪肝等方向。引用前10的文章如下：01 hLchsp：毛螺菌科菌株资源库Metabolite profiling of human-originated Lachnospiraceae at the strain level本文构建了人源毛螺菌株资源库，包含148株来自33个属77个物...
2024-08-03 09:21:24
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转载 aBIOTECH | 中国农科院屠焰/马涛团队通过优化Kraken2工具提高微生物物种分类性能...
实现复杂环境中微生物物种组成的准确鉴定是一项极具挑战性的工作。Kraken2作为目前物种分类注释的首选工具之一，其参考数据库和置信度的参数选择直接影响Kraken2物种注释和丰度水平，进而影响研究结果的可靠性。评估不同参考数据库和置信度参数对Kraken2分类的准确度和召回率等方面的影响，可以对研究人员根据特定需求选择合适参数提供建议。近日，中国农业科学院饲料研究所屠焰/马涛团队在aBIOTECH...
2024-08-02 07:02:58
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转载 iMeta | 生态环境类相关文章合集(2407更新)
iMeta 生态环境类相关文章合集iMeta生态环境类相关文章共35篇，涉及干旱、高寒、草地、盐胁迫、微塑料等方向。引用前10的文章如下：01 干旱生态系统中土壤真菌与细菌群落构建的关系Linking soil fungi to bacterial community assembly in arid ecosystems本研究将跨生物群落的观测研究与微宇宙实验相结合，研究西北旱区复杂陆地生态系...
2024-08-02 07:02:58
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转载 中国烟草总公司郑州烟草研究院2024年招收博士后研究人员公告
中国烟草总公司郑州烟草研究院成立于1958年，是中国烟草总公司直属的综合性科研机构，是国际标准化组织/烟草及烟草制品技术委员会（ISO/TC126）国内技术对口单位，担任国际烟草科学研究合作中心（CORESTA）理事会成员中国代表、科学委员会委员和产品工艺学组副主席等职位。 60余年来，郑州院始终持续深入开展基础性、前瞻性、战略性科学技术研究，助力解决不同时期烟草行业发展面临的一个个重大关键技术...
2024-08-01 07:03:33
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转载 iMeta | 浙大刘建新组-破译瘤胃微生物的功能群及其在塑造宿主表型中的潜在因果关系...
点击蓝字 关注我们破译瘤胃微生物的功能群及其在塑造宿主表型中的潜在因果关系研究论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.225●2024年7月15日，浙江大学动物科学学院刘建新、孙会增和湘湖实验室薛茗元等在iMeta在线发表了题为“Deciphering functional groups of rumen mic...
2024-08-01 07:03:33
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转载 首都医科大学附属北京天坛医院李子孝教授团队博士后招聘启事
首都医科大学附属北京天坛医院李子孝教授团队博士后招聘启事招聘导师简介：李子孝教授，主任医师，博士生导师，首都医科大学附属北京天坛医院神经病学中心副主任，国家神经系统疾病医疗质量控制中心办公室主任，国家神经系统疾病临床医学研究中心质量研究部主任。获得“教育部长江学者特聘教授”、“国家百千万人才工程”、“青年北京学者”等人才项目，获国家科学技术进步奖二等奖。现担任中国卒中学会医疗质量管理与促进分会第二...
2024-07-31 07:01:46
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转载 2024年度GPB组学与生物信息学前沿研讨会会议通知
GPB组学与生物信息学前沿研讨会是由国家生物信息中心和中国遗传学会主办的系列会议，自2012年开始已经在北京、合肥、沈阳等地举办了七次，宗旨是追踪学科前沿，促进学术交流，介导科技合作。2024年度GPB组学与生物信息学前沿研讨会(GPB Omics & Bioinformatics Frontiers Symposium 2024 ，GFS2024)将于8月16-18日在成都举行。会议将围...
2024-07-31 07:01:46
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转载 iMetaOmics | 杜娟/林婷婷-慢性泪囊炎患者眼部菌群类型和纵向菌群变化
点击蓝字 关注我们接受与未接受抗生素预治疗的慢性泪囊炎患者眼部菌群类型和纵向菌群变化研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.17●2024年7月9日，西北农林科技大学武圣儒、天津医科大学眼科医院林婷婷团队在iMetaOmics在线发表了题为“Ocular microbiota types and longitudinal microbiota alt...
2024-07-30 07:29:26
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转载 BMC Bioinformatics | 微生物分类学特辑征稿
BMC Bioinformatics 微生物分类学特辑征稿BMC Bioinformatics 期刊正在征集关于微生物分类学(Microbial taxonomy)的论文。本期特辑关注于微生物分类学领域内新型计算和统计方法学研究，以及现有工具的重大改进与提升。此外，本期特辑也接收有助于生物信息学分析的微生物数据库的相关工作。本期特辑的特邀编辑是青岛大学苏晓泉教授和香港城市大学孙燕妮教授。更多信息，...
2024-07-30 07:29:26
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原创 MPB | 中大魏泓组-无菌小鼠肠道粪菌移植(视频)
无菌小鼠肠道粪菌移植Gut Microbes Transplantation of Germ-free Mice杨雨婷1,#，蒋先洪2,#，贺中明3,#，张天阳1,#, 商海涛1, *，魏泓1, 2, *1中山大学附属第一医院无菌动物研究平台，广州；2，3第三军医大学基础医学院实验动物学教研室，重庆 *通讯作者邮箱：weihong63528@163.com；shanght@mail.sysu.ed...
2024-07-30 07:29:26
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原创 MPB：刘永鑫等-易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程
易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程EasyAmplicon: An Easy-to-use, Reproducible and Cross-platform Pipeline for Amplicon Analysis刘永鑫1, 2, 3, #, *，陈同4, #，周欣5，白洋1, 2, 3, 6, *1中国科学院遗传与发育生物学研究所，植物基因组学国家重点实验室，北京；2中国科学院大...
2024-07-29 16:44:54
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转载 iMeta | 方法相关文章合集(2407更新)
iMeta 方法相关文章合集iMeta方法相关文章共66篇，引用最高的前3篇文章分别为Sangerbox、ComplexHeatmap和Majorbio Cloud生信在线分析平台和绘图工具。下面是引用前10方法论文合集。01 Sangerbox：交互、友好的整合临床生信分析平台Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical b...
2024-07-29 16:44:54
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转载 iMeta | 被引超3800次，发文205篇，平均引用18.55，百引耗时7天(2024/7/24)
iMeta 被引超3800次，发文205篇，平均引用18.55，百引耗时7天(2024/7/24)根据 Dimensions 网站统计，截止2024年7月24日，iMeta 己发表论文205篇，被引3803次，平均引用18.55，百引耗时7天！其中，2023年引用1619次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线，至2022年9月2日获得100+次引用，耗时193天；2022年10月26...
2024-07-27 07:01:35
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转载 iMeta | 南农王一鸣组揭示稻瘟病及稻曲病微生物防御机制
点击蓝字 关注我们由植物免疫所富集的水稻穗部微生物群落防治稻瘟病以及稻曲病研究论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.223●2024年7月15日，南京农业大学植物保护学院王一鸣团队在iMeta在线发表了题为“Immune-enriched phyllosphere microbiome in rice pani...
2024-07-27 07:01:35
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转载 iMeta 系列论坛-2024 年南京地区青年编委学术研讨会
2024年5月30日，iMeta杂志青年编委线下交流会在南京大学仙林校区圆满召开。会议由iMeta杂志主编刘永鑫博士和编委陈实富博士联合发起，由iMeta青年编委、南京大学陈迪俊教授承办。本次活动采用线上与线下相结合的方式，吸引了二十余名青年编委现场参加。在交流讨论环节，各位青年编委进行了自我介绍，分享了各自的研究领域、工作进展与成果，充分展现了学术界的活力与创新精神。与会者还就如何提升期刊影响力...
2024-07-27 07:01:35
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转载 iMetaOmics | 张开春组利用多组学方法揭示甜樱桃加倍后果色变化的候选基因
点击蓝字 关注我们甜樱桃T2T基因组及多组学方法揭示其进化和加倍后果色变化的候选基因研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.13●2024年6月30日，北京市农林科学院林业果树研究所张开春团队在iMetaOmics在线发表了题为“Insights into the evolution and fruit color change-related ge...
2024-07-26 21:39:56
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转载 最全植物基因组数据平台 IMP中文教程（ 核基因组更新到 1000 个植物）
药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性，在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据，但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据，这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题，我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台...
2024-07-26 21:39:56
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转载 科研进展|找寻“隐藏”的甲烷古菌
北京时间7月24日，农业农村部沼气科学研究所厌氧微生物创新团队联合荷兰瓦赫宁根大学等多家单位，发现并分离培养了一株非广古菌门的新型产甲烷古菌。相关研究成果发表在《自然（Nature）》。 图1a-b：Verstraetearchaeota的分离，a为古菌引物（515f/915r), b为细菌引物341f/806r 16SrRN...
2024-07-25 07:44:58
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转载 JIPB 封面文章 | 基因组所周永锋团队发现野生葡萄适应高盐湿热环境的关键基因...
点击蓝字关注我们“ 近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心，以下简称基因组所）周永锋课题组在《植物学报（Journal of Integrative Plant Biology）》发表了题为“Population genomics highlights structural variations in local adaptation to sal...
2024-07-25 07:44:58
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转载 ImageGP 颜色设置大更新：新增支持顶级杂志配色，离散颜色更多，可复制色号，共享颜色...
我们正在做 ImageGP3的升级工作，如果你有兴趣，欢迎添加页尾二维码标识的微信与我们联系，为 ImageGP3 的功能升级、教程写作、宣传推广一起努力！每个人各尽其力，或一起写代码，或一起写教程，或一起推广，或提出自己的建议。作为 ImageGP 的合作作者，集思广益，更好的让 ImageGP 为社群做好服务。一般在Layout and colors里面会有颜色设置。颜色设置时有2种方式，完全...
2024-07-24 07:05:40
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转载 iMeta 系列论坛-2024 年北京地区青年编委学术研讨会
伴随着 iMeta 获得第一个影响因子 23.7 的好开局，iMeta 北京分舵的青年编委们也迎来了第一次线下讨论会暨 iMeta 系列论坛。2024 年 6 月 28 日，凉风习习，晴空万里，在中国中医科学院中药研究所，这个极具特色的科研殿堂，大家齐聚一堂，围绕科研和期刊的未来发展进行研讨。日程安排分 4 个环节：（1）9:00-10:00讲座交流（讲座嘉宾张曌（zhào）楠，主题《肠道微生物促...
2024-07-24 07:05:40
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转载 VirRep: 人类肠道微生物组识别病毒新方法
Introduction病毒在生态系统中扮演着关键角色，宏基因组中病毒序列的鉴定十分重要。我之前已经介绍过了从宏基因组中鉴定病毒序列的常用方法，包括geNomad，DeepVirFinder，VirSorter2等，以及后续的质量评估方法。这方面的方法发展还是很快的，最近（2024/07/04），复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华与团队在Genome Biology上发表研究，开发出一种人类肠道微...
2024-07-23 07:05:49
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转载 iMeta | 首医钟久昌组-缬沙坦通过肠道菌群改善高血压靶器官损伤
点击蓝字 关注我们血管紧张素受体阻滞剂治疗通过调节肠道菌群改善高血压血管重构与肠道结构损伤研究论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.222●2024年7月18日，首都医科大学附属北京朝阳医院钟久昌团队在iMeta在线发表了题为“Intestinal microbiota by angiotensin recep...
2024-07-23 07:05:49
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原创 MPB | 中农冯固组-研究菌丝际微生物互作的胡萝卜根器官-丛枝菌根真菌双重培养体系...
研究菌丝际微生物互作的胡萝卜根器官-丛枝菌根真菌双重培养体系Methodology for Studying Microbial Interactions in Hyphosphere of Arbuscular Mycorrhizal fungi with Carrot Root Organ Culture System石晶晶1，冯固1, *1资源与环境学院，中国农业大学，北京*通讯作者邮箱：f...
2024-07-23 07:05:49
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转载 NC丨张勇与阮珏团队合作开发低DNA用量、无扩增的PacBio建库技术LILAP
基因组信息在生命科学研究中具有重要价值。随着价格的下降，基于三代长读长的测序组装越来越广泛地应用于基因组学研究 (Nat Methods2022;Nat Rev Gene2024)；其中，PacBio高保真（High-fidelity, HiFi）测序技术因其高精度的测序质量被认为是三代测序的金标准。然而，其标准建库方法需要大量DNA输入（>1 µg），限制了其在小型昆虫或珍稀样本中的...
2024-07-22 13:33:50
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转载 Science曝光学术审稿潜规则：作者名气越大，审稿人打分越高
Science最新发文：当论文的作者名气大时，审稿人会给予更高的分数。而且这一分数差距还不小。这一结论来自一个号称“同类研究中最大规模”的随机对照试验，整个过程邀请了3300名研究人员参加。试验结果可以说揭露了学术界的“潜规则”：当一篇论文的唯一作者不为人知时，只有10%的审稿人建议接收这篇论文，但当同一篇论文的署名者是诺贝尔奖得主时，59%的审稿人表示赞同。对于这一差距悬殊的数据，斯坦福大学博士...
2024-07-22 13:33:50
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转载 Nature Microbiology | 大型语言模型改进原核病毒蛋白质注释
引言：微生物世界的多样性和功能一直是科学家们关注的焦点，然而，宏基因组样本中病毒基因组的注释一直是一个挑战。现有的方法受到特征病毒蛋白质缺乏和病毒序列差异的限制，这妨碍了对病毒多样性和功能的深入理解。本研究证明了蛋白质语言模型（PLMs）在改善病毒蛋白质注释方面的潜力，为我们提供了揭示微生物世界新视角的工具。观点：蛋白质语言模型：捕获原核病毒蛋白质功能的新途径功能预测：拓展病毒蛋白质注释的空间数据...
2024-07-22 13:33:50
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转载 西湖大学 & 牧原实验室鞠峰团队招聘【塑料降解菌群】与【养殖环境微生物组】方向博士后与助理研究员...
点击蓝字，关注我们1实验室及团队负责人介绍环境微生物组学是一门研究特定环境中全部微生物遗传信息的新兴交叉学科，为理解与开发微生物“暗物质”在生态环境、生物经济与人类系统中的作用奠定基础。环境微生物组与生物技术实验室（www.ju-emblab.com）开展环境学与生物学交叉学科研究，研究兴趣包括：环境微生物组构建与功能机制；2）抗生素耐药组监测与风险阻控；3）新污染物降解转化与健康效应；4）微生物...
2024-07-21 14:55:24
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转载 iMetaOmics | 暨南大学潘永勤/杨华组-炎症蛋白联合检测有利于诊断甲状腺乳头状癌和结节性甲状腺肿...
点击蓝字 关注我们炎症蛋白联合检测有利于诊断甲状腺乳头状癌和结节性甲状腺肿研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.14●2024年7月2日，暨南大学潘永勤、杨华团队在iMetaOmics在线发表了题为“Combined detection of inflammatory proteins is beneficial for diagnosing th...
2024-07-21 14:55:24
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转载 Science/宿主如何控制他们的微生物组？
点击蓝字关注我们题目：Host control of the microbiome: Mechanisms, evolution, and disease微生物组的宿主控制：机制，进化与疾病通讯作者：Kevin R. Foster背景 许多多细胞生物，包括人类，在体内携带着共生微生物群落。这些微生物群落具有防御感染、提供营养、促进免疫系统发展甚至影响认知的能力，对健康至关重要。 ...
2024-07-21 14:55:24
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转载 iMeta | 被引超3700次，发文202篇，百引耗时9天(2024/7/17)
iMeta 被引超3700次，发文202篇，百引耗时9天(2024/7/17)根据 Dimensions 网站统计，截止2024年7月17日，iMeta 己发表论文202篇，被引3707次，立即指数18.35，百引耗时9天！其中，2023年引用1617次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线，至2022年9月2日获得100+次引用，耗时193天；2022年10月26日被引200+次，百...
2024-07-20 09:14:58
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转载 iMeta | 张和平团队-对肠道-乳腺轴的深入解析：母乳源益生菌Probio-M9可缓解乳腺炎并增强抗生素效果...
点击蓝字 关注我们对肠道-乳腺轴的深入解析：母乳源益生菌Probio-M9可缓解乳腺炎并增强抗生素效果研究论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.224●2024年7月9日，内蒙古农业大学张和平团队在iMeta在线发表了题为“Probio-M9, a breast milk-originated probioti...
2024-07-20 09:14:58
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转载 刘永鑫 | 微生物组学科研生态构建(农科院蔬菜所7.19下午3点大报告厅-地点更新)...
更多推荐（▼ 点击跳转）高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 引用13000+，海普洛斯陈实富发布新版fastp，更快更好地处理FASTQ数据高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法高引文章▸▸▸▸iMeta | 高颜值绘图网站imageGP+视频教程合集 ...
2024-07-19 10:11:58
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转载 iMeta 高被引论文40篇
iMeta高被引论文40篇2024年7月11日，科睿唯安官网发布了最新ESI高被引阈值。在微生物领域中，iMeta共发表高被引论文40篇，占总文章数20%。iMeta2022年发表文章58篇，高被引13篇；2023年发表文章75篇，高被引14篇，2024年发表文章62篇，高被引13篇。2022年高被引文章01 Sangerbox：交互、友好的整合临床生信分析平台Sangerbox: A compr...
2024-07-18 07:54:12
62
转载 BiB | 西湖大学鞠峰组-微生物蛋白功能基因的精准分类和发现的深度学习框架FunGeneTyper...
引言中心法则，这一我们都曾学过的现代生物学核心要义告诉我们，遗传物质决定蛋白功能，这是自然界严苛的生命法则。基因作为携带遗传信息的基本物质单位，其序列组成差异影响蛋白质功能，进而控制生物性状。随着高通量测序技术的广泛应用，科学家们可以很容易以低成本解码复杂环境样品中微生物暗物质遗传信息，包括先前从未报道过的海量新基因序列。如何精准识别其编码蛋白质功能，对于发现新型酶基因资源并解析其功能机制至关重要...
2024-07-17 07:01:35
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转载 iMeta | 卢洪洲/陆蒙吉/张继明/王俊-构建贝叶斯多组学分析模型探索肝内炎症发生机制...
点击蓝字 关注我们构建肝脏转录组学细胞特异性表达模型结合临床参数解析慢乙肝患者肝内炎症的形成因素研究论文●期刊: iMeta (IF 23.7)●原文链接DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.221●2024年7月4日，深圳国家感染性疾病临床医学研究中心卢洪洲、德国埃森大学医院病毒研究所陆蒙吉、复旦大学附属华山医院国家传染病医学中心张继明和江南大学附属无锡五院临床...
2024-07-17 07:01:35
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原创 MPB | 中科院城环所杨军组-水体浮游植物采集与鉴定
水体浮游植物采集与鉴定Sampling and Identification of Phytoplankton in Water金磊1, 2，杨义刚1, 2，杨军1, *1中国科学院城市环境研究所，城市环境与健康重点实验室，水生态健康研究组，福建厦门；2中国科学院大学，北京*通讯作者邮箱: jyang@iue.ac.cn引用格式：金磊, 杨义刚, 杨军. (2021). 水体浮游植物采集与鉴定. ...
2024-07-16 07:02:12
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转载 iMetaOmics | 浙大张天真组完成二倍体棉种泛基因组构建
点击蓝字 关注我们超级泛基因组图谱为二倍体棉种的进化提供基因组学见解综 述●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.15●2024年6月27日，浙江大学张天真团队在iMetaOmics在线发表了题为“A super pan-genome map provides genomic insights into evolution of diploid cotto...
2024-07-16 07:02:12
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转载 iMetaOmics | 徐州医科大杨欢组揭秘沙门氏菌-宿主-微生物群在免疫与代谢中的相互作用...
点击蓝字 关注我们揭秘沙门氏菌-宿主-微生物群在免疫与代谢中的相互作用综 述●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.16●2024年7月4日，徐州医科大学杨欢团队在iMetaOmics在线发表了题为“Salmonella—Host–microbiota interactions: Immunity and metabolism”的文章。●本研究总结了沙门...
2024-07-15 07:02:54
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Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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