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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

原创 我们从那里来—NG子宫日记 Womb

写在前面周六科普时间又到了,可惜我还要上班。但是幼儿园居然提前放假了,你説我该怎么办。还好宝妈单位也提请放假了,可以在家陪孩子。 每家的孩子都会经常问,我从那里来的。我家的孩子5岁,自己看了此片后,还跟我讲解释:”这就是小时候的我,我是从妈妈的肚子里来的”。今天放假的同志可以陪孩子看看此片,还在...

2017-09-29 19:50:52

阅读数 336

评论数 0

原创 我们从那里来—子宫日记 Womb

写在前面 每家的孩子都会经常问,我从那里来的。我家的孩子5岁,自己看了此片后,还跟我讲解释:”这就是小时候的我,我是从妈妈的肚子里来的”。影片基本信息中文名: 国家地理 子宫日记 英文名: National Geographic 别名: 子宫日记 资源格式: HDTV 版本: 720P ...

2017-09-27 22:41:37

阅读数 587

评论数 0

原创 生信媛养成记—实验汪自学生信之路-biostar handbook

写在前面我是生物专业背景,接触生信近十年,碰到过无数朋友説要跟我学生信,我每次都是推荐入门先学《小骆驼》+《鸟哥私房菜》+《ggplot2图形艺术》,然后就没有然后了。虽然其中大部分人知道生信有用,有心想学,但每天实验到半夜累成狗,那有心情和时间自学编程,基本都没有读我推荐的书超过三页。此外,我要...

2017-09-27 20:47:56

阅读数 6395

评论数 1

原创 缅怀钟扬教授,5分钟视频回顾伟大植物学家钟扬对人类的贡献

复旦大学党委委员、研究生院院长、著名植物学家钟扬教授9月25日上午在内蒙古鄂尔多斯市出差途中遭遇车祸,不幸逝世。我了解钟扬教授,是因我博士后期间非常要好的同事,是钟教授培养的博士生,她每当提起钟教授时总是赞不绝对,绝对为人师长的典范。后来在网上看到了钟教授有关的两个短片,非常感动其几十年的奉献,以...

2017-09-25 23:27:07

阅读数 1213

评论数 0

原创 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—“宏基因组”公众号编辑招募

“宏基因组”公众号简介宏基因组是当今世界科研最热门的研究领域之一,去年国际微生物组计划及其成果CNS专刊将本领域推向发展的黄金时代。随着中国微生物计划立项(香山会议)召开,“热心肠”等众多公众号科普传播,使我国这一领域从政策到群众都有了强大基础。然而每位转向这一领域的研究人员在科研中,从实验到数据...

2017-09-22 22:36:17

阅读数 300

评论数 0

转载 价值4500元的微生物组培训资料

本网内容转载自“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号。这是今年5月由中科院微生物所举办的“微生物组学专题培训班”。课程时长四天,由两位研究员主讲。培训的主要内容:培养宣传的内容仅供参考,一般都是过于笼统或细化,比如一节课的事可能只提了一句;而课上一句末提的话的事还可能...

2017-09-22 06:39:34

阅读数 346

评论数 0

原创 病毒入侵的故事—BBC细胞的暗战The Hidden Life of the Cell

写在前面本周推荐一部英国BBC的的精彩科普纪录片《人体奥秘之细胞的暗战》英文名《Our Secret Universe: The Hidden Life of the Cell》,侧重讲病毒入侵和免疫应答的故事,与每个人息息相关,全片CG动画特效堪比《魔兽》,绝对震撼。简介每时每刻,你的身体中正进...

2017-09-21 21:56:39

阅读数 2642

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转载 微生物多样性组间差异分析神器-STAMP

微生物多样性组间差异分析神器-STAMP

2017-09-18 09:06:04

阅读数 4154

评论数 0

原创 岛国科普第2弹-再造人类生命的神奇细胞Human.Life.Our.Amazing.Cell

写在前面周末总得休息一天。“宏基因组”公众号每周六给大家推荐一部科普神剧,即涨姿势,又适合周末全家一起看。前几周推荐了日本NHK《生命大跃进》、英国BBC《人体奥秘》、美国NGC《人体内旅行》 和中国CCTV《法医密档》,阅读人数分别为4200+、1200+、1200+、700+,成为本月排名第...

2017-09-14 20:34:08

阅读数 605

评论数 0

转载 根据16S预测微生物群落功能最全攻略

文章原文l转载自“宏基因组”公众号,由于微信图片不支持外部网站访问。请点击原文链接跳转公众号阅读。 根据16S预测微生物群落功能最全攻略

2017-09-14 08:55:47

阅读数 2791

评论数 0

原创 宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2:官方中文帮助文档

本网对Markdown排版支持较差,对格式不满意的用户请跳转至 或“宏基因组”公众号阅读;注:文为蓝色字均为文章链接,可点击直达写在前面**声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使...

2017-09-12 10:58:44

阅读数 1226

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原创 植物微生物组文章目录(170912更新)

植物微生物组文章目录组内文章Nature Methods: 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集 Giga Sciences: 植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析 中科院院刊:中国微生物组计划—农作物微生物组综述 导读版 完整版 Annu. Rev. Genet...

2017-09-11 09:44:21

阅读数 867

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原创 宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2:官方中文帮助文档

本网对Markdown排版支持较差,对格式不满意的用户请跳转至 或“宏基因组”公众号阅读;注:文为蓝色字均为文章链接,可点击直达写在前面**声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使...

2017-09-11 09:19:48

阅读数 5998

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原创 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集

写在前面近年来,宏基因组学得到了快速发展,但由于研究对象包含成百上千物种混合体,仍面临三大挑战———高度复杂混合物种基因组拼接、混合序列分箱(bin)重构单菌基因组、基因组的物种分类鉴定与注释。 虽然在这三个方向,已经出现了大量软件,但由于缺少标准样品的评估体系,各软件的优缺点、适用范围至今没有...

2017-09-10 20:16:31

阅读数 2441

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原创 植物MWAS研究—小米产量与微生物组关联分析

MWAS简介微生物组关联分析(Microbiome/Metagenome-wide association studies , MWAS)是指捕获多维尺度上的互作作用,从而提供捕获复杂作用关系的方法,该方法切实可行的预测微生物组和疾病状态的关系。就是不做任何假设的分析整个微生物组的结构变化,目的是...

2017-09-10 13:45:24

阅读数 4237

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原创 宏基因组扩增子2分析流程:中文首发,史上最详系,零基础自学

本网内容首发“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号阅读 写在前面 之前发布的《扩增子图表解读》系列,相信关注过我的朋友大部分都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的最初是写本实验室的学生们学习的材料,加速大家对同行文章的解读能力。 《扩增子分析解...

2017-09-10 07:26:34

阅读数 3811

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原创 走进科学-盐碱地种出甜高粱

写在前面目前我国粮食比较充足,但随着人们食肉比例的增加,导致畜牧业优质饲料还是比较缺乏的。中科院遗传发育所的谢旗研究员(和我在一层楼工作),一直在这方面做的努力。请看央视《走进科学》栏目《盐碱地种出甜高粱》对其研究成果报导。走进科学-盐碱地种出甜高粱(上)https://v.qq.com/x/pa...

2017-09-09 11:35:22

阅读数 4430

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原创 从生到死的全部秘密—人体内旅行 inside the living body

本网与宏基因组公众号内容同步,获得更佳阅读体验请跳转至公众号阅读,关注公众号获得相关文章推送。写在前面周末总得休息一天,陪陪家人。“宏基因组”公众号每周六给大家推荐一部科普神剧,即涨姿势,又适合周末和老婆孩子一起看,绝对让你B格更高。前三周推荐了日本NHK的《生命大跃进》、英国BBC的《人体奥秘》...

2017-09-08 20:48:25

阅读数 1968

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原创 中国微生物组计划—农作物微生物组:跨越转化临界点的现代生物技术

农作物微生物组:跨越转化临界点的现代生物技术白 洋1** 钱景美1 周俭民1 钱 韦2** 1 中国科学院遗传与发育生物学研究所 北京 100101 2 中国科学院微生物研究所 北京 100101摘要在微生物组技术体系中,农作物微生物组具有较好的研究基础和...

2017-09-05 23:02:43

阅读数 1307

评论数 0

翻译 Annu. Rev. Genet:植物微生物组——系统性见解与展望

背景介绍Muller, D. B., et al. (2016). “The Plant Microbiota: Systems-Level Insights and Perspectives.” Annu Rev Genet. 本文是在2015年末发表的Bai, et. al, Nature后...

2017-09-05 19:38:48

阅读数 3157

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原创 Nature:拟南芥微生物组功能研究3人工重组微生物群落

本网对Markdown排版支持较差,请跳转植物微生物组公众号阅读背景介绍Bai, Y., et al. (2015). “Functional overlap of the Arabidopsis leaf and root microbiota.” Nature 528(7582): 364-3...

2017-09-04 22:59:13

阅读数 1728

评论数 0

原创 Nature:拟南芥微生物组功能研究2细菌基因组测序和分析

本网对Markdown排版支持较差,请跳转植物微生物组公众号阅读背景介绍Bai, Y., et al. (2015). “Functional overlap of the Arabidopsis leaf and root microbiota.” Nature 528(7582): 364-3...

2017-09-04 07:44:11

阅读数 2016

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原创 Nature:拟南芥微生物组功能研究1培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

背景介绍Bai, Y., et al. (2015). “Functional overlap of the Arabidopsis leaf and root microbiota.” Nature 528(7582): 364-369.本文是2015末发表在Nature的Article文章,第...

2017-09-03 16:32:41

阅读数 2149

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原创 史上最详细的微生物扩增子数据库整理

声明:文件所有链接内容来自“生信控”公众号,已经获作者向屿授权。本人对每个数据库的使用目的和经验配导读,需要使用的小伙伴读点击链接跳转原文学习。“生信控”相关文章推荐听说不用再在各种公众号+网页检索微生物扩增子数据库的资料了,惊不惊喜?听说史上最详细的微生物扩增子数据库整理已经在生信控上更新完成了...

2017-09-03 11:37:17

阅读数 5906

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转载 2017年8月Science肠道菌群研究

本文转自测序猫,只截取了肠道菌群相关的研究,汇总如下: 1.Science:神奇!吃季节性的食物,肠道微生物也会季节性变化! doi:10.1126/science.aan4834; doi:10.1126/science.aao2997 根据一项对一个目前尚存的狩猎采集者群体的研究,我们肠...

2017-09-03 09:34:29

阅读数 2987

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转载 CC讲坛-大脑疾病背后的秘密-许执恒

《CC讲坛》第二十期于2017年7月27日在北京东方梅地亚中心M剧场举行,中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员许执恒出席并进行题为《大脑疾病背后的秘密》的演讲。胚胎时期大脑发育异常导致的新生儿智力缺陷、小颅畸形和自闭症等疾病一直是困扰科学界的重大问题,哪些基因突变与这些疾病相关?他和他的同事们在...

2017-09-01 22:19:13

阅读数 707

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