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2018-09-30 09:28:34
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转载 宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
本文转载自“微生态笔记”,已获授权。标题Metagenomics Sheds Light on the Ecology of Marine Microbes and Their Vir...
2018-09-30 00:00:00
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原创 iTOL快速绘制颜值最高的进化树！
iTOL简介大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无...
2018-09-29 00:00:00
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原创 树木根际微生物、树木-真菌互作研究方向博后和出站博后
文章目录树木根际微生物、树木-真菌互作研究方向博后和出站博后招聘一、研究方向二、应聘条件三、提交材料四、工资待遇五、平台优势六、交通优势和文化氛围七、研究概况及成果八、联系方式猜你喜欢写在后面树木根际微生物、树木-真菌互作研究方向博后和出站博后招聘根据工作和学科发展需求，中国林科院亚热带林业研究所（位于杭州市富阳区）袁志林老师研究小组面向全国招聘树木根际微生物、树木-真菌互作研究方向进站博后和...
2018-09-28 08:07:37
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原创 用iTOL网站快速绘制颜值最高的进化树！
文章目录iTOL简介iTOL的基本使用流程：怎么样才算是一颗高颜值的进化树呢？制作注释文件Windows软件安装Linux软件安装准备输入文件生成注释文件注释文件美化方案1. 属名称多分类层级方案2. 丰度柱状图方案3. 热图方案4猜你喜欢写在后面本文“宏基因组”公众号原创作者：中科院微生物所 周欣iTOL简介大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，...
2018-09-28 08:06:52
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转载 数据的质量控制软件——fastQC
本文转载自“计算表观遗传学”,己获授权。编者按目前的高通量测序技术可以在单次运行中产生数亿个序列。在分析此序列以得出生物学结论之前，应该执行一些简单的质量控制检查，以获得较好的原始数据，...
2018-09-28 00:00:00
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转载 Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
本文转载自“态昌基因”,已获授权。目录Community structure & Modularity文献解读实验设计Result 1 ：基于UWF矩阵的群落结构差异（PERMA...
2018-09-26 00:00:00
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转载 Nature综述: 宏基因组关联分析-深入研究微生物组
本文由谢忠杰编译，董小橙、江舜尧编辑，本文较长，建议用电脑阅读。“微生太”原创微文，转载已获授权。导读问题1：哪些疾病与人体微生物明确相关？问题2：如何研究人体微生物与健康的关系？宏基因...
2018-09-25 00:00:00
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转载 Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
本文转载自“态昌基因”,已获授权。又到了一年一度的中秋节，南北甜咸月饼战争的日子然而热爱科学的小昌并不关心咸甜月饼哪种更好吃，小昌最关心的，还是（请填空）正确答案：菌群微生...
2018-09-24 00:00:00
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转载 技术贴 | MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
本文由面瘫的猫编译，董小橙、江舜尧编辑。原创微文，欢迎转发转载。导读MetaboAnalyst是一款基于网络的用于代谢组学数据分析、注释，并整合其他组学数据的工具套件。本文介绍了这一实用...
2018-09-23 00:00:00
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转载 数据可视化基本套路总结
真依然很拉风，简书《数据可视化》专栏维护者，里面有很多优秀的文章，本文便是其中一篇。文章总结了多种数据可视化图形，并简要介绍了各种图形的作用，能为科研工作者在数据可视化阶段提供新的思路，...
2018-09-23 00:00:00
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转载 机洗内裤容易得暗病？这个锅我们袜子不背！
本文转载自”SME科技故事"，已获授权。内裤和袜子不能放在一起洗，这几乎是国人公认的结论。但在外国人看来，则觉得这是奇怪且不必要的行为。他们认为衣物放在一起洗很正常，分开洗反...
2018-09-22 00:00:00
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转载 创建属于自己的调色板
本文转载自“R语言中文社区”，已获授权。作者简介Introductiontaoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客:https://ytlogos.g...
2018-09-22 00:00:00
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转载 R语言绘图：28个实用程序包
本文转载自“阿虎定量笔记“，作者郑连虎，转载己获授权。其他人转载请联系原作者，点我跳转原文。全文注释# 示例参考帮助文档# 我用Rstudio重现了所有示例# 初识R语言，请戳我的原创...
2018-09-21 00:00:00
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转载 栖息地环境影响了鸿雁的肠道微生物
本文转载自“微生态笔记”,已获授权。标题Habitat environments impacted the gut microbiome of long-distance migrato...
2018-09-20 00:00:00
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转载 R语言搭建炫酷的线上博客系统
本文转载自R语言中文社区，转载已获授权。作者简介Introduction徐静 硕士研究生、算法工程师 兴趣方向：统计机器学习，深度学习，模型的线上化部署、网络爬虫，前端可视化。个人博客...
2018-09-19 00:00:00
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原创 利用Gephi软件绘制网络图
文章目录利用Gephi软件绘制网络图1. 生成物种相关性矩阵2. Gephi生成点、边文件3. 点、边文件注释4. 网络点、边美化5. 网络属性、预览和标签参考文献猜你喜欢写在后面作者：中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬 博士利用Gephi软件绘制网络图1. 生成物种相关性矩阵此步骤需要在R语言环境下运行，依赖psych包，输入文件为典型的OTU表或属水平丰度矩阵，示例如下。输入...
2018-09-18 10:50:37
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原创 Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
采用cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图作者：中科院微生物所 陈亮博士本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。以安装文件夹下的样例数据为例。软件安装(装过请跳过)Java安装Cytoscape的使用需要依赖Java环境，根据不同的版本选择相应的Java程序，Cytoscape 3.4.0使...
2018-09-17 14:56:06
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转载 Microbiome: 植物生态位和基因型对微生物的影响
本文由殷继忠编译，董小橙、江舜尧编辑。微生太原创微文，转载已获授权。导读微生物在许多宿主生物中发挥着重要作用。想要了解从根际土壤到植物冠层不同生态位的微生物变化，必须更好地了解微生物组成...
2018-09-17 00:00:00
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转载 Gut: 孕期健康对孩子至关重要！
本文转载自“态昌基因”，已获授权。怀孕期间照顾好家里的猫猫狗狗是非常重要的。但是除此之外，照顾好自己也非常重要。因为准妈妈的身体健康与新生儿的健康息息相关，相信大家都是知道的。但是，准妈...
2018-09-15 00:00:00
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转载 微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
本文转载自“微生态笔记”，已获授权。标题Identifying and Overcoming Threats to Reproducibility, Replicability, Rob...
2018-09-13 00:00:00
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转载 PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组
本文是由Jeffery L.Dangl团队今年2月份发表于Plos Biology期刊上的一篇研究性论文。摘要：复杂微生物组中的特定成员是否可以影响宿主表型，这取决于非生物环境和其他微生...
2018-09-12 00:00:00
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转载 Science-2018-微生物群落的构建过程具有趋简性
标题Emergent simplicity in microbial community assembly期刊Science, 2018第一作者Joshua E. Goldford通讯作...
2018-09-11 00:00:00
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转载 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
本文转载自“态昌基因”,已获授权。店里的蛋糕，火锅，奶茶又在向小昌招手了~无数遍的告诉自己要坚定，要果断的拒绝然而。。。本着“想瘦不想动”的原则小昌尝试了饮食调控大法里的：① 不吃油腻食...
2018-09-09 00:00:00
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转载 Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
本文转载自“健康学人”，已获授权。 导语 越来越多的人把益生菌作为一种保健品，尤其是接受抗生素治疗之后。而重要的问题常常被忽视：益生菌真得像宣传语说的那样是“万能灵药”吗？同一益生...
2018-09-08 00:00:00
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原创 Nature-2018-抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
本文由同济大学赵晗编译，宏基因组公众号编辑。抗菌药物组合的物种特异活性Species-specific activity of antibacterial drug combinations (Nature,IF: 41.577)一、摘要抗菌药物耐药性的传播已经成为一个日渐严重的公共健康问题，它使得曾经可治疗的疾病再次变为致命疾病，这破坏了现代医疗的成就。药物联合使用能够帮...
2018-09-07 19:24:11
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原创 Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定
今年6月，基于早期肝癌患者肠道标记物开发的文章正式发表于Gut杂，影响因子17分。 两位院士坐镇，三位通讯加起来近200岁，100多年科研经验。郑树森团队已成功施行肝移植2300余例，良性肝病受者1年生存率达95.2%，符合其2006年提出的肝癌肝移植“杭州标准”的肝癌病人5年存活率达到72.5%；在国际著名学术期刊上发表SCI收录150余篇。办并主编中国首本肝胆胰疾病领...
2018-09-07 16:22:33
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转载 轻断食是一种科学的减肥方法吗？
本文转载自“态昌基因”,已获授权。前段时间有句话在网上很火：小昌粗略算了一下，如果我想活到80岁，那每天只能吃一个半苹果（308g）那么重的食物……小昌突然迫切地觉得自己需要九条命……虽...
2018-09-07 00:00:00
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转载 PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？
本文转载自“态昌基因”，己获授权 写在前面的话今天，小昌没有表情包，没有段子，有的只是来自残酷的现实的叩问和来自科研工作者无奈的叹息！当今饥饿似乎离我们日行渐远，珍馐...
2018-09-05 00:00:00
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转载 Nature综述：多年冻土的微生物组
本文由熊志强编译，董小橙、江舜尧编辑。“微生太”原创微文，转载已获授权。导读冻土是地球上陆地冰层的主要组成部分，同样也是嗜冷微生物独特的生态位。尽管不同的冻土类型，不同地点的微生物群落组...
2018-09-04 00:00:00
1626
转载 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
标题Going back to the roots: the microbial ecology of the rhizosphere期刊Nature Reviews Microbiol...
2018-09-02 00:00:00
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原创 微生物组—宏基因组分析专题培训开课啦！
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年10月19-21日，北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基...
2018-09-02 00:00:00
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Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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