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RSS订阅原创 Plos biology：水稻根际微生物组时间序列分析
摘要背景结果附图时间序列分析相关方法Reference猜你喜欢写在后面加州大学戴维斯分校的博后Joseph Edwards (https://scholar.google.co.jp/citations?user=aPHqjO4AAAAJ)继2015第一作者发表水稻根际微生物组PNAS(两年引用222次)后，目前在预印本bioRxiv上发表了题目为《水稻根...
2018-03-31 23:15:48
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转载 ChIP-seq基本分析流程
前年在中科院做培训时，整理了一套ChIP-seq分析流程，截选实战部分，略作修改，分享出来，希望大家指正。那次培训内容比较杂，还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库...
2018-03-31 00:00:00
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转载 Nature Reviews：给医生的菌群分析指南(上)
本文转载自“态昌基因”，己获授权。最近人体共生微生物，尤其是肠道菌群，简直火的不要不要的，经常是CNS的坐上客。各位老板有没有心动啊~菌群（特别是肠道菌群）的群落组成和功能的变化，与各种...
2018-03-31 00:00:00
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转载 中国科学家Cell重要评述文章: 宏基因组学成为病毒分类新方法
比起其他的地球生命体，人类对病毒的了解可谓“冰山一角”。宏基因组学作为新型研究工具，拓宽了人类对病毒多样性的认识。本期文献分享的是发表于《CELL》的题为“Using Metagenom...
2018-03-30 00:00:00
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转载 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
做幻灯展示是我们日常工作中不可缺少的一部分，有的人喜欢用代码如Latex,markdown+pandoc+revealjs或bookdown。这些都是自动化做幻灯的好工具。我也都有过...
2018-03-30 00:00:00
358
原创 Google Chrome插件导出与安装
很多电脑无法翻墙，无法安装Google Chrome商店的插件而且这些插件又没有下载地址，无法下载。我们可以通过另一台可以翻墙的电脑安装，然后导出安装程序，在这台电脑上安装即可。以Windows10系统下Google Chrome中的FoxyProxy插件为例1. 在可上google的电脑上安装插件菜单 —— 更多工具 —— 扩展程序 —— 点左侧菜单 —— 打开Chr...
2018-03-29 13:29:49
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转载 《Cell》杂志22篇微生物文章文章为微生物组领域疯狂打Call！
本文转载自“转化医学平台”，己获授权。引言近日，最新国际著名期刊《Cell》杂志用了整个一期，刊登了二十几篇关于微生物研究的文章，以“live in their world”为主题，其中...
2018-03-29 00:00:00
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原创 根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展(Biotechnology Advances IF=10)
原题目：Microbially Mediated Plant Salt Tolerance and Microbiome-based Solutions for Saline Agric...
2018-03-28 00:00:00
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转载 一文读懂代谢组学
本文转载自“微生太”，已获授权。代谢组学的研究范畴聚焦于代谢产物所经历的化学过程。采用高精尖的分析仪器，对细胞内的代谢物进行定性和定量分析。与基因组学、转录组学、蛋白质组学一样，代谢组学...
2018-03-28 00:00:00
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转载 ggplot2笔记4 语法基础
本公众号R语言和ggplot2笔记系列作品为袁志林老师学员创作，请关注今天二条袁老师组博后招聘启事。ggplot2绘图基础：1初识ggplot2、基本用法以及如何绘制几何对象2图层的使用...
2018-03-28 00:00:00
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原创 综述：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
本文原创首发宏基因组公众号作者：秦媛根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展 原题目：Microbially Mediated Plant Salt Tolerance and Microbiome-based Solutions for Saline Agriculture 作者：Yuan Qin(秦媛), Irina S. Druzhinina , Xueyu Pan...
2018-03-27 23:34:26
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原创 中国林科院亚热带林业研究所林木根际微生物博士后招聘启事
中国林科院亚热带林业研究所林木根际微生物博士后招聘启事根据工作和学科发展需求，中国林科院亚热带林业研究所（位于杭州市富阳区）袁志林老师研究小组面向全国招聘1名博士后（优秀的出站博后也可以考虑）。图1 中国林业科学研究院亚热带林业研究所俯瞰一、研究方向林木根际微生物组结构和功能，具体内容包括：1） 重要树种根际重要共生菌资源；2）促生适逆林木根际微生物组形成机制；...
2018-03-26 20:17:38
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原创 有声专栏-宏基因组专业词汇讲解——001宏基因组
宏基因组专业词汇讲解——001宏基因组有声专栏-宏基因组专业词汇讲解开播了，点击上方播放本词条的有声版。也可在喜马拉雅FM中搜索《宏基因组》持续收听本专辑更新。对于刚接触宏基因组的同学，想必有很多概念不明白，那么接下来就让我带领大家走进宏基因组。今天先让我们系统的认识一下宏基因组。宏基因组基本概念自然界中存在数量巨大、种类繁多的微生物，人类目前仅分离培养了其中很小的一部分。如何...
2018-03-26 11:30:25
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转载 如何开启win10内置Linux子程序
本文转载自“基因学苑”，己获授权。编者按自2016年推出之后，windows系统也内置一个 Ubuntu Linux 子系统环境了。现在这样三大主流操作系统都可以使用几乎统一的命令行操作...
2018-03-26 00:00:00
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原创 央视与遗传发育所合拍《走进科学-小菌株大作为》——枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
我国是世界上最大的抗生素生产和使用国，同时也是细菌耐药性的重灾区。抗生素滥用问题在医疗特别是畜牧业领域尤其严重。畜牧业养殖户普遍将饲用抗生素添加到饲料中，当做保健品给动物防病，促进动物生长。而这会导致“超级细菌”的出现，污染环境，损害人们身体健康。无抗饲养是畜牧业健康发展的目标，如何减少畜牧业抗生素的使用已是全世界共同关注的话题。枯草芽孢杆菌广泛存在自然界中，对人畜无毒无害，不污染环境，是...
2018-03-24 22:03:07
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转载 苏联“学术神棍”的冒牌祖师，活着打脸孟德尔，死后一统苏联生物学界
苏联与美国的太空竞赛总是看得人热血澎湃。但在生物学领域，苏联完全被美国吊着打。苏联学术其实不弱的，诺贝尔物理学奖拿到手软，生物学领域也有名家坐镇。研究狗拿了诺奖的巴普洛夫、致力于让人民吃...
2018-03-24 00:00:00
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转载 ggplot2笔记3：工具箱——误差线、加权数、展示数据分布
ggplot2绘图基础：1初识ggplot2、基本用法以及如何绘制几何对象2图层的使用——基础、怎样加标签、注释今天我们学习第三章的最后几节，其中的“绘制地图”部分，因为我木有顺利安装m...
2018-03-23 00:00:00
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原创 手把手教你生信分析平台搭建
宏基因组按：此系列教程为基因学苑的王通老师原创发布。非常适合刚接受生信，又有服务器管理需求的小伙伴做为入门材料，一共20篇文章，内容涉及服务器选购、Linux系统安装、用户管理、软件安装、软件兼容环境、Galaxy/Rstudio服务器配置等多方面。助你快速入行，轻松成为兼职服务器管理员的技术达人。本文为宏基因组对本系列教程的导读和介绍，方便大家收藏和查阅自己需求的内容。文中蓝字均为链...
2018-03-22 23:20:14
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原创 16S+功能预测也能发Sciences：尸体降解过程中的微生物组
Metcalf, J. L., et al. (2016). “Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition.” Science 351(6269): 158-162. 于2015年12月10日在线发表，截止至18年3月21日Google统计引用88次。...
2018-03-21 20:12:31
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原创 扩增子项目动辄几百上千样品，如何写好实验设计——样品和组命名规则
我们之前分享了《样本命名注意事项——优秀的课题从一个好名字开始》，让大家了解了样品命名的基本规则，方便与分析人员的合作与沟通，结果的展示和可读性。今天再给大家带来两个命名的实例，助力大家写出规范易读的实验设计，加速科进进展，增加有效沟通。样品命名经验总结：只使用字母数字组合；字母开头；样品和组名包括基本实验设计便于理解。光説不练假把式，上实例。最简单实例——单分...
2018-03-20 13:06:40
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原创 用db-RDA进行微生物环境因子分析-“ggvegan“介绍
前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，β多样性分析。通俗来讲，α多样性就是样本内的物种多样性。β多样性是指在地区尺度上，物种组成沿着某个梯度方向从一个群落到另一个群落的变化率。即...
2018-03-20 00:00:00
2049
原创 用ggvegan包进行db-RDA微生物环境因子分析
本文“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下 编辑：metagenome前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。β多样性是指在地区尺度上，物种组成沿着某个梯度方向从一个群落到另一个群落的变化率。即沿着某一环境梯度，物种替代的速率、物种周转率等。排序的过程是将样品或微生物物种排列在一定的空间， 使得排序轴能够反映一定的生...
2018-03-19 20:40:29
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转载 ggplot2笔记2：图层的使用——基础、怎样加标签、注释
一点碎碎念：今天开始看第三章Toolbox， 主要讲的是图层的用法，在图像的基础上，图层可以让plot的信息更加丰富和完整，于是就有了怎样加标签，加注释等等。这些内容虽然不难但是很琐碎，...
2018-03-19 00:00:00
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转载 给不爱洗手找个理由——皮肤共生菌可以促进伤口愈合
本文转载自“态昌基因”，己获授权。上周末小昌被家属骂了两次，原因如下：第一次是因为没洗手就摸面包，第二次是因为洗手没打肥皂。做为一个女孩（han）纸（zi），因为洗手的问题被骂了N次，面...
2018-03-18 00:00:00
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转载 ggplot2笔记1：认识ggplot2、基本用法以及如何绘制几何对象
宏基因组按：科研中数据分析解读占用了我们太多时间，学习R语言是生物测序领域数据(reads count表)分析及可视化的首选。举个例子，扩增子分析从fastq到OTU表通常只有de no...
2018-03-18 00:00:00
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转载 钻进眼球的致盲寄生虫威胁近亿人，却只是生存竞争的失败者
2015年，是中国科学界沸腾的一年。“中国女科学家屠呦呦凭青蒿素治疗疟疾，摘得了诺贝尔生理学或医学奖”，如此重磅的新闻几乎吸引全球目光。颁奖典礼上的屠呦呦更是万众瞩目，我们可能没有留意到...
2018-03-17 00:00:00
336
转载 R语言笔记5：控制结构
R语言基础系列前情提要：1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互3数据筛选——提取对象的子集4：向量、矩阵的数学运算Control Stru...
2018-03-16 00:00:00
607
转载 第六届数学、计算机与生命科学交叉研究青年学者论坛 (大牛云集的生信会议，免注册费且提供午餐）...
第六届数学、计算机与生命科学交叉研究青年学者论坛--会议注册通知 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛旨在加强从事 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者之间...
2018-03-15 00:00:00
286
转载 R语言笔记4：向量、矩阵的数学运算
R语言基础系列前情提要：1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互3数据筛选——提取对象的子集Vectorized OperationsR中许...
2018-03-14 00:00:00
450
转载 R语言笔记3：提取R对象的子集
R语言基础系列前情提要：1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互Subsetting R Objects取子集的三种基本方法[ ：“单方括号...
2018-03-13 00:00:00
2687
转载 用顺丰寄便便，可以吗？最新室温存储样本宏基因组学研究文章
本文转载自“微微悦明”,己获授权目前粪便宏基因组学样本处理的金标准仍是“新鲜样本”或“-80度保存”。然而，临床上确实很难做到！虽然市场上已有很多款常温样本存储液，但其效果是否真和宣传一...
2018-03-13 00:00:00
1493
转载 如何入门生信Linux
生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗...
2018-03-12 00:00:00
1024
转载 Nature替宠物正名了：宝宝身体好，猫狗或真不可少！
本文转载自“态昌基因”，己获授权。又到了可以陪家人朋友宠物的周末啦作为家里有两只橘猪的资深猫奴，小昌的日常生活就是上班吃饭撸猫铲屎。萌萌的小动物让家闹腾了许多，也温馨了许多。每天回到家，...
2018-03-10 00:00:00
363
原创 VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH！
前言前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器！该软件依靠大神Robert Ed...
2018-03-09 00:00:00
2557
3
原创 VSEARCH让你免费使用无内存限制的USEARCH
本文“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下 编辑：metagenome前言前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器！该软件依靠大神Robert Edgar开发的UPARSE,UNOISE等算法，在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等步骤的准确度以及效率上显著高于老牌的mothu...
2018-03-08 13:43:17
7114
6
转载 R语言笔记2：读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
R语言基础系列前情提要：- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）Getting Data In and Out of R（一）读取数据读取数据所需的几种函数：read.tabl...
2018-03-08 00:00:00
688
转载 R语言笔记1：数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
宏基因组按：科研中数据分析解读占用了我们太多时间，学习R语言是生物测序领域数据(reads count表)分析及可视化的首选。举个例子，扩增子分析从fastq到OTU表至多是de nov...
2018-03-07 00:00:00
1789
转载 微生物培养的福音：一个直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站！！！...
本文转载自“微生物生态”，己获授权，本平台编辑对内容进行测试和更新。今天卢瑟菌给大家隆重推出一个超级好的网站，网站名字叫KOMODO(Known Media Database)，没错，网...
2018-03-06 00:00:00
469
转载 微生物培养的福音：一个直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站
【本文转载自“微生物生态”公众号，作者卢瑟菌，己获授权，本平台编辑对内容进行测试和更新。】今天卢瑟菌给大家隆重推出一个超级好的网站，网站名字叫KOMODO(Known Media Database)，没错，网站作者就是严(tiao)肃(pi)地把科莫多巨蜥的照片放在了网站主页，见下图1左上角。言归正传，这个网站的神奇之处就在于可以根据细菌或古菌16S rDNA的序列来预测培养该菌的培养基配方！...
2018-03-04 22:12:33
3786
转载 漫画详解：厌氧君和好氧君，谁才是明日之子？
来源：环保水圈（ID：njrjt2010)；作者：环保一哥随着能源危机爆发，以厌氧消化为主体的水处理系统也逐渐增多，而且大规模的厌氧消化工厂也相继建立。人类活动会产生大量有机物垃圾，相信...
2018-03-04 00:00:00
354
Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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