2018年04月_刘永鑫Adam

原创 RandomForest：随机森林预测生物标记biomarker——回归

关于随机森林的简介和应用理论，请阅读之前分享的文章：一文读懂随机森林在微生态中的应用关于随机森林进行分类的入门实战，请阅读之前分享的 - 《RandomForest：随机森林预测生物标记biomarker——分类》，大家可以学习此文，实现分组挖掘两组或多组的特异Features，也可以展示特征的贡献度，获得分类评估的准确度，以及使用新数据进行预测，无监督的随机森林等基础技能。...

2018-04-30 23:54:49 7812 1

转载三文读懂PCA和PCoA（一）

本文转载自“金唯智生物科技”，已获授权。在微生物NGS测序领域的高分文章中，PCA（主成分分析）和PCoA（主坐标分析）会很常见。甚至在RNA分析领域，很多研究和文章也会依据基因的表达量...

2018-04-30 00:00:00 9932 1

转载教你用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树

这是一个靠颜值也能吃饭的时代，比如现实生活中的网红脸，炫酷霸气的法拉利赛车都会更轻易地博取观众的眼球。时至今日，科研文章也紧随时代潮流，文章中各种高大上的配图层出不穷。究其原因主要包括两...

2018-04-28 00:00:00 8132

转载 WGCNA分析，简单全面的最新教程

本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。WGCNA基本概念加...

2018-04-26 00:00:00 4602 1

转载 Evolview：进化树美化进阶

本文转载自“美吉生物”，己获授权。上次给大家介绍了Evolview较基础的操作使用方法。没印象？没看到？那先戳这里如何提升系统进化树的颜值？小美教你轻松搞定，今天我们要进阶啦，玩玩它的高...

2018-04-25 00:00:00 4280 1

原创 RandomForest：随机森林预测生物标记biomarker——分类

随机森林简介R randomForest包安装与加载分类Classification分类结果主坐轴分析随机选取2/3预测，1/3验证无监督分类分层抽样Reference猜你喜欢写在后面随机森林简介如果读者接触过决策树（Decision Tree）的话，那么会很容易理解什么是随机森林。随机森林就是通过集成学习的思想将多棵树集成的一种算法，它的基本单元...

2018-04-24 22:22:49 10336

原创 MetaPhlAn2-增强版宏基因组分类谱工具-一条命令获得宏基因组物种组成

简介MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，它在宏基因组研究中非常有用，只需一条完命令即可获得微生物的物种丰度信息(扩增子物种组成需要质控、拼接、拆...

2018-04-24 00:00:00 649 1

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》，大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学，真正实现独立分析大数据。关于学习生物信息学分析的重要性，请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。...

2018-04-23 23:23:43 2039

转载有了这个科研思路，高水平SCI就在手边！

本文转载自“科研小榴莲”，己获授权。看最新科研报道有的人学到的是知识而有的人看到的是思考方法和逻辑《淮南子》中写到“以小见大，一叶落而知岁之将暮”今天小榴莲就和大家一起来看一篇scien...

2018-04-22 00:00:00 241

原创 MetaPhlAn2-增强版宏基因组分类谱工具

简介MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，它在宏基因组研究中非常有用，只需一条完命令即可获得微生物的物种丰度信息(扩增子物种组成需要质控、拼接、拆样本、切除引物、比对等步骤，此软件居然分析宏基因组这么方便)。同时配合自带的脚本可进一步统计和可视化。主页：http://segatalab.cibio.unitn.it/tools/metaphlan2/...

2018-04-21 17:25:19 18176

原创水稻微生物组时间序列分析精讲1-模式图与主坐标轴分析

写在前面上周五我们分享了3月底发表的的《水稻微生物组时间序列分析》的文章，大家对其中图绘制过程比较感兴趣。一上午收到了超30条留言，累计收到41个小伙伴的留言求精讲。我们也争取花时间把此文的原始代码整理并精讲，祝有需要的小伙伴能有收获。本系列按原文4幅组图，共分为4节。本文是第一节，模式图与主坐标轴分析。先回顾一下图1的内容。图1. 水稻根系微生物随时间变化吗？...

2018-04-19 14:36:13 3295 5

转载你的肠道菌群是遗传自你父母，还是后天环境塑造的？

本文转载自“Nature自然科研”，己获授权原文以Microbiome: Nature or Nurture?为标题发布在2018年2月28日的自然微生物讨论社区上原文作者：Eran S...

2018-04-18 00:00:00 450

转载四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？

本文转载自“Nature自然科研”，己获授权根据3月19日《自然》在线发表的一项大规模筛查研究Extensive impact of non-antibiotic drugson hu...

2018-04-18 00:00:00 295

转载二代三代转录组测序分析实战班

本文原创“生信宝典”公众号，作者陈同。转录组大家都很熟悉了，我们之前也有几篇介绍：转录组分析的正确姿势39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)120分的转录组考题，你能得多少年前开了一期二代转录组线下研讨班，效果挺好，大家学的很扎实，不少朋友又继续参加了后续其它内容的培训课程。在一起学习，一起聊天，互相有些收获；能得到持续的认可，是我们最好的动力。...

2018-04-17 20:44:06 2975

转载 ggplot2笔记5：通过图层构建图像

ggplot2绘图基础系列：1初识ggplot2、基本用法以及如何绘制几何对象2图层的使用——基础、怎样加标签、注释3工具箱——误差线、加权数、展示数据分布4语法基础Build a Pl...

2018-04-17 00:00:00 735

转载 Evolview：提升系统进化树颜值

本文转载自“美吉生物”，己获授权。在这个爱美的时代，科研文章也紧随时代潮流，文章中各种高大上的配图让人耳目一新。究其原因主要包括两点：一是在科研数据和内容更加丰满而文章发表配图张数受限的...

2018-04-16 00:00:00 5297

转载 Cell综述：人与肠道菌群休戚与共的一生

本文转载自“态昌基因”，己获授权。俗话说的好啊：体胖还需勤跑步，人丑就要多读书。（俗话：你特么的又来坑我……）开玩笑了，小昌就写这么几个字会被老板炒了的继续哈虽然如此~但是大神会用大神的...

2018-04-15 00:00:00 1017

转载无脑单细胞竟会走迷宫、规划交通路线，这种难以归类的生物重定义了智能

本文转载自公众号SME在电子游戏的一般套路设定下，蠢萌的史莱姆总是那个最低级的怪物。它们几乎没有智商可言，攻击手段单一且总是以动技能著称，正所谓“烂泥扶不上壁”。而纵观各个类型的史莱姆，...

2018-04-14 00:00:00 578

转载两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法

本文转载自“微生物生态”，己获授权1. 研究背景在宏观生态学研究中，物种的种类、物种绝对含量和物种相对丰度是描述群落结构的三个必备指标。聚焦土壤微生物生态研究，高通量测序分析技术极大拓宽...

2018-04-12 00:00:00 2583

转载 R语言笔记6：在R中写一些简单的函数、functions基础和作用域

R语言基础系列：1数据类型（向量、数组、矩阵、列表和数据框）2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互3数据筛选——提取对象的子集4向量、矩阵的数学运算5控制结构Your first R...

2018-04-11 00:00:00 9142

原创水稻微生物组时间序列分析

中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律图文详解水稻根系微生物随时间变化吗？微生物组随时间变化的规律哪些菌门随时间呈现规律变化呢?哪些菌可以作为生育时间的biomarkers?猜你喜欢写在后面中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律文章主页：http://engine.scichina.com/publisher/scp...

2018-04-10 21:12:32 2527 2

原创你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？

作为一门高级语言，R语言拥有独特的语法，比如今天说道的赋值符号。在其他语言里，赋值符合通常用一个等号(=)表示，而在R语言里，承担这个任务的可以是箭头(<-)符号，也可以是等号（=...

2018-04-10 00:00:00 2561

原创多元回归树分析Multivariate Regression Trees，MRT

作者：陈亮单位：中国科学院微生物研究所多元回归树分析多元回归树（Multivariate Regression Trees，MRT）是单元回归树的拓展，是一种对一系列连续型变量递归划分成多个类群的聚类方法，是在决策树(decision-trees)基础上发展起来的一种较新的分类技术。同一般回归模型一样,MRT也需要因变量(响应变量，群落学中一般是物种数据)和自变量(预测变量，一般为...

2018-04-09 21:37:01 13766 13

原创你知道R中的赋值符号箭头和等号的区别吗？

作者：陈亮单位：中国科学院微生物研究所你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？作为一门高级语言，R语言拥有独特的语法，比如今天说道的赋值符号。在其他语言里，赋值符合通常用一个等号(=)表示，而在R语言里，承担这个任务的可以是箭头(<-)符号，也可以是等号（=）。这就导致许多R语言初学者，分不清R语言中的赋值到底是使用箭头（<-）还是等号（=）？许多早...

2018-04-09 20:05:05 13677 1

转载 fastp: 极速全能的FASTQ文件自动质控+过滤+校正+预处理软件

软件作者介绍陈实富博士，海普洛斯联合创始人 / CTO海普洛斯是全球领先的精准医疗和基因大数据国家高新技术企业，拥有Illumina NovaSeq、 HiSeq X10、NextSe...

2018-04-09 00:00:00 8052 1

转载 Nature Reviews：给医生的菌群分析指南(下)

本文转载自“态昌基因”，己获授权。Nature Reviews：给医生的菌群分析指南(上），主要从实验阶段介绍了以下7方面，不清楚的请点击链接跳转原文阅读。1. 样本选择2. 样本的采集...

2018-04-08 00:00:00 4112

转载差点被人类消灭的疾病，科学家说是苏联让它重新肆虐全球？

在古代，很多疾病都被列为了绝症。比如伤寒、痢疾、狂犬病、破伤风等等大部分细菌或病毒感染的疾病。当时人们一旦沾上这些不治之症，就只能在痛苦中等待死亡。狂犬病患者现代医学的发达令它们成为了可...

2018-04-07 00:00:00 291

转载土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学

本文转载自“微生态笔记”，己获授权。摘要土壤微生物主导着包括植物生长和碳等元素循环在内的各种重要过程。但是大部分土壤微生物目前还不能分离培养，它们的功能还处在未知状态。尽管现在宏基因组测...

2018-04-06 00:00:00 3922

原创植物根际微生物组也有昼夜节律

植物根际微生物组存在昼夜节律文章2017年6月发表在Microbiome上，与2016年Cell发表《微生物组昼夜节律影响宿主转录组波动》的小鼠文章思路相似，但材料原创。摘要背景昼夜节律调控植物的代谢功能，甚至影响植物的健康和繁殖。根际细菌主要受土壤类型影响，其对植物生长、健康和发育中起至关重要的作用。使用Illumina新一代测序结合高分辨率质谱技术，我们对拟南芥野生...

2018-04-04 23:56:56 2449

转载表观调控高通量测序分析培训开课啦

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年4月14日在北京鼓楼推出《ChIP系列高通量测序分析专题培训》，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个表观修饰实战分...

2018-04-04 00:00:00 186

原创 Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫

文章简介摘要背景介绍正文热心肠导读Reference猜你喜欢写在后面文章简介随着肠道菌群研究的不断深入，极大的革新了人们对于肠道菌的看法。17年11月22日上线的Nature文章，讲述了肠道菌群到底是如何影响肠道免疫系统的健康。我们吃饭的时候，不仅仅只是填报自己的肚子，同时还养活了肠道中不计其数的肠道菌群。在过去的15年中，研究人员发现，肠道微生物...

2018-04-02 20:50:35 27357

原创自动刷新某个指定网页

我们经验要刷新某个网页，来获得一定的虚拟货币，或是阅读量，如何自动操作呢？以百度主页为例，新建一个纯文本文件，内容如下，保存为refresh.html<html><head><meta http-equiv="refresh" content="60"></head><frameset><fr

2018-04-01 22:56:42 2106

原创 makefile经验笔记

makefile笔记字符需要转意，输入字符需要转意，输入字符需要转意，输入$替换x=a b c d 方式直接建立数组，而shell中需要加引号变量需要用()或{}包围，而shell中只能用{}cd /tmp && you-operation-cmds # 切换目录变执行命令makefile帮助文档make - GNU make utility to mai...

2018-04-01 22:52:40 792

原创使程序在Linux下后台运行，程序运行前后台切换

转自http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2011/08/02/2125511.html，有修改。一、为什么要使程序在后台执行我们计算的程序都是周期很长的，通常要几个小时甚至一个星期。我们用的环境是用Xshell远程连接到Linux服务器。所以使程序在后台跑有以下两个好处：1：我们这边是否关机不影响服务器的程序运行。（不会像以前那样...

2018-04-01 22:50:00 663

原创 Nature Genetics：微生物如何适应植物的？(articles)

文章简介通讯作者简介细菌基因组适应植物的特征摘要表1. 本研究使用的菌来源图1. 本研究中使用细菌基因组，以及其中差异的功能分类丰度图2. 多方法验证预测微生物基因组中的植物相关基因图3. 植物/根系相关细菌中富集的蛋白和蛋白结构域图4. 微生物与植物相似的基因家族。图5. 植物和土壤相关细菌存在鞭毛类基因簇偶发的出现在伯克氏菌目图6. Jekyll和Hyde基因快速多样...

2018-04-01 22:09:53 2840

原创宏基因组-微生物组文章目录索引(180401)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众...

2018-04-01 00:00:00 384

刘永鑫的博客——宏基因组公众号