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文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们！本文“宏基因组”原创，更多文章点我跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，...
2018-10-31 09:26:35
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原创 SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
作者简介：焦硕，博士毕业于西北农林科技大学，目前在北京大学做博士后。文章链接 https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.04.005主编按：此文于2016年发表于Soil Biology and Biochemistry (IF=4.926)，文章思路清楚、图表美观，发表不到两年引用24次(超杂志平均引用2倍)，更被众多同行选为学习的经典示范材料。今天诚...
2018-10-31 08:56:48
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原创 石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
作者简介：焦硕，博士毕业于西北农林科技大学，目前在北京大学做博士后。文章链接 https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.04.005主编按：此文于20...
2018-10-31 00:00:00
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转载 Gut：卡姆果提取物改变肠道菌群预防小鼠肥胖
本文转自“态昌基因”,已获授权一叶知秋，院子开始有秋色了。2018年不知不觉又快过去了。岁月，总给人无尽的叹惜。多少人年轻的时候有众人爱慕的容颜，却逃不过岁月的变迁。对于有些人来说，岁月...
2018-10-30 00:00:00
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原创 PNAS：人工构建玉米极简微生物组
本文是牛犇老师（现任东北林大教授）2017年在PNAS上发表的关于玉米微生物组的文章，其研究思路以及方法都很值得大家参考和学习！现将本文内容概要分享给大家，如有不准确之处望大家指正。链接...
2018-10-29 00:00:00
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转载 重磅！肠道菌群再次爆发！3篇齐聚Nature正刊！！
本文转自“微生太”，已获授权。内容有修改，并添加热心肠导读方便读者互为补充阅读。1 来自TEDDY研究的婴幼儿期肠道微生物组的时间发育美国贝勒医学院Christopher J. Stew...
2018-10-28 00:00:00
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原创 宏基因组学习交流5群成立
欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们！本文“宏基因组”原创，更多文章点我跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。本公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看...
2018-10-27 20:46:22
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转载 谁说被吃是鸡的宿命？这只鸡长了个价值三个诺奖的肿瘤
本文转载自"SME科学故事"，已获授权有一种不幸叫罹患癌症。有一种光荣叫斩获诺奖。一个世纪前的一只母鸡，就长了一颗诺奖级的肿瘤。这只悲惨的鸡虽然没有获得诺奖，但由它引发...
2018-10-27 00:00:00
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转载 求求你使用Tab键好吗
编者按在生物信息学习中，经常发现很多学员操作一段时间之后就有点跟不上了，一条命令要很久才能敲完。主要原因是没有使用Tab键进行命令行的补齐。在Linux的命令行操作中，一定要学会使用Ta...
2018-10-26 00:00:00
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转载 ISME：宏基因组探究美洲河狸粪便微生物
本文由殷继忠编译，董小橙、江舜尧编辑。“微生太”原创微文，转载已获授权。导读美洲河狸可以通过筑坝改变景观并塑造生物多样性。虽然河狸可以使用木本植物作为建筑材料和膳食主食，但是对于其胃肠道...
2018-10-25 00:00:00
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转载 Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及
EXCEL是常用的查看表格的工具，提供了很好的数据筛选、绘图等功能，不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件，让你 5 分钟从小白变大...
2018-10-25 00:00:00
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原创 Nature综述：人类微生物培养以及培养组学（Culturing the human microbiota and culturomics）
本文译者Wenzday,校稿宏基因组人类微生物培养以及培养组学Culturing the human microbiota and culturomicsJean- Christophe Lagier1, Grégory Dubourg1, Matthieu Million1, Frédéric Cadoret2,Melhem Bilen1,3, Florence Fenollar4, A...
2018-10-23 15:50:24
20511
原创 没有云平台，又不会代码？MicrobiomeAnalyst：一款综合的可视化微生物组学数据分析网页工具
文章目录简介文章简介主要功能模块16S多样性分析展示数据上传及格式要求数据完整性检查数据过滤数据标准化分析主界面可视化堆叠柱状图交互饼形图Alpha多样性Beta多样性核心微生物组热图聚类聚类树图相关分析模式搜索单变量分metagenomeSeqRNAseq方法LEfse分析随机森林功能预测结果导出总结猜你喜欢写在后面陕西省微生物研究所 常帆主要研究方向为土壤微生态，同时负责服务器维护和相关流...
2018-10-23 15:44:11
7322
转载 Nature综述：宏基因组时代的病毒分类
本文转自“微生态笔记”,已获授权标题Virus taxonomy in the age of metagenomics中文标题宏基因组时代的病毒分类期刊NATURE REVIEWS，20...
2018-10-23 00:00:00
2045
转载 Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
本文由RR编译，董小橙、江舜尧编辑。“微生太”原创微文，转载已获授权。导读海洋病毒对海洋微生物群落的组成和代谢活动有着重要影响。由于病毒取样及培养方面存在的技术问题，基因组水平的病毒多样...
2018-10-22 00:00:00
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转载 Nature综述：人类微生物培养及培养组学culturomics
Nature Reviews:人类微生物培养以及培养组学Culturing the human microbiota and culturomicsJean- Christophe La...
2018-10-21 00:00:00
3372
转载 Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
Structure and function of the global topsoil microbiome全球表层土微生物组群落结构和功能Mohammad Bahram, Falk ...
2018-10-20 00:00:00
6702
原创 Nature ：全球表层土壤中微生物组的结构和功能
文章目录Structure and function of the global topsoil microbiome全球表层土微生物组群落结构和功能热心肠日报导读摘要正文**图1. 真菌和细菌多样性在纬度上呈现不同模式****图2. ARGs的全球相对丰度可以通过生物和非生物因素的组合来解释****图3. 真菌是土壤和海洋中ARGs相对丰度的主要决定因素**附图ReferenceStructu...
2018-10-19 08:33:59
15871
原创 EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
文章目录COG简介eggNOG简介eggNOG mapper在线版eggNOG mapper本地版安装说明软件安装数据库下载基本使用HMMER方法diamond方法结果解读高级使用服务器共用内存模式宏基因组大数据模式同源检索功能注释附1. emapper.py参数详解Reference猜你喜欢写在后面COG简介COG（Clusters of Orthologous Groups of prot...
2018-10-18 12:39:26
51201
1
原创 Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP分析实战和结果解读
文章目录MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis分析实战0.下载肠道宏基因组数据1.read_qc质控和去宿主2. 组装3. kraken物种注释(可选)4. 三种方法Bin5.Bin提纯6. Blobology可视化bin7. Bin定量8.重组装9.bin物种注释10.Bin功能注释我们...
2018-10-17 10:02:06
24152
3
转载 Nature：益生菌清除致病菌的机制
本文转自“微生太”，己获授权美国学者Michael Otto等人于2018年10月10日在《Nature》上发表题目为《Pathogen elimination by probiotic...
2018-10-14 00:00:00
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原创 南方科技大学环境学院夏雨教授博士后一名（环境微生物方向）
南方科技大学环境学院夏雨教授诚聘博士后一名（环境微生物方向）团队介绍夏雨，香港大学博士，南方科技大学环境科学与工程学院助理教授。研究方向集中于：利用新一代测序技术与生物信息学大数据分析相结合的手段研究环境微生物群落组成和协同作用关系对（1）致病菌的环境分布以及抗生素抗性基因在环境中的迁移转化； (2) 生物处理技术运行效率； (3）环境物质循环的驱动机理和生态效应的影响。已在The IS...
2018-10-13 22:07:28
2565
原创 Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP安装和数据库布置
文章目录简介工作原理优势功能模块软件安装数据库配置**CheckM数据库****KRAKEN数据库****NCBI_nt****NCBI物种信息****人类基因组bmt索引**设置数据库位置参数简介Reference猜你喜欢写在后面简介MetaWRAP这是一套强大的宏基因组分析流程，专注于宏基因组Binning。文章于2018年9月15日发表于《Microbiome》。文章简介见参考文献链接。...
2018-10-13 19:49:03
13484
1
原创 Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP简介
文章目录MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis热心肠日报导读摘要背景结果结论主要结果点评参考文献猜你喜欢写在后面MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis题目：MetaWRAP——...
2018-10-13 18:32:43
6668
转载 西游记里河水让人怀孕的秘密：是寄生虫！我往河里放了寄生虫！
本文转自“SME科学故事”，已获授权上个世纪中期，我国南方的很多乡村都呈现出无限生机。一到播种的季节，家家户户都会到水里干活谋生。尽管条件艰苦，但大家能有说有笑，邻里间其乐融融。然而突...
2018-10-13 00:00:00
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转载 NBT:根际微生物组抗番茄枯萎病(IF:35.724)
本文转载自“微生太”,已获授权。韩国学者Min-JungKwak等人于2018年10月8日在《nature biotechnology》上发表题目为《rhizosphere microb...
2018-10-12 00:00:00
2147
转载 Nature综述: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
本文转载自"微生态笔记"，已获授权。标题Cyanobacterial blooms中文标题蓝藻水华的形成机制与防治动态期刊Nature Reviews Microbio...
2018-10-09 00:00:00
14098
转载 Nature综述：皮肤微生物群-宿主相互作用
本文由李苗苗编译，董小橙、江舜尧编辑，本文较长，建议用电脑阅读。"微生太"原创微文，转载已获授权。导读皮肤是一个复杂而充满活力的生态系统，栖息着细菌、古细菌、真菌和病毒。...
2018-10-08 00:00:00
5045
转载 超级细菌事不关己？看完它才发现我们都在自己身体里养蛊
本文转载自“Dizzy纪话”，已获授权。有一段时间，超级细菌这个关键词疯狂出现在各路媒体，以至于我一度非常反感它。直到最近我才重新拾回了对这种人类公敌的兴趣。原因是我看了BBC地平线...
2018-10-07 00:00:00
260
转载 抠出来的鼻屎不要丢，隔壁家的小孩都馋哭了
本文转载自公众号“SME科技故事”,已获授权。人这一生中，总得遇上一些难堪的事。其中最让人窒息的，莫过于在公共场合挖鼻孔被人抓包。这是一件很多人都干过，却又极少人愿意承认的事实。教室的...
2018-10-06 00:00:00
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转载 脂肪肝，应该拿你怎么办
本文转载自"态昌基因"，已获授权。本周，小昌决定地分享一次文献。本期论器：肝脏肝病种类列出来有很多，比如:甲肝、乙肝、丙肝等等。。其中，肝癌最让人害怕听起来危险性比较低，...
2018-10-04 00:00:00
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原创 npjsba-2018-用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
文章目录用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎热心肠日报导读一 导读二 摘要三 背景1.解决的问题2.瓶颈3.提出的思路4.使用数据三 正文1.健康和病人的菌群差异2.健康对照与CD患者的代谢物差异3.SCFA产物表达谱是病人特异性的4.个性化饮食干预改善模拟的菌群SCFA代谢能力5.总结参考文献猜你喜欢写在后面本文由同济大学赵晗编译，宏基因组公众号编辑。用肠道微生物模型指导个性化膳食缓...
2018-10-03 11:35:29
739
转载 9月，最值得看的30篇肠道健康文献！
今天是第884期日报。祝大家国庆快乐~！Cell：未来趋势——个性化益生菌干预Cell[IF:31.398]① 小鼠和人体中，消化道菌群存在梯度变化，粘膜和腔内的菌群存在差异，均不同于粪...
2018-10-02 00:00:00
1295
原创 NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
文章目录Science哈扎人CAZYome分析实例实例解读分析方法探索(顺藤摸瓜)dbCAN2——碳水化合物在线分析服务器dbCAN2简介在线分析本地软件和数据库下载Reference猜你喜欢写在后面宏基因组数据分析中，经常会使用多种多样的数据库，如综述型的有NCBI非冗余核酸或蛋白序列库(NR)、KEGG、COG、eggNOG、RFAM等。专业型的数据库有CAZy(碳水化合物酶)、ARBD(抗...
2018-10-01 09:09:57
5958
Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
空空如也
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