2017年06月_刘永鑫Adam

原创植物微生物组培养与重组技术：从描述性研究走向功能性研究

白洋老师2015年末一作的Nature文章，“提出的大规模微生物分离培养、人工重组微生物群落技术体系”，被同期Nature配专题评述为“铺平了微生物组学从描述性研究走向功能性研究的道路”。“Large-scale cultivation and genome sequencing of the bacteria that inhabit the leaves and roots of Arabido

2017-06-30 22:46:39 2944

原创扩增子图表解读4曼哈顿图：差异分类级别Taxonomy

作者: 刘永鑫日期：2017-6-30 阅读时长：10min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内

2017-06-30 20:16:13 10994

原创扩增子图表解读3热图：差异菌、OTU及功能

作者: 刘永鑫日期：2017-6-30 阅读时长：10min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内

2017-06-30 15:43:36 16090

原创扩增子图表解读2散点图：组间整体差异分析(Beta多样性)

作者: 刘永鑫日期：2017-6-29 阅读时长：10 min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章

2017-06-30 12:05:17 27114 1

原创扩增子图表解读1箱线图：Alpha多样性，老板再也不操心的我文献阅读了

作者: 刘永鑫日期：2017-6-17 阅读时长：5min 宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容主要内容包括：箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、维恩

2017-06-27 17:31:11 11427 1

原创扩增子分析流程QIIME. 1 使用Docker配置QIIME

本教程环境为Ubuntu16.04 x64安装Docker# 安装Dockersudo apt-get install docker.io# 启动Docker服务service docker start # select 1, using passwd# 关闭Docker服务service docker stop# 配置权限，添加用户至docker组即可user=test # 设置用户名

2017-06-26 16:33:32 2942

原创 linux shell编程时报:bad substitution错误的解决办法

:bad substitution错误应该是某个变量名字打错，找不对应的值对替换，直接报错结果；检索全文中替换的${}变量，改正即可。示例：我用Linux shell脚本输出一段文字生成一个R程序，报错： /mnt/bai/yongxin/bin/ternary_16s.sh: line 1: # 説我第一行就有错，由于输出多行，内部出错，无法检查错误所在行；我最终使用了逐行/段落添加的方

2017-06-25 22:35:17 16266 1

原创生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R模板和语法高亮

https://www.editplus.com/前言“工欲善其事必先利其器”，生信工程师每天写代码、搭流程，而且要使用至少三门编程语言，没有个好集成开发环境(IDE，Integrated Development Environment)那怎么行？本人使用过vim, editplus, ultraedit, notepad++, sublime。感觉在多语言支持、直接远程编辑脚本、启动速度等方面还是

2017-06-24 17:07:43 4490

原创 Win8 x64 + Office Word 2013 x64 无法自动加载 Endnote X6 的解决方案

问题描述系统环境如下：win8 x64英文原版+office2013 x64 简体中文版+Endnote x6，无法自动加载 Endnote X6，即Word中找不到插件也无法手动加载网上探索方法网上有很多文章，关于64位Office Word 2013加载EndnoteX6的解决方案，但基本都是来自同一篇文章，内容极其相似，而且在我的系统环境下完全无效。但是思路是可取的，我经过反复尝试得到了解决方

2017-06-24 15:30:22 2846

原创公共基因表达数据分析系统genevestigator，再也不愁表达数据的查询和比较了

还在为不会分析大数据发愁吗？还在为无法查询和比较发表文章中感兴趣基因表达值抱怨吗？使用genevestigator，高效利用已经有研究结果，轻松与同行研究结果比较！！！GENEVESTIGATOR“基因研究员”，帮助研究者对已经发表的公共数据进行查询、比较和可视化呈现。主页： https://genevestigator.com/ 先在线注册一个帐号，注册时会选择Data Preferen

2017-06-23 14:44:11 9225

原创生信人值得拥有的编程模板-Perl

生物信息领域常用语言个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python/Java..(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。生物信息常用语言非常广泛，我常用的有Perl, R, Shell，此外参与网页制作还用过PhP+mySQL，写博客用Markdown。这些其实都是非常小众的语言，如果和计算机专业的人交流，对方

2017-06-13 23:23:44 5315 2

翻译微生物相关网络构建教程中文Microbial association network construction tutorial

原文为自Microbial association network construction tutorial http://psbweb05.psb.ugent.be/conet/microbialnetworks/index.php简介Introduction本文提供MENA, LSA, SparCC和 CoNet四种网络构建方法，作者为CoNet作者。 2017-05-22由中科院遗传发育

2017-06-12 23:31:29 16089 2

原创 RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释

RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用》，阅读近7000次。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次，

2017-06-12 23:29:43 28687 5

转载笔记管理的三个阶段

我为什么注册公众号？分享知识！做技术的人一定会有这样的经历：经常会碰到很多技术问题，最快的方法是在百度上搜索问题的描述，找到各类博客、论坛上中文的解决方法；其次是请教身边有经验的大牛，直接一两句话搞定；都没有才会在google上硬着头皮搜英文关键字，一个一个找相关方法，尝试，但有时会试了多种方法仍然无效，只能先放一放。对于必做的事有时也必须反复尝试一下，逐渐积累经验，最终结合多篇文章的方法组合或

2017-06-12 23:26:14 1023 1

刘永鑫的博客——宏基因组公众号