刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

Plos biology:水稻根际微生物组时间序列分析

摘要 背景 结果 附图 时间序列分析相关方法 Reference 猜你喜欢 写在后面 加州大学戴维斯分校的博后Joseph Edwards (https://scholar.google.co.jp/citations?user=aPHqjO4AAAAJ)继2015第一作...

2018-03-31 23:15:48

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Google Chrome插件导出与安装

很多电脑无法翻墙,无法安装Google Chrome商店的插件 而且这些插件又没有下载地址,无法下载。 我们可以通过另一台可以翻墙的电脑安装,然后导出安装程序,在这台电脑上安装即可。 以Windows10系统下Google Chrome中的FoxyProxy插件为例 1. 在可上g...

2018-03-29 13:29:49

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综述:根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展

本文原创首发宏基因组公众号 作者:秦媛 根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展 原题目:Microbially Mediated Plant Salt Tolerance and Microbiome-based Solutions for Saline Agriculture ...

2018-03-27 23:34:26

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中国林科院亚热带林业研究所林木根际微生物博士后招聘启事

中国林科院亚热带林业研究所林木根际微生物博士后招聘启事 根据工作和学科发展需求,中国林科院亚热带林业研究所(位于杭州市富阳区)袁志林老师研究小组面向全国招聘1名博士后(优秀的出站博后也可以考虑)。 图1 中国林业科学研究院亚热带林业研究所俯瞰 一、研究方向 林木根际微生物组结构和功...

2018-03-26 20:17:38

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有声专栏-宏基因组专业词汇讲解——001宏基因组

宏基因组专业词汇讲解——001宏基因组 有声专栏-宏基因组专业词汇讲解开播了,点击上方播放本词条的有声版。也可在喜马拉雅FM中搜索《宏基因组》持续收听本专辑更新。 对于刚接触宏基因组的同学,想必有很多概念不明白,那么接下来就让我带领大家走进宏基因组。今天先让我们系统的认识一下宏基因组。 ...

2018-03-26 11:30:25

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央视与遗传发育所合拍《走进科学-小菌株大作为》——枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

我国是世界上最大的抗生素生产和使用国,同时也是细菌耐药性的重灾区。抗生素滥用问题在医疗特别是畜牧业领域尤其严重。畜牧业养殖户普遍将饲用抗生素添加到饲料中,当做保健品给动物防病,促进动物生长。而这会导致“超级细菌”的出现,污染环境,损害人们身体健康。无抗饲养是畜牧业健康发展的目标,如何减少畜牧业...

2018-03-24 22:03:07

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手把手教你生信分析平台搭建

宏基因组按:此系列教程为基因学苑的王通老师原创发布。非常适合刚接受生信,又有服务器管理需求的小伙伴做为入门材料,一共20篇文章,内容涉及服务器选购、Linux系统安装、用户管理、软件安装、软件兼容环境、Galaxy/Rstudio服务器配置等多方面。助你快速入行,轻松成为兼职服务器管理员的技...

2018-03-22 23:20:14

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16S+功能预测也能发Sciences:尸体降解过程中的微生物组

Metcalf, J. L., et al. (2016). “Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition.” Science 351(6269): 158-...

2018-03-21 20:12:31

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扩增子项目动辄几百上千样品,如何写好实验设计——样品和组命名规则

我们之前分享了《样本命名注意事项——优秀的课题从一个好名字开始》,让大家了解了样品命名的基本规则,方便与分析人员的合作与沟通,结果的展示和可读性。 今天再给大家带来两个命名的实例,助力大家写出规范易读的实验设计,加速科进进展,增加有效沟通。 样品命名经验总结: 只使用字母数字组合; 字...

2018-03-20 13:06:40

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用ggvegan包进行db-RDA微生物环境因子分析

本文“宏基因组”公众号原创。 作者:舟行天下 编辑:metagenome 前言 在进行微生物多样性分析时,大家一定会做α,β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。β多样性是指在地区尺度上,物种组成沿着某个梯度方向从一个群落到另一个群落的变化率。即沿着某一环境梯度,物种替代...

2018-03-19 20:40:29

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VSEARCH让你免费使用无内存限制的USEARCH

本文“宏基因组”公众号原创。 作者:舟行天下 编辑:metagenome 前言 前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用,详情见文章:扩增子分析神器USEARCH简介。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器!该软件依靠大神Robert Edgar开发的UPARSE...

2018-03-08 13:43:17

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微生物培养的福音:一个直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站

【本文转载自“微生物生态”公众号,作者卢瑟菌,己获授权,本平台编辑对内容进行测试和更新。】 今天卢瑟菌给大家隆重推出一个超级好的网站,网站名字叫KOMODO(Known Media Database),没错,网站作者就是严(tiao)肃(pi)地把科莫多巨蜥的照片放在了网站主页,见下图1左上角。...

2018-03-04 22:12:33

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R画月亮阴晴圆缺:corrplot绘图相关系数矩阵

今天是十五元宵节,即是和家人团聚的机会,也是赏月的好日子。 但作为科研汪的我,在狗年应更加努力,争取在狗年旺旺,从加班狗中脱颖而出。 分享一个相关分析可视化实战,祝大家元宵节快乐! 先给大家送一个我画的假蓝月亮,不管你看着像不像,反正我觉得像。 之前我们分享了关于相关分析的原理,...

2018-03-01 22:10:22

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