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2018-11-30 21:53:28
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原创 查看服务器硬盘负载——判断硬盘是否为瓶颈
文章目录topiostatvmstatiotop参考文献猜你喜欢写在后面top平时我们top查看内存使用(KiB Mem)，CPU负载(load average)，那个显示的是硬盘呢？%Cpu(s): 0.5 us, 0.2 sy, 0.0 ni, 96.7 id, 2.6 wa, 0.0 hi, 0.0 si, 0.0 stCPU的wa(wait等待)越大代表硬盘、内存读写等待时间，一般...
2018-11-30 19:45:46
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原创 Microbiome：中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建(一作解读，张和平、魏泓、秦楠点评)
文章目录中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建文章解读论文背景解读1. 鸡肠道宏基因集与人和猪肠道宏基因集的比较2. 不同养殖模式对于鸡肠道宏基因组的影响3. 鸡的前肠和后肠宏基因组的不同特点4. 鸡肠道菌群的随日龄的变化和逐渐成熟过程5. 金霉素和博落回提取物对前肠微生物菌群的调控以促进动物生长的作用总结专家点评张和平教授点评魏泓教授点评秦楠研究员点评曾建国教授简介Reference猜你喜欢写...
2018-11-30 19:38:52
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原创 NBT：根际微生物组结构改变使番茄具有抗青枯病性
今天跟大家分享一篇最近发表在NBT上关于根系微生物组的文章。首先，我们来了解一下文章的作者。这篇文章的工作是由来自韩国的两个课题组共同完成的。通讯作者包括两位，一位是来自延世大学的Kim， Kim的研究工作主要集中于基因组，另一位作者Lee来自东亚大学，之前参与过一项植物抗病相关的研究，发现了一种能够帮助番茄抵抗晚期枯萎病的真菌。接下来，我们先看一下研究背景。肠道微生物也就是我们所说的“...
2018-11-30 19:35:41
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原创 电子科大邹权组招聘博后、科研助理和访问学生（生物信息学方向）
文章目录招聘启事实验室简介研究方向讲授课程主持项目学术兼职出版著作特约报告代表论文所获奖励猜你喜欢写在后面主编按: 我和邹权教授相识己10余年。十年前他作为我生信入门的领路人，助我硕士期间顺利发表3篇SCI而考入中科院。邹教授毕业于哈尔滨工业大学，在厦门大学和天津大学任教多年，第子遍布海内外高校和知名企业。现今邹兄加盟电子科大新建团队，正在招兵买马，机会难得，无论是考研，还是工作，都是不错的选...
2018-11-29 12:15:29
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原创 Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析
之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法，那么在我们得到network图之后，还可以进行深一步分析，今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCO...
2018-11-29 00:00:00
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原创 东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
文章目录东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较摘 要背景1材料与方法1.1土壤样品采集1.2土壤总DNA提取和Illumina MiSeq测序1.3分子生态网络构建1.4数据分析2结果与分析2.1土壤真菌群落组成差异分析2.2土壤真菌总体网络结构分析2.3土壤真菌网络主要物种差异分析2.4土壤真菌网络的关键物种2.5影响土壤真菌网络结构的环境因子3讨论参考文献作者简介引文杂志简介猜你喜...
2018-11-28 16:09:48
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原创 SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究(一作解读)
作者简介：焦硕，博士毕业于西北农林科技大学，目前在北京大学做博士后。文章链接 https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.04.005主编按：此文于20...
2018-11-28 00:00:00
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原创 SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
文章目录长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程导读研究对象实验结果施肥对土壤固氮菌群多样性和群落结构的影响土壤固氮菌群落装配过程讨论总结启发猜你喜欢写在后面长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程文章链接https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2018.08.021本文由“笨拙的小贼”编译，宏基因组公众号排版校稿。导读氮（N）是自然和人工生态系统中的重要元素。由气...
2018-11-27 12:57:03
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原创 PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花
写在前面16S分析能获得的信息比较有限，一般找到差异OTU，就很难再深入分析了。如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢？很多人在这方面做出了努力。PICRUSt就是让16S扩增...
2018-11-26 00:00:00
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转载 适合做生物信息的笔记本推荐
本文转自“基因学苑”，已获授权。编者按所谓“工欲善其事，必先利其器”，选择一款好的笔记本电脑来做生物信息是非常有必要的，何况通哥有句名言“用一台比较快的电脑，等于延长了生命”。作为混迹数...
2018-11-25 00:00:00
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原创 NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
陕西省微生物研究所 常帆主要研究方向为土壤微生态，同时负责服务器维护和相关流程搭建。写在前面看到一篇文献：Microbial functional trait of rRNA operon copy numbers increases with organic levels in anaerobicdigesters（ISME：厌氧消化器中rRNA操纵子拷贝数的微生物功能特性）(DOI ...
2018-11-24 13:20:47
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原创 植物微生物组文章目录(181123)
文章目录植物微生物组文章目录组内文章文献精读系列教程统计绘图宏基因组文章泛读组会文献工作效率实验分析组内新闻本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome作者：植物微生物组原文链接：植物微生物组公众号植物微生物组文章目录组内文章中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律Nature Methods: 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组...
2018-11-24 08:15:53
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原创 Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
文章目录微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落热心肠日报导读摘要背景图1. 微生物群体的养分循环微生物群落中的营养缺陷型电子供体交换的经典观点氨基酸和维生素营养缺陷知识点1. 绘制微生物互作的实验和计算方法实验方法计算方法建模营养摄取图2. 互作动态网络动态和互饲来自微生物的营养素宿主衍生的营养素群落内的合作群落内的竞争图3. 微生物群落扰动和恢复展望Reference微生物的社交网络...
2018-11-24 08:14:08
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原创 生物信息通识技术研讨会
易生信系列课程 转录组，ChIP-seq，扩增子和宏基因组是从原始数据到分析结果的理论加实战型课程，课程安排内容饱满，时间紧张，是学习专业生信分析和解决实际问题的首选课程。这些课程适合零基础或者有一定分析经验的朋友学习，但都需要后续加强练习，基础越好，学的效果越好。不管什么课程，只想着靠3天就能学会，是不现实的 (基础好除外)。我们是希望通过3天时间，把整个分析过程和我们的分析经验糅合在一起，带领...
2018-11-24 08:11:23
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转载 P4报名截止|引爆1.1万亿基因测序市场，精准医学50+殿堂级专家&议程大曝光
尊敬的业界同仁：备受关注的年度品牌峰会P4 China2018第三届国际精准医疗大会将于12月1-2日在北京朗丽兹西山花园酒店盛大开启！大会由美中院士领衔的主旨论坛+队列与多组学转化研...
2018-11-24 00:00:00
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原创 岛国电影生物科普就是强—生命大跃进
点击上方蓝色「宏基因组」关注我们！专业干货每日推送！周末了，大家就不要再学技术和读文献了，一周总得休息一天放松一下，陪陪家人。从本周起，小编每周推荐一部科普神剧给大家，即涨姿势，又适合周...
2018-11-24 00:00:00
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转载 一席-赵立平-大树细菌
本文转自"一席"，已获授权赵立平，美国罗格斯大学、上海交通大学微生物学教授。现在就有一个非常严肃的问题摆在大家面前，当一对夫妇准备生孩子的时候你们要做很多决定。我现在代表...
2018-11-24 00:00:00
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原创 Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究
文章目录在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究导读摘要主要结果图1. 技术变异掩盖了微生物动态的模型图2. 10个最高丰度细菌科随时间变化图3. 生物和技术变异的结构和幅度图4. 人工肠道日级微生物动态变化图5. 细菌科间生物学变异的分解猜你喜欢写在后面在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究Dynamic linear models guide design ...
2018-11-22 07:56:45
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原创 2019微生物组—宏基因组分析专题研讨会
文章目录课程简介课程大纲一、分析平台搭建二、生信基础三、图表解读和绘制专题四、宏基因组学概述五、宏基因组学有参分析流程六、宏基因组无参分析流程七、高级分析与可视化实战学习完本课程，你能得到什么？主讲教师往期课程瞬间助教团队授课模式培训时间授课地点课程价格课程福利在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年3月22-24日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第三期，为大家提供一...
2018-11-22 07:52:07
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原创 生信小白的福音——免费在线分析扩增子数据SILVAngs
文章开头必须感谢一下宏基因组公众号和微信群的各位朋友，平时给予我的温暖和关怀，让我有了写文章的冲动（基情满满）。今天突然听到有个刚刚入坑的同学跟我说，做了60个扩增子不知道怎么分析。Wh...
2018-11-22 00:00:00
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原创 Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
点击上方蓝色「宏基因组」关注我们！专业干货每日推送！进入微生物组领域也这么久了，每天阅读的文献，总会碰到microbiota, metagenome, microbiome这三个关键字，...
2018-11-21 00:00:00
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原创 Nature-2012-拟南芥根系微生物组的结构
拟南芥根微生物组的结构和组成课题组介绍这篇文章来自德国马普 Paul Schulze-Lefert 教授 研究组2012年发表的Nature。虽然文章己发表了5年，但作为植物微生物组的开...
2018-11-21 00:00:00
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转载 AI打败外科医生：机器人做手术，你敢来一刀吗？
1医疗机器人战胜医生AI将重构医疗生态体系前不久，国外两条关于医疗机器人的新闻赚足了眼球。一个是代替人类做手术的STAR（智能组织自动化机器人），另一个是胶囊机器人。在这场机器人和外科医...
2018-11-21 00:00:00
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原创 NAR：MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具
文章目录微生物组分析师：统计、可视和元分析微生物组数据的网页工具导读摘要背景项目描述和方法图1. 平台流程图数据上传和处理输入数据数据过滤数据标准化群体组成物种组成多样性预测代谢潜能和组成比较分析差异丰度分析生物标记鉴定和分类其它特征图2. MicrobiomeAnalyst输出结果展示物种集富集分析(TSEA)物种数据收集富集分析和解析表1. 比较微生物组分析网站共公数据计划PPD代谢网络可视化...
2018-11-20 21:58:44
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原创 Linux下取代top的进程管理工具 htop
文章目录简介htop安装Ubuntu apt安装**conda安装**官网二进制或源码安装Htop参数hotp快捷键交互式命令Reference猜你喜欢写在后面简介htop 是Linux系统中的一个可交互式的进程查看工具，纯文本模式的应用程序，无需图形界面，但效果和有图形一样棒。与Linux传统的top相比，htop更加人性化。它可让用户交互式操作，支持颜色主题，可横向或纵向滚动浏览进程列表...
2018-11-20 18:53:52
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原创 2019微生物组——扩增子16S分析和功能预测专题
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年1月11-13日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，"教—练—答—用"四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据...
2018-11-20 18:53:04
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原创 QIIME1.9.1-2使用Docker运行QIIME
本教程环境为Ubuntu16.04 x64最好有管理员权限，没权限找管理员帮忙。用Docker运行所有流程的成功率高，几乎是万能的，简单高效，不存在环境变量污染和版本冲突的问题，是复杂分...
2018-11-20 00:00:00
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转载 基因组注释3.基因的功能注释Prokka
基因组注释的前两篇为大家讲解了关于基因组组成成分分析（包括重复序列的识别、非编码基因和编码基因预测等）的内容，今天，将重点介绍如何进行基因的功能注释。基因的功能注释获得基因结构信息后，...
2018-11-20 00:00:00
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原创 云笔记积累个人知识体系
笔记的记录方式笔记是个人能力提高和知识体系积累的关键性习惯！常见的笔记记录方式有三种，其实也是我个人笔记记录方式成长的三个阶段。1. 传统的纸记录方法。2008年我大学本科毕业前的记录...
2018-11-20 00:00:00
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原创 宏基因组公众号创立初衷及如何注册一个名字好记的公众号
我为什么注册公众号？分享知识！做技术的人一定会有这样的经历：经常会碰到很多技术问题，最快的方法是在百度上搜索问题的描述，找到各类博客、论坛上中文的解决方法；其次是请教身边有经验的大牛，直...
2018-11-19 00:00:00
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转载 基因组注释2. 非编码基因和编码基因预测tRNAScan-SE、rRNAmmer和Prodigal
上周，在介绍了《基因组注释1识别重复序列和假基因》的方法，今天为各位讲解基因组中非编码RNA和编码基因的预测。非编码RNA的预测非编码RNA是指一类本身不携带可以翻译为蛋白质的遗传信息的...
2018-11-19 00:00:00
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转载 NAR：psRobot-植物小RNA分析系统
简介官网：http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/PsRobot是中科院遗传发育所王秀杰组的作品，主要实现小RNA的mapping，miRNAs前体...
2018-11-19 00:00:00
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原创 QIIME1.9.1-1虚拟机安装配置及挂载外部目录
此文中软件操作gif动画公众号有时会跳帧等显示问题，可以点击文末阅读原文查看清晰版。QIIMEhttp://qiime.org/QIIME 就定量微生物生态(Quantitative I...
2018-11-19 00:00:00
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转载 生物信息通识课 - 让实验者了解生信，让生信人快速入门
生物信息在生物研究中应用越来越多，生物各个分支的学生和教师不可避免与生信打些交道，简单到使用在线工具查找基因的功能，在线工具做些常规分析，到设计一个高通量测序实验，从公司提供的报告中分析...
2018-11-18 00:00:00
894
原创 基因组重复序列注释-RepeatMasker安装和使用
写在前面这个软件是干什么用的，估计只要研究基因组，一定会用到它。任何基因组都有基因，基因比较有规律。而重复序列会不像基因结构那样好预测，就需要这个软件进行同源注释。无论你是想研究重复序列...
2018-11-18 00:00:00
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5
转载 Nature Microbiology：微生物与海洋全球变化
本文由RR编译，董小橙、江舜尧编辑。"微生太"原创微文，转载已获授权导读驱动海洋生物地球化学循环的真核和原核微生物正面临着前所未有的人为活动的影响。目前，几乎所有海洋微生...
2018-11-18 00:00:00
3334
转载 基因组注释1. 重复序列repeatmasker, trf
本文转自“美格基因”,已获授权基因组注释（Genome annotation）是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因和其他结构进行高通量注释。基因组注释主要包括：基因组组成成分分析...
2018-11-18 00:00:00
16440
转载 鱼和熊掌可以兼得! 天昊生物微生物16S扩增子绝对定量测序检测新模式创双赢！...
三合一技术：扩增子绝对定量测序=常规扩增子测序+总细菌绝对定量+特定菌种绝对定量引 言目前的细菌群落结构研究技术有：变性梯度凝胶电泳技术（DGGE）、二代高通量测序技术（16...
2018-11-15 00:00:00
1651
转载 R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
本文翻译自外文博客，原文链接：https://seananderson.ca/2013/10/19/reshape/一、reshape2 简介reshape2是由Hadley Wickh...
2018-11-15 00:00:00
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Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
空空如也
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