2017年10月_刘永鑫Adam

原创你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180601)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！本文“宏基因组”原创，更多文章点我跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。本公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻...

2017-10-31 20:10:55 5092

转载宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer测试数据刘博士帮助把测试数据建立了一个百度云同步共享文件夹，有非常多的好处，请读完下文再决定是否下载： 1. 下载被墙的数

2017-10-30 17:47:58 20078 4

转载宏基因组分析实战教程2. 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC

本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1.

2017-10-26 11:48:07 13663 1

随着公众号发展，历史文章越来越多，有很多小伙伴在查找某篇看过的文章、或想找相关的文章还是有困难的。检索的方法还是有很多的。大家常用的是人工查看历史消息，但历史过久或文章过多查找十分困难。下面介绍四种更高效的方法：1. 公众号历史文章搜索微信公众号为了防止流量损失(访问量=广告费=金钱，虽然本号每天近万阅读只有不到10元的广告费，但微信每天阅读是20亿次以上，至少2百万广告收入)，通常谷歌、百度是无法

2017-10-25 13:57:21 28203 2

原创宏基因组分析实战教程1. 背景知识

上次我写的学习经验和推荐的教程——《微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车》，小伙伴们当天阅读破2700+人次，3.5天破3000+，达到了宏基因组快车满三千人发车的要求。我也按约定继续分享宏基因组分析实战教程。喜欢本教程的小伙伴，请务帮助拉到文末点个赞，鼓励我继续写作的方式，你懂的。本系统教程以2017年9月26-30日在 UC Davis举办的宏基因组Workshop的学习笔记为主

2017-10-23 20:33:18 4955

转载如何优雅的提问

本文转载自“生信宝典”，原作者陈同博士，己获作者授权。学会解决问题的思路是科研人的重要技能，遇到问题不假思索随口就问，不是好习惯，更不是好学生。解决问题六部曲在学习、工作的过程中总是会遇到不少问题，通常的解决思路包括谷歌搜索、阅读文档、求助身边的人、QQ群提问、论坛提问、求助作者等。通常我们也应该按这个顺序来操作。实际的尴尬但实际上，却时不时的碰到一些比较尴尬的情况，比如：懒惰型：代表性语句是在吗

2017-10-19 08:47:49 2338

转载微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车

写在前面作为纯wet遗传学博士，转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大，让我痛下决心苦学dry技能。目前感觉对宏基因组领域的基础分析技术已经略懂，每天按自己的想法搞事情还是很开心的事，今承本公众号主编刘博士再三邀请分享学习经验，在下不才将之前学习经历和笔记共享之，新人请上船，老司机请拍砖，以求共进。简要説一下我的转型经历，为基础差上不了车的同学有个借鉴，哪里不会点哪里。即有生

2017-10-17 00:14:06 9189

原创 PICRUSt：预测宏基因组功能—16S扩增子分析锦上添花

写在前面16S分析能获得的信息比较有限，一般找到差异OTU，就很难再深入分析了。如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢？很多人在这方面做出了努力。PICRUSt就是让16S扩增子分析锦上添花的工具，可以基于OTU表预测宏基因组的功能基因组成。该软件2013年发表在Nature Biotechnology上，截止17年9月11日引用1098次，由Curtis Huttenhower团队开发。

2017-10-13 19:49:10 15542

原创微信电脑端-退出的群、删除的人，仍然可以查找或看到问题的解决方法

微信电脑端-退出的群、删除的人，仍然可以查找或看到问题的解决方法我们经常会发现退了的群，还一打关键字会弹出来候选，即使清空聊天记录也不行。这是由于本地缓存了旧数据导致的。电脑端解决办法： 1. 退出正在运行的微信； 2. 以windows10中文版为例，打开“文件管理器”或直接使用快捷键 “Win + E”，点击左侧的“文档”,删除其中的“WeChat Files”目录。 3. 再重新扫码登陆

2017-10-13 15:35:54 11074 2

原创宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data

加拿大生信网加拿大安大略研究所建立的生物信息网(https://bioinformatics.ca/)，每年组织多场生物信息学线下培训，并线上共享培训资料。宏基因组数据分析培训2016年6月22-24日，在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训，我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的 “Access Content” 访问这次培训的材料。课题内容简介本次课题一共分为7节，简要介绍了背景、扩增子、宏基

2017-10-10 22:06:24 10013 1

原创扩增子分析还聚OTU就真OUT了，试试unoise3

宏基因组领域是当今热门领域，也正是方法快速发展和变革的时代。之前还把 97%聚类OTU作为扩增子行业的金标准。转眼间各位大佬纷纷向OTU聚类方法拍砖，都不建议再使用。Feature代替OTU是趋势之前我翻译整理的QIIME2官方帮助文档——宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2-了解分析趋势，读过的朋友会发现，里面的每个分析流程中都不再使用聚类方法生成OTU，而是调用DADA2 [1]对原始数据进行

2017-10-10 13:08:47 8395

原创扩增子分析神器USEARCH简介

本文中引用统计采用Google学术，统计日期截止2017年10月9日。Usearch简介主页：http://www.drive5.com/usearch/ 1. Usearch是什么？它是超快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域广泛应用。在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎，单人发文至Nature Method，而且目前已经集成了全部扩增子分析流程。截止2017年10月9日，Goog

2017-10-09 21:20:47 7199

原创一文读懂微生物组

什么是微生物组微生物组学是指研究动植物体上共生或病理的微生物生态群体。微生物组包括细菌、古菌、原生动物、真菌和病毒。研究表明其在宿主的免疫、代谢和激素等方面非常重要。图中展示了微生物组在人类生活的方方面面(图片链接见文末)常见的英文词汇有microbiota, metagenome, microbiome这三个。想要成为专业人士，先读读《Microbiota, metagenome, micro

2017-10-07 10:48:34 2126

原创 ggtree美颜进化树-宏基因组扩增子

上周四转载了微生态的《一文读懂进化树》，五天阅读人数已经2500+，而且有还多人留言求美化教程，今天将发放福利第一弹，Y叔创建的R包——ggtree，进化树美化神器。软件原文G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam. ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic tree

2017-10-04 23:35:25 7197 2

刘永鑫的博客——宏基因组公众号