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2018-08-31 00:16:37
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原创 R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
Data Analysis for the Life Sciences是哈佛大学PH525x系列课程——生物医学中的数据分析(PH525x series - Biomedical Data Science )，课程全部采用R语言进行统计分析理论教学与实战。教材采用Rmarkdown语言编写，易轻松易读，又保证分析的可重复性，代表了科学界最先进的可重复计算要求，我们不仅可以系统学习一个生物学...
2018-08-31 00:13:13
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原创 Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
软件管理器conda选择一、Anaconda安装 603Mb选择二、Miniconda安装 38MbCodna配置Conda安装软件指定虚拟环境、python版本和软件版本安装查看己安装软件的版本和依赖关系Reference猜你喜欢写在后面其它之前很多人都用过Conda，特别是生信科学家近两年都在用Bioconda，那叫一个妙不可言、根本停不下来。这里...
2018-08-30 19:52:04
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原创 微生物组—宏基因组分析专题培训开课啦！10月北京
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年10月19-21日，北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。...
2018-08-30 12:44:38
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转载 Microbiome综述|植物内部微生物的相互作用
本文由殷继忠编译，董小橙、江舜尧编辑。“微生太”原创微文，转载己获授权，欢迎转发。导读通过植物内菌群结构的差异证实植物不同部位对微生物具有极强的选择性。我们对植物相关微生物群落间相互作用...
2018-08-29 00:00:00
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转载 Protein&Cell综述|解析宿主基因组和微生物的复杂互作(王军组作品，万字全文翻译)...
本文转载自“热心肠先生”,己获授权。2018年5月，Protein & Cell杂志特别为中国肠道大会推出了主题为“Microbiota and Human Health”的专...
2018-08-27 00:00:00
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原创 宏基因组理论教程7挖掘微生物组生物标记
之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。对于英文原版教程，很多新人有看不懂，学不会的问题。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容进行了更新，方便广大同行入门者学习。教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群...
2018-08-25 18:14:54
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原创 宏基因组理论教程6宏转录组
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2018-08-25 18:03:57
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原创 宏基因组理论教程5宏基因组功能组成
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2018-08-25 17:32:30
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原创 宏基因组理论教程4宏基因组物种组成
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2018-08-25 17:26:59
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原创 宏基因组理论教程3PICRUSt功能预测
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2018-08-25 16:57:40
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原创 压缩解压工具gzip、pigz、gtz大比较
软件测试于Ubuntu 16.04LTSubuntu环境下默认~/bin为个人环境变量目录比较Linux系统自带gzip工具、多线gz压缩工具pigz、以及最新适合fastq压缩又快又小的软件GTX(自称只有传统gzip的1/6体积，实测单线程速度快了3倍，体积减少为gzip的2/3大小)软件下载和安装gzip系统默认，无须安装pigz多线程压缩工具，可通过Ubuntu系统...
2018-08-25 15:51:27
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原创 宏基因组理论教程2扩增子分析
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2018-08-24 20:55:03
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原创 宏基因组理论教程1宏基因组简介
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2018-08-23 22:34:26
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转载 Gut-2018-菌群标志物有望诊断早期肝癌
本文转载自“态昌基因”,已获授权肠道微生物组分析做为早期肝癌的一种靶向无创标志物的工具Gut microbiome analysis as a tool towards targeted...
2018-08-22 00:00:00
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转载 功能基因多样性研究概述
本文转载自“美吉生物”，已获授权。不知道各位从事或即将从事微生物群落功能生态学研究的大虾有没有留意到，通过功能基因扩增子测序技术研究微生物群落功能的文章，一般多会将测序获得的核酸序列通过...
2018-08-22 00:00:00
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转载 ISME|宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
本文转载自“美格基因”,己获授权。推荐指数：★★★★★阅读时间：4分钟文本字数：1880字佳作推荐利用群落转录组拼接揭示参与深海碳氮循环的微生物Community transcript...
2018-08-21 00:00:00
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转载 感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
本文转载自“SME科技故事”,已获授权。外出踏青时大概都有过在野外洗手、洗脸甚至洗澡的经历。然而，看似清澈透明的水实则含有不少细菌、病毒以及寄生虫等。其中，最恐怖的莫过于有“食脑虫”之称...
2018-08-19 00:00:00
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原创 SourceTracker—微生物来源分析
前一阵我们翻译Rob Knight的综述，1.8万字，让你熟读2篇轻松握微生物组领域分析框架、把握未来分析趋势。目前在宏基因组平台累计过万人次，热心肠平台首发阅读7600+，科学网加精置顶阅读6500+，三大平台阅读人数超过2.5万余次。还没有仔细学习的，赶快读两遍吧！Nature综述：大佬手把手教你分析菌群数据——1.8万字其中提到了一款追踪微生物来源的软件SourceTrack...
2018-08-16 23:00:30
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原创 iTOL美化进化树实战：标签、枝修饰，分组着色
进化树 一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化之前讲了很多进化树的理论，但实战还是有困难。今天来一个树的实战。http://itol.embl.dea, 基于3837个高质量基因组中31个单拷贝基因的最大似然树。最外圈展示分类组，中圈展示其来源，内圈展示植物相关的根相关基因，还可以在线iTOL查看可交互的树(https://itol.embl.de/...
2018-08-16 20:48:09
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原创 微生物组核心OTU鉴定usearch otutab_core
扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档otutab_corehttp://www.drive5.com/usearch/manual/cmd_otutab_core.html 鉴定核心微生物组——大多数样品中出现的OTUs，这也是Usearch11新增的功能。本质上是统计每个OTUs...
2018-08-16 20:29:54
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原创 想要出国读博作博后的看过来：德国马普育种所植物与微生物互作方向招收3名博士1名博后
植物微生物组方向招生招聘4 DFG-funded positions to study the plant microbiota德国科隆马克思普朗克植物育种研究所植物与微生物互作中心现向海内外招收3名博士生，1名博后职位。 主要研究方向为群体水平植物与微生物互作、植物免疫在微生物组形成中作用、植物微生物组数据计算分析流程开发。**The Department of Plant...
2018-08-16 19:12:27
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原创 宏基因组学习交流4群成立
欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！本文“宏基因组”原创，更多文章点我跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。本公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻...
2018-08-16 09:37:39
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转载 Nature Microbiology: 微生物数据的系统发育分析方法
本文转载自美格基因，己获授权。佳作推荐推荐指数：★★★★★阅读时间：4分钟文本字数：1800字推荐理由：这篇文章总结了对微生物组数据的系统发育进行分析的几种方法，举例说明不同方法适用的...
2018-08-16 00:00:00
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原创 扩增子分析QIIME2(2018.6). 1简介和安装
扩增子分析QIIME2. 1简介和安装QIIME2版本 2018.6简介优点学习思路什么是QIIME 2？核心概念安装原生安装QIIME2虚拟机安装使用VirtualBox方式安装亚马逊云安装使用Docker方式安装QIIME 2 2018.6版本核心插件附1. 核心概念数据文件: QIIME 2文件数据文件：可视化语义类型插件方法和可视化下...
2018-08-15 10:17:54
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转载 肠道微生物的研究不复杂，不信看这篇Science
本文转载自“小张聊科研”，已获授权。今天咱们再来讨论一个科研热点：肠道菌群，Gutmicrobiota。肠道是人体最大的消化和排毒器官，肠道中寄生着数以计亿的细菌，并不都是人类的朋友，...
2018-08-15 00:00:00
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原创 PNAS-2018-多年多点5千样本鉴定玉米根际可遗传微生物
摘要重要性图1. 环境与年龄根际微生物群落结构图2. 2010年田间个体广义遗传力鉴定2010年可遗传OTUs图3. 可遗传OTUs进化关系材料与方法概述玉米根际土收集和准备16S扩增子处理和分析Beta多样性和Adonis检验基因型与Beta多样性差异丰度OTUsAlpha多样性微生物对气候的影响遗传力分析变异组成高精度的假单孢菌OTUs核心微生物组的鉴...
2018-08-13 17:53:59
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转载 PLOS Biology: 发现一种固氮玉米
本文转载自植物表型资讯，己获授权。近日，美国研究人员在PLOS Biology撰文，发现一种固氮玉米，植物表型资讯简介如下：玉米（Zea mays L.）是美国种植面积最大的粮食作物，种...
2018-08-13 00:00:00
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原创 Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
人类肠道微生物组：从关联到调控图1. 靶向调控微生物组与人类肠道微生物组成相关的协变量图2. 微生物组影响因素专栏1. 为什么我们只能解释如此少的微生物组变异包括疾病和宿主年龄相关的微生物状态宿主外在因素：药物、饮食、生活方式、BMI和粪便粘稠度内在宿主因素，如遗传环境因素研究微生物组关联的局限性实验技术引入的变异特异性和间接关联分类精度和功能描述缺乏专栏2...
2018-08-11 10:06:18
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原创 USEARCH11新功能——OTU表抽平otutab_rare
http://www.drive5.com/usearch/manual/cmd_otutab_rare.html稀疏、抽平otutab_rare 抽样OTU比至某个指定数据量，方便比较Alpha多样性，对于抽平后的OTU表，会自动删除不满足样本量的样品，还会去除全为零的OTUs使用实战usearch11 -otutab_rare otutab.txt -sample_si...
2018-08-08 21:48:05
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原创 植物微生物组文章目录(180807)
本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome作者：植物微生物组原文链接：植物微生物组公众号植物微生物组文章目录组内文章中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律Nature Methods: 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集 Giga Sciences: 植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析...
2018-08-08 20:46:31
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原创 2018谷歌学术指数发布——看看综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志
谷歌学术指数简介2018年8月2号，谷歌发布了2018年度的学术指数（Google Scholar Metrics），用来评价各个领域杂志的影响力。该系统主要包括H指数（h-index或Hirsch index），H核心（h-core），H中值（h-median），H5指数（h5-index），H5核心（h5-core）和H5中值（h5-median）H指数于2005年由美国加利福...
2018-08-08 20:42:58
2993
转载 Nature综述: 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
本文转载自“微生态笔记”，己获授权。标题Keystone taxa as drivers of microbiome structure and functioning期刊Nature ...
2018-08-08 00:00:00
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原创 基础002. Editplus编辑远程文件
本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome作者：刘永鑫编辑：翟志文原文链接：基础002. Editplus编辑远程文件Editplus 远程打开、保存文件下载Editplus（https://www.editplus.com/）后默认安装，然后百度检索软件对应版本的注册名和序列号将之填入对应的框内。设置Editplus，添加Open Remo...
2018-08-07 19:52:09
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原创 基础004：R语言数据处理和变换——dplyr
dplyr背景简介安装和数据准备常用函数变量筛选select数据筛选filter排序arrange创建新变量mutate本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome作者：秦媛原文链接：基础004：R语言数据处理和变换——dplyr（1）dplyr背景简介在处理数据的过程中，经常需要根据需求从完整的实验设...
2018-08-07 19:43:14
3741
原创 Basic005. Intro to statistics basic terms统计名词介绍
本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome作者：Tank原文链接：Intro to Statistics with R (HarvardX series PH525x)Introduction to Random Variables这个哈佛大学的 PH525x公开课相对基础通俗也不失其专业性，适合生统生信领域甚至纯生物背景的人士自学，整个系列教程结合...
2018-08-07 19:36:13
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原创 基础006 宏基因组入门理论以及分析环境的部署
本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome作者：zhiwen原文链接：基础006 宏基因组入门理论以及分析环境的部署一、宏基因组核心思想鉴定菌群组成鉴定菌群内基因组成鉴定功能基因组成菌群之间的关系菌群和宿主之间的关系二、宏基因组的实验思路及流程 1. 实验设计、取样测序 1. 数据质控（宿主序列过滤） 1. 序列分析 ...
2018-08-07 19:28:36
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原创 PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物
本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome作者：张娜原文链接：PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 大家上午好，占用大家30分钟的时间，跟大家分享一下这篇文章。这篇文章的题目是：玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 首先介绍一下本篇文章的通讯作者：Ruth E. Ley：在马克斯—普朗克发育生物学研究所，康...
2018-08-07 19:19:03
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原创 vsearch2.8.1中文帮助文档(免费64位版usearch)
简介USEARCH是最好用的扩增子分析软件，但是代码不开源，可分析大数据的64位版收费，阻止了很多经费有限小伙伴的学习和使用。因此VSEARCH因时而生，免费、开源，让大家分析扩增子即方...
2018-08-07 00:00:00
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原创 vsearch2.8.1使用和命令简介——中文帮助文档(免费64位版usearch)
简介主要功能和命令行格式嵌合体检测聚类去冗余序列操作屏蔽序列两两比对搜索重排与排序抽样物种分类处理UDB数据库索引描述输入参数通用参数嵌合体检测参数聚类参数序列去冗余屏蔽序列选项成对比对选项搜索选项洗牌参数排序参数抽样参数 P29物种分类索引格式UDB P31刻意改变使用示例引文猜你喜欢写在后面简介...
2018-08-06 07:54:29
16718
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Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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